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主页>SCOP层次结构>转录调控蛋白vp16超家族的保守核心
InterPro注释
单纯疱疹病毒(Herpes Simplex virus)的α-TIF(VP16)是一种重要的表皮蛋白,在病毒感染的裂解阶段参与病毒即刻早期(IE)启动子(α基因)的转录激活。VP16与细胞转录因子(包括通用转录因子TFIIB和转录辅激活因子PC4)结合以提高转录速率。VP16的N末端残基赋予IE基因特异性,而C末端残基负责转录激活。在C末端区域内有两个激活区域,它们可以独立和协同激活转录[15654739]. VP16与两种细胞蛋白形成转录调控复合物,即POU域转录因子Oct-1和细胞增殖因子HCF-1[12826401]. VP16是一种具有不寻常折叠的α/β蛋白。其他转录因子可能具有类似的拓扑结构。
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浏览此超家族的基因组分配。SUPERFAMILY隐马尔可夫模型库用于超家族水平上所有基因组的外SCOP域分配。
序列对齐1个型号点击上面的“路线”图标,即可获得该超级家族中的路线。PDB序列的相同性小于40%默认情况下显示,但可以对齐任何其他序列。选择PDB序列、基因组序列,或者粘贴或上传您自己的序列。
浏览和查看具有以下特征的基因组中的蛋白质不同的结构域组合包括转录调控蛋白vp16结构域的保守核心。
检查域超家族或家族在主要分类王国或王国内基因组中的分布。这给人一个直接的印象,即超级家族是如何被限制在某些生命王国中的。
探索域发生网络,其中节点表示基因组,边缘是包含感兴趣超家族的域架构(基因组之间共享)。
有1个隐马尔可夫模型代表转录调控蛋白vp16超家族的保守核心。关于如何构建模型的信息,以及显示疏水性,匹配发射概率和插入/删除概率可以检查。
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