SUPERFAMILY 2可从supfam.org。拜托联系我们如果你遇到任何问题。
主页>SCOP层次结构>转录因子NusA,N末端结构域超家族
InterPro注释
该条目表示细菌转录因子(如NusA(N利用物质A))的N末端RNA聚合酶结合域。NusA参与转录暂停、终止和反终止。NusA来自海洋热藻包含一个N末端结构域和三个RNA-结合结构域(一个S1结构域和两个KH结构域)。N端结构域由α/β(3)/α/β/α褶皱内的分叉螺旋β-片组成,可分为两个子结构域:球状头部和螺旋体。球状头部亚结构域可能与RNA聚合酶相互作用,而螺旋体显示出与sigma70中螺旋结构域相似的结构[14621988].
跳转到[页面顶部·SCOP分类·InterPro注释·PDBeMotif链接·功能注释]
浏览这个超家族的基因组分配。SUPERFAMILY隐马尔可夫模型库用于超家族水平上所有基因组的外SCOP域分配。
序列对齐2种型号单击上面的“Alignments”图标即可访问此超级系列中的。PDB序列一致性低于40%默认情况下显示,但可以对齐任何其他序列。选择PDB序列、基因组序列,或粘贴或上传您自己的序列。
浏览和查看基因组中具有不同的结构域组合包括转录因子NusA,N末端结构域。
检查域超家族或家族在主要分类王国或王国内基因组中的分布。这给人一个直接的印象,即超级家族是如何被限制在某些生命王国中的。
探索域发生网络,其中节点表示基因组,边缘是包含感兴趣超家族的域架构(基因组之间共享)。
有2个隐马尔可夫模型表示转录因子NusA,N末端结构域超家族。关于如何构建模型的信息,以及显示疏水性,匹配发射概率和插入/删除概率可以检查。
跳转到[页面顶部·SCOP分类·InterPro注释·PDBeMotif链接·功能注释·内部数据库链接]