SUPERFAMILY 1.75 HMM库和基因组分配服务器

SUPERFAMILY 2可从supfam.org。拜托联系我们如果你遇到任何问题。


互变酶/MIF超家族

SCOP分类
根目录: SUPERFAMILY中的SCOP层次结构[ 0] (11)
类别: α和β蛋白(a+b)[ 53931] (376)
折叠: 互变酶/MIF[ 55330]
超级家族:   互变酶/MIF[ 55331] (6)
家庭: 4-草酸互变酶样[ 55332] (4)
  5-羧甲基-2-羟基粘果酸异构酶(CHMI)[ 55336]
  MIF相关[ 55339] (2)
  假设蛋白质HI1388.1[ 103098]
  VC0714类[ 111043]
  类似MSAD[ 143532]


超级家庭统计
基因组(1,956) Uniprot 2018_03基因组 PDB链(SCOP1.75)
3,743 26,829 28
蛋白质 3,714 26,646 28


功能注释
一般类别 新陈代谢
详细类别 其他酶

文档:
SCOP域超家族的功能注释

酶委员会(EC)

(显示详细信息)
EC术语FDR(全部)SDEO水平注释(直接或继承)
酶委员会(EC)异构酶类0.0000000000005537信息最少直接
酶委员会(EC)裂解酶0.0002055信息最少直接
酶委员会(EC)分子内氧化还原酶0信息量适中直接
酶委员会(EC)羧基裂解酶0.000000001071信息量适中直接
酶委员会(EC)转换C===C键0信息直接
酶委员会(EC)酮基和烯醇基的相互转化0高度信息化直接

文档:SCOP域的EC注释

蠕虫表型(WP)

(显示详细信息) 文档:SCOP域的WP注释

拟南芥植物本体(AP)

(显示详细信息)
AP术语FDR(全部)SDAP级别注释(直接或继承)
植物非原子实体(PAN)拍摄轴0信息最少直接
植物非原子实体(PAN)整个工厂0信息最少直接
植物非原子实体(PAN)保护电池0信息最少直接
植物非原子实体(PAN)种子0信息最少直接
植物非原子实体(PAN)集体叶状体结构0信息最少直接
植物非原子实体(PAN)大孢子叶0信息最少直接
植物非原子实体(PAN)0信息最少直接
植物非原子实体(PAN)小孢子叶0信息最少直接
植物非原子实体(PAN)0信息最少直接
植物非原子实体(PAN)多组织植物结构的重要组成部分0信息最少直接
植物非原子实体(PAN)根系统0信息最少直接
植物非原子实体(PAN)子叶0信息量适中直接
植物非原子实体(PAN)配子0信息直接
工厂结构开发阶段(PDE)LP.04四叶可视台0信息最少直接
工厂结构开发阶段(PDE)F成熟胚期0信息最少直接
厂房结构开发阶段(PDE)LP.02二叶可视台0信息最少直接
工厂结构开发阶段(PDE)4叶衰老期0信息最少直接
工厂结构开发阶段(PDE)D双侧阶段0信息最少直接
工厂结构开发阶段(PDE)LP.06六叶可视舞台0信息最少直接
工厂结构开发阶段(PDE)C球状阶段0信息最少直接
工厂结构开发阶段(PDE)LP.08八叶可视台0信息最少直接
工厂结构开发阶段(PDE)LP.12十二叶可视舞台0信息最少直接
工厂结构开发阶段(PDE)E膨大子叶期0信息最少直接
工厂结构开发阶段(PDE)LP.10十叶可视舞台0信息最少直接

文档:SCOP域的AP注释

酶委员会(EC)

(显示详细信息)
EC术语FDR(全部)SDEC级注释(直接或继承)
酶委员会(EC)裂解酶0.006449信息最少继承
酶委员会(EC)异构酶类0信息量适中直接
酶委员会(EC)碳碳裂解酶0.000000627信息量适中直接
酶委员会(EC)分子内氧化还原酶0信息直接
酶委员会(EC)羧酸裂解酶0.00000002838信息直接
酶委员会(EC)转换C=C债券0.00000002236高度信息化直接

文档:SCOP域的EC注释

UniProtKB关键字(KW)

(显示详细信息)
KW术语FDR(全部)SDKW电平注释(直接或继承)
翻译后修改异构酶0信息量适中直接

文档:SCOP域的KW注释

跳转到[页面顶部·SCOP分类·功能注释·酶委员会(EC)·蠕虫表型(WP)·拟南芥植物本体(AP)·酶委员会(EC)·UniProtKB关键字(KW)]

内部数据库链接

浏览此超家族的基因组分配。SUPERFAMILY隐马尔可夫模型库用于超家族水平上所有基因组的外SCOP域分配。


序列对齐36款车型单击上面的“Alignments”图标即可访问此超级系列中的。PDB序列一致性低于40%默认情况下显示,但可以对齐任何其他序列。选择PDB序列、基因组序列,或者粘贴或上传您自己的序列。


浏览和查看具有以下特征的基因组中的蛋白质不同的域组合包括互变酶/MIF域。


检查域超家族或家族在主要分类王国或王国内基因组中的分布。这给人一个直接的印象,即超级家族是如何被限制在某些生命王国中的。


探索域发生网络,其中节点代表基因组,边缘是包含感兴趣的超家族的域架构(在基因组之间共享)。

共有36个隐马尔可夫模型代表互变酶/MIF超家族。关于如何构建模型的信息,以及显示疏水性,匹配发射概率插入/删除概率可以检查。


跳转到[页面顶部·SCOP分类·功能注释·酶委员会(EC)·蠕虫表型(WP)·拟南芥植物本体(AP)·酶委员会(EC)·UniProtKB关键字(KW)·内部数据库链接]