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SCOP层次结构
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:
例如C2H2锌指
cl-类、cf-折叠、sf-超家族、fa-家族、dm-结构域、px-蛋白质
SCOP分类
根
:
SUPERFAMILY中的SCOP 1.75层次结构
[
0
]
等级
折叠
超级家族
家庭
所有α蛋白
[
46456
]
284
507
2001
所有β蛋白
[
48724
]
174
354
2188
α和β蛋白(a/b)
[
51349
]
147
244
3850
α和β蛋白(a+b)
[
53931
]
376
552
2824
多结构域蛋白(α和β)
[
56572
]
66
66
267
膜和细胞表面蛋白质和肽
[
56835
]
58
110
215
小蛋白质
[
56992个
]
90
129
359
卷曲螺旋蛋白
[
57942
]
7
58
73
低分辨率蛋白质结构[
58117
]
多肽[
58231
]
设计的蛋白质[
58788
]
总计
1202
2020
11777
48979个PDB条目。
122985个域名。
请引用:
Gough,J.、Karplus,K.、Hughey,R.和
Chothia,C.(2001)。
“使用隐马尔可夫模型库将同源性分配给基因组序列
代表所有已知结构的蛋白质。
”
分子生物学杂志。
,
313(4)
,
903-919.
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superfamily@cs.bris.ac.uk
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.
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朱利安·高夫
.