SUPERFAMILY 1.75 HMM库和基因组分配服务器

SUPERFAMILY 2可从supfam.org。拜托联系我们如果你遇到任何问题。

超级家族

SUPERFAMILY是所有蛋白质和基因组的结构和功能注释数据库。

SUPERFAMILY注释基于隐马尔可夫模型,代表结构蛋白域SCOP公司超家族水平。超家族将具有进化关系的域组合在一起。注释通过扫描来自2478个完全测序的基因组针对隐马尔可夫模型。

对于每个蛋白质你可以:
 提交序列SCOP分类
 查看域组织、序列比对和蛋白质序列详细信息

对于每个基因组你可以:
 检查超家族分配、系统发育树、领域组织列表和网络
 检查基因组中超家族的过度和不足表达

对于每个超家族你可以:
 检查SCOP分类、功能注释、基因本体注释、InterPro抽象和基因组分配
 探索生命树中超家族的分类分布

所有注释、模型和数据库转储都可免费用于下载给每个人。描述(续)。

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主要功能

序列搜索

提交SCOP超家族和家族级分类的蛋白质或DNA序列。

关键字搜索

搜索超科、科或种的名称和序列,SCOP公司,PDB公司或隐藏的马尔可夫模型ID。

域分配

完整排序的域分配、对齐和体系结构真核生物的原核的生物体,以及序列集合.

比较基因组学工具

浏览不寻常的(过度和低估的)超家族和家族,相邻域对列表和图、唯一域对、域组合、,每个生物体的领域结构共生网络和跨分类王国的领域分布。

基因组统计

对于每个基因组:序列数量、具有分配的序列数量,分配的序列百分比、总序列覆盖率百分比、分配的域数,分配的超家族数量,分配的家族数量,平均超家族规模,重复产生的百分比、平均序列长度、匹配的平均长度、域对数以及独特域体系结构的数量。

基因本体论 以领域为中心的基因本体(GO)自动标注通过海芳.
Phenptype本体 以领域为中心的表型/解剖本体,包括疾病本体论,人类表型,小鼠表型,蠕虫表型,酵母表型,苍蝇表型,苍蝇解剖,斑马鱼解剖学,爪蟾解剖学,拟南芥.
超族注释 InterPro公司1052个超家族的摘要,基因本体论763超家族的(GO)注释。
功能注释

的功能注释范围1.73超家族,由克里斯汀·沃格尔.

系统发生树 树是使用启发式简约方法生成的,并且基于超家族中所有基因组的蛋白质域结构数据。基因组组合,或特定的分支,可以显示为单独的树木。
类似的域体系结构 找出10个与感兴趣的领域体系结构最相似的领域体系架构。
隐马尔可夫模型

生产您的SCOP域分配使用SUPERFAMILY模型的序列。Martin Madera的HMM可视化,例如型号0045110.

配置文件比较

当HMM搜索找不到重要匹配时,查找远程域匹配。配置文件比较(中华人民共和国)用于对齐和评分两个轮廓的隐马尔可夫马丁·马德拉的模型

Web服务

分布式注释服务器并链接到SUPERFAMILY。

下载

序列、赋值、模型、,MySQL数据库和脚本-每周更新。

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