罗盘

单细胞的组合多功能性分析

生物导体版本：释放（3.19）

COMPASS是一个统计框架，能够对抗原特异性T细胞亚群进行无偏见分析。COMPASS使用贝叶斯层次结构框架对所有观察到的细胞亚群进行建模，并选择最可能是抗原特异性的，同时对多参数空间中经常出现的小细胞计数进行正则化。该模型为每个细胞亚群和每个样本提供了特异性的后验概率，可用于描述受试者对感染或疫苗接种等外部刺激的免疫反应。

作者：林恩·林（Lynn Lin）、凯文·乌西（Kevin Ushey）、格雷格·菲纳克（Greg Finak）、拉维奥·科尔德（Ravio Kolde）（照片）

维护人员：格雷格·菲纳克（Greg Finak）<gfinak at fhcrc.org>

引文（从R中输入引文（“COMPASS”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“COMPASS”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“罗盘”）

COMPASS（指南针）	HTML格式	R脚本
简单通信	PDF格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	流式细胞术,免疫肿瘤学,软件
版本	1.42.0
在生物导体中	生物技术2.14（R-3.1）（10年）
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=3.0.3）
进口	方法，卢比,数据表,R彩色啤酒,规模，网格，普利尔,针织物,阿宾德,线索，grDevices，实用程序，个人数据表,马格里特,重塑2,数字播放器,第三年,爱尔兰航空公司,仿生风格,rmarkdown公司,foreach公司,结尾
系统要求
统一资源定位地址
错误报告	https://github.com/RGLab/COMPASS/问题

建议	流工作区(>= 3.33.1),flowCore（流动堆芯）,ncdfFlow（ncdf流量）,闪亮的,测试那个,开发工具,流工作空间数据,ggplot2,进步
链接到	卢比(>= 0.11.0)
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	比较_1.42.0.tar.gz
Windows二进制	COMPASS_1.42.0.zip格式
macOS二进制（x86_64）	COMPASS_1.42.0.tgz公司
macOS二进制（arm64）	比较_1.42.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/COMPASS网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/COMPASS
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/COMPASS网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/COMPASS网站/
软件包下载报告	下载统计信息