SUPERFAMILY 1.75 HMM库和基因组分配服务器

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类SCP超家族

SCOP分类
根目录: SUPERFAMILY中的SCOP层次结构[ 0] (11)
类别: α和β蛋白(a+b)[ 53931] (376)
折叠: 类SCP[ 55717]
超级家族:   类SCP[ 55718] (4)
家庭: 甾醇载体蛋白[ 55719] (3)
  胶束依赖性马来酰丙酮酸异构酶C-末端结构域样[ 160614]
  烷基硫酸酯酶C末端结构域样[ 160617]
  EF1021 C端子域状[ 160620] (3)


超级家庭统计
基因组(1,728) Uniprot 2018_03基因组 PDB链(SCOP1.75)
4,227 32,330 12
蛋白质 4, 171 32,084 12


功能注释
一般类别 新陈代谢
详细类别 辅酶代谢和转运

文档:
SCOP域超家族的功能注释

酶委员会(EC)

(显示详细信息)
EC术语FDR(全部)SDEO水平注释(直接或继承)
酶委员会(EC)氨基以外的转移基团0.000000002703信息量适中直接

文档:SCOP域的EC注释

蠕虫表型(WP)

(显示详细信息)
WP术语FDR(全部)SDWP水平注释(直接或继承)
蠕虫表型(WP)幼虫发育变异0信息最少直接

文档:SCOP域的WP注释

爪蟾解剖学(XA)

(显示详细信息)
XA术语FDR(全部)SDXA级别注释(直接或继承)
爪蟾非原子实体(XAN)泌尿生殖系统0信息最少直接
爪蟾非原子实体(XAN)大旅行箱0信息最少直接
爪蟾非原子实体(XAN)空泡复合器官0信息最少直接
爪蟾非原子实体(XAN)消化系统0信息量适中直接
爪蟾非原子实体(XAN)睾丸0信息量适中直接
爪蟾非原子实体(XAN)内脏0信息量适中直接
爪蟾非原子实体(XAN)0信息直接
非洲爪蟾发育阶段(XDE)未指定阶段0信息量适中直接

文档:SCOP域的XA注释

酶委员会(EC)

(显示详细信息)
EC术语FDR(全部)SDEC级注释(直接或继承)
酶委员会(EC)氧化还原酶类0.008239信息最少继承
酶委员会(EC)裂解酶0.02327信息最少继承
酶委员会(EC)氨基以外的转移基团0.000000008663信息量适中直接
酶委员会(EC)代表CH-OH捐赠者小组0.00002148信息量适中直接
酶委员会(EC)碳氧裂解酶0.001621信息量适中继承
酶委员会(EC)以NAD(+)或NADP(+)为受体0.00001441信息直接

文档:SCOP域的EC注释

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内部数据库链接

浏览这个超家族的基因组分配。SUPERFAMILY隐马尔可夫模型库用于超家族水平上所有基因组的外SCOP域分配。


序列对齐13种型号单击上面的“Alignments”图标即可访问此超级系列中的。PDB序列一致性低于40%默认情况下显示,但可以对齐任何其他序列。选择PDB序列、基因组序列,或粘贴或上传您自己的序列。


浏览和查看基因组中具有包括类SCP域的不同域组合。


检查域超家族或家族在主要分类王国或王国内基因组中的分布。这给人一个直接的印象,即超级家族是如何被限制在某些生命王国中的。


探索域发生网络,其中节点表示基因组,边缘是包含感兴趣超家族的域架构(基因组之间共享)。

有13个隐马尔可夫模型代表类SCP超家族。关于如何构建模型的信息,以及显示疏水性,匹配发射概率插入/删除概率可以检查。


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