APAlyzer公司

使用RNA-seq数据进行APA分析的工具包

生物导体版本：释放（3.19）

使用RNA-seq数据进行3'UTR APA、内含子APA和基因表达分析。

作者：王瑞嘉[cre，aut]，田斌[aut]，陈伟春[aut]

维护人员：王瑞嘉<rjwang.bioinfo at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“APAlyzer”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“APAlyzer”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“APAlyzer”）

生物视图	注释,数据导入,差异表达式,基因表达式,基因调控,RNA序列,排序,软件
版本	1.18.0
在生物导体中	生物技术3.10（R-3.6）（4.5年）
许可证	LGPL-3型
取决于	R（>=3.5.0）
进口	基因组范围,基因组特征,基因组比对,DESeq2公司,gg排斥,总结性实验,R子阅读，统计，ggplot2、方法、，rtracklayer公司,变量注释,数字播放器,第三年,雷普米斯,Rsamtools软件,HybridM测试
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/RJWANGbioinfo/APAlyzer/
错误报告	https://github.com/RJWANGbioinfo/APAlyzer/issues

建议	针织物,rmarkdown公司,仿生风格,组织管理例会.db,注释Dbi,TBX20Bam子集,测试那个,pasillaBamSubset系列
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	APAlyzer_1.18.0.tar.gz公司
Windows二进制	APAlyzer_1.18.0.zip公司
macOS二进制（x86_64）	APA分析仪_1.18.0.tgz
macOS二进制（arm64）	APAlyzer_1.18.0.tgz公司
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/APAlyzer网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包裹/APAlyzer
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/APAlyzer网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/APAlyzer网站/
软件包下载报告	下载统计信息