超级家庭网络服务
分布式注释系统
所有超级家庭作业均可用通过分布式注释系统(DAS)。这个达斯是通信协议用于交换生物序列注释。DAS服务器提供有机会在不下载的情况下及时了解超级家庭作业以及安装数据库转储。SUPERFAMILY DAS服务器提供DAS客户端使用的XML格式的蛋白质域分配详细信息,如恩森布尔,格伯罗斯(该gmod公司基因组浏览器)和DASTY公司.
在信号群上查看超级家庭任务
恩森布尔在他们的“蛋白质视图”页面上提供超家族蛋白质域分配。SUPERFAMILY分配详细信息通过我们的DAS服务器提供。域可视化由Ensembl执行。例如,以下蛋白质功能可视化由Ensembl为序列生成欧洲标准P00000363868来自智人基因组。
蛋白质特征图显示欧洲标准P00000363868序列含有两个含有三磷酸核苷水解酶的P环(SCOP ID52540)域。
使用SUPERFAMILY DAS服务器
DAS请求采用URL的形式。例如,SUPERFAMILY的注释欧洲标准P00000363868从智人:
http://supfam.org/SUPERFAMILY/cgi-bin/das/hs/features?segment=ENSP00000363868 URL的DAS部分以“/达斯。后面是数据源的名称/小时" (智人).数据源对应于两个字符基因组标识符.下一个组件是命令“/功能“它请求的功能列表智人基因组。最后,后面是一个查询字符串“?段=ENSP00000363868“为命令提供参数。
其他可能有用的命令包括“/直接序列号“要获取服务器上可用的数据源(基因组)列表, http://supfam.org/SUPERFAMILY/cgi-bin/das/dsn "/类型“有关序列可用的注释(超家族)列表,http://supfam.org/SUPERFAMILY/cgi-bin/das/hs/types网站
其他DAS示例
可用序列入口点列表及其在碱基对中的大小。对于大肠杆菌K12号公路。
http://supfam.org/SUPERFAMILY/cgi-bin/das/ec/entry_points网站
与所示片段对应的蛋白质序列。
http://supfam.org/SUPERFAMILY/cgi-bin/das/hs/序列?segment=ENSP00000363868
DAS注册表
这个DAS注册表提供了所有可用DAS服务器的列表。
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