BUMHMM公司
根据结构探测实验数据计算修改概率的计算管道
生物导体版本：释放（3.19）
这是一个概率建模管道，用于根据结构探测实验中收集的数据计算每核苷酸后验修改概率。该模型支持多个实验重复，并从经验上纠正覆盖率和序列依赖性偏差。该模型使用每个核苷酸的“脱落率”测量值，通过对数比率（LDR）在重复之间进行比较。对照复制品之间的LDR定义了随机观察到的脱落率变化的零分布，并将治疗和对照复制品间的LDR与此分布进行了比较。所得经验p值（从零分布“得出”的概率）用作隐马尔可夫模型中的观测值，贝塔均匀混合模型用作排放模型。由此产生的后验概率表示核苷酸在结构探测实验中被修饰的概率。
作者：阿里娜·塞莱加(alina.selega@gmail.com)、Sander Granneman、Guido Sanguinetti
维护人员：Alina Selega<Alina.Selega at gmail.com>
安装
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文档
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细节
| 生物视图 |
贝叶斯,分类,新闻报道,特征提取,基因表达式,基因调控,遗传变异性,遗传学,HiddenMarkov模型,免疫肿瘤学,RNA序列,回归,排序,软件,结构预测,转录,转录组学 |
| 版本 |
1.28.0 |
| 在生物导体中 |
生物碳3.5（R-3.4）（7.5年） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
R（>=3.5.0） |
| 进口 |
开发工具,斯特林吉,gtools公司，统计，实用程序，总结性实验,生物串,I范围 |
| 系统要求 |
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| 统一资源定位地址 |
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程序包档案
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