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谷氨酰胺合成酶,N-末端结构域超家族

SCOP分类
根目录: SUPERFAMILY中的SCOP层次结构[ 0] (11)
类别: α和β蛋白(a+b)[53931个] (376)
折叠: β-抓(泛素样)[ 54235] (14)
超级家族:   谷氨酰胺合成酶,N-末端结构域[54368个]
家庭: 谷氨酰胺合成酶,N-末端结构域[ 54369]


超级家庭统计
基因组(2,732) Uniprot 2018_03基因组 PDB链(SCOP1.75)
5,619 47,325 4
蛋白质 5,615 47,312 4


功能注释
一般类别 新陈代谢
详细类别 辅酶代谢和转运

文档:
SCOP域超家族的功能注释

酶委员会(EC)

(显示详细信息)
EC术语FDR(全部)SDEO水平注释(直接或继承)
酶委员会(EC)连接酶类0信息最少直接
酶委员会(EC)裂解酶0.9467信息最少继承
酶委员会(EC)形成碳氮键0信息量适中直接
酶委员会(EC)羧酸裂解酶0.0002424信息量适中直接
酶委员会(EC)酸——氨(或酰胺)连接酶(酰胺合成酶)0高度信息化直接
酶委员会(EC)谷氨酸脱羧酶0高度信息化直接

文档:SCOP域的EC注释

蠕虫表型(WP)

(显示详细信息) 文档:SCOP域的WP注释

拟南芥植物本体(AP)

(显示详细信息)
AP术语FDR(全部)SDAP级别注释(直接或继承)
植物非原子实体(PAN)小孢子叶0信息最少直接
植物非原子实体(PAN)0信息最少直接
植物非原子实体(PAN)大孢子叶0信息最少直接
植物非原子实体(PAN)0信息最少直接
植物非原子实体(PAN)种子0信息最少直接
植物非原子实体(PAN)集体叶状体结构0信息最少直接
工厂原子实体(PAN)整个工厂0信息最少直接
植物非原子实体(PAN)拍摄轴0信息最少直接
工厂结构开发阶段(PDE)E膨大子叶期0信息最少直接

文档:SCOP域的AP注释

酶委员会(EC)

(显示详细信息)
EC术语FDR(全部)SDEC级注释(直接或继承)
酶委员会(EC)连接酶类0信息量适中直接
酶委员会(EC)氨基以外的转移基团0.04476信息量适中继承
酶委员会(EC)酸-氨(或胺)连接酶(酰胺合成酶)0高度信息化直接

文档:SCOP域的EC注释

InterPro注释
交叉引用 IPR008147 SSF54368号 蛋白质匹配
摘要

谷氨酰胺合成酶(GS)[公共医学2900091]通过催化谷氨酸和氨的缩合形成谷氨酰胺,在氮代谢中起着重要作用。

GS似乎有三种不同的类别[公共医学8096645,公共医学2575672,公共医学7916055]:

  • I类酶(GSI)是原核生物特有的,是12个相同亚基的低聚物。GSI型酶的活性由酪氨酸残基的腺苷酸化控制。腺苷酸酶不活跃(参见).
  • II类酶(GSII)存在于真核生物和根瘤菌科、弗兰克氏菌科和链霉菌科的细菌中(这些细菌也有I类GS)。GSII是相同亚单位的八聚体。植物有两种或两种以上的GSII同工酶,其中一种同工酶转移到叶绿体中。
  • 目前,只有在脆弱拟杆菌和中纤维溶解丁酸弧菌它是由相同链条组成的六聚体。它比GSI(450到470个氨基酸)或GSII(350到420个氨基酸)酶大得多(约700个氨基酸)。

虽然GS的三个类别在结构上明显相关,但序列的相似性并不那么广泛。


InterPro数据库


关于配体、序列和结构基序的PDBeMotif信息
交叉引用 PDB条目
配体结合统计
核酸结合统计
二级结构元素的出现
小型3D结构图案的出现

PDBeMotif资源

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内部数据库链接

浏览此超家族的基因组分配。SUPERFAMILY隐马尔可夫模型库用于超家族水平上所有基因组的外SCOP域分配。


序列对齐5种型号点击上面的“路线”图标,即可获得该超级家族中的路线。PDB序列的相同性小于40%默认情况下显示,但可以对齐任何其他序列。选择PDB序列、基因组序列,或者粘贴或上传您自己的序列。


浏览和查看具有以下特征的基因组中的蛋白质不同的结构域组合包括谷氨酰胺合成酶,N末端结构域。


检查域超家族或家族在主要分类王国或王国内基因组中的分布。这给人一个直接的印象,即超级家族是如何被限制在某些生命王国中的。


探索域发生网络,其中节点表示基因组,边缘是包含感兴趣超家族的域架构(基因组之间共享)。

谷氨酰胺合成酶N末端结构域超家族有5个隐马尔可夫模型。关于如何构建模型的信息,以及显示疏水性,匹配发射概率插入/删除概率可以检查。


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