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转录因子NusA,N末端结构域超家族

SCOP分类
根目录: SUPERFAMILY中的SCOP层次结构[ 0] (11)
类别: α和β蛋白(a+b)[ 53931] (376)
折叠: 转录因子NusA,N末端结构域[ 69704]
超级家族:   转录因子NusA,N末端结构域[ 69705]
家庭: 转录因子NusA,N-末端结构域[ 69706]


超级家庭统计
基因组(2,566) Uniprot 2018_03基因组 PDB链(SCOP1.75)
2,571 21,118
蛋白质 2,571 21,116


功能注释
一般类别 法规
详细类别 DNA绑定

文档:
SCOP域超家族的功能注释

InterPro注释
交叉引用 IPR013735防护等级 SSF69705型 蛋白质匹配
摘要

该条目表示细菌转录因子(如NusA(N利用物质A))的N末端RNA聚合酶结合域。NusA参与转录暂停、终止和反终止。NusA来自海洋热藻包含一个N末端结构域和三个RNA-结合结构域(一个S1结构域和两个KH结构域)。N端结构域由α/β(3)/α/β/α褶皱内的分叉螺旋β-片组成,可分为两个子结构域:球状头部和螺旋体。球状头部亚结构域可能与RNA聚合酶相互作用,而螺旋体显示出与sigma70中螺旋结构域相似的结构[公共医学14621988].


InterPro数据库


关于配体、序列和结构基序的PDBeMotif信息
交叉引用 PDB条目
配体结合统计
核酸结合统计
二级结构元素的出现
小型3D结构图案的出现

PDBeMotif资源

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内部数据库链接

浏览这个超家族的基因组分配。SUPERFAMILY隐马尔可夫模型库用于超家族水平上所有基因组的外SCOP域分配。


序列对齐2种型号单击上面的“Alignments”图标即可访问此超级系列中的。PDB序列一致性低于40%默认情况下显示,但可以对齐任何其他序列。选择PDB序列、基因组序列,或粘贴或上传您自己的序列。


浏览和查看基因组中具有不同的结构域组合包括转录因子NusA,N末端结构域。


检查域超家族或家族在主要分类王国或王国内基因组中的分布。这给人一个直接的印象,即超级家族是如何被限制在某些生命王国中的。


探索域发生网络,其中节点表示基因组,边缘是包含感兴趣超家族的域架构(基因组之间共享)。

有2个隐马尔可夫模型表示转录因子NusA,N末端结构域超家族。关于如何构建模型的信息,以及显示疏水性,匹配发射概率插入/删除概率可以检查。


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