细胞MDS
细胞样本的低维投影
生物导体版本：释放（3.19）
该软件包实现了一组细胞样本的低维可视化，以便直观评估它们之间的“距离”。反过来，这可以极大地帮助用户识别质量问题，如批次效应或异常样本，和/或检查是否存在可能与原设计一致的潜在样本集群。Cytomids算法一方面结合了地球运动距离（EMD）的概念，即Wasserstein度量，另一方面又结合了低维投影的多维缩放（MDS）算法。此外，该软件包还提供了一些诊断工具，用于检查MDS投影的质量，以及帮助解释投影轴的工具。
作者：菲利普·豪尚普[aut，cre]
，劳伦特·加托[aut]，Dan Lin（林丹）
维护人员：菲利普·豪尚普（Philippe Hauchamps）
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“CytoMDS”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“CytoMDS”）
细节
| 生物视图 |
尺寸缩减,流式细胞术,多维缩放,质量控制,软件,可视化 |
| 版本 |
1.0.0 |
| 在生物导体中 |
生物活性碳3.19（R-4.4）（<6个月） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
R（>=4.3） |
| 进口 |
方法、统计信息、，爱尔兰航空公司,普拉克马,用r,flowCore（流动堆芯）,重塑2,ggplot2,gg排斥,gg力,拼凑,运输,小咖啡,生物并行,细胞管道 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://uclouvain-cbio.github.io/CytoMDS |
| 错误报告 |
https://github.com/UCLouvain-CBIO/CytomeDS/问题 |
查看更多
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
