SUPERFAMILY 1.75 HMM库和基因组分配服务器

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CAD和PB1域超家族

SCOP分类
根目录: SUPERFAMILY中的SCOP层次结构[ 0] (11)
类别: α和β蛋白(a+b)[ 53931] (376)
折叠: β-抓(泛素样)[ 54235] (14)
超级家族:   CAD和PB1域[ 54277] (2)
家庭: CAD领域[ 54278] (3)
  PB1域[ 64225] (10)


超级家庭统计
基因组(477) Uniprot 2018_03基因组 PDB链(SCOP1.75)
9, 330 21,109 23
蛋白质 9,302 21,065 23


功能注释
一般类别 流程_IC
详细类别 细胞周期,凋亡

文档:
SCOP域超家族的功能注释

酶委员会(EC)

(显示详细信息)
EC术语FDR(全部)SDEO水平注释(直接或继承)
酶委员会(EC)蛋白质-氨基酸/苏氨酸激酶零点零零零零零零零零零零零零零五九六八信息量适中直接
酶委员会(EC)蛋白激酶C4.713e-16号机组高度信息化直接
酶委员会(EC)有丝分裂原活化蛋白激酶激酶0.0000008198高度信息化直接

文档:SCOP域的EC注释

人类表型(HP)

(显示详细信息)
HP术语FDR(全部)SDHP水平注释(直接或继承)
表型异常(PA)代谢/体内平衡异常0信息最少直接

文档:SCOP域的HP注释

小鼠表型(MP)

(显示详细信息)
MP术语FDR(全部)SDMP级别注释(直接或继承)
哺乳动物表型(MP)异常内稳态0.7887信息最少继承
哺乳动物表型(MP)激素水平异常0.1044信息量适中继承
哺乳动物表型(MP)脂质稳态异常0.1433信息量适中继承
哺乳动物表型(MP)蛋白质水平异常0.3184信息量适中继承
哺乳动物表型(MP)循环瘦素水平异常0.0005437信息直接
哺乳动物表型(MP)白色脂肪组织形态异常0.0234信息继承
哺乳动物表型(MP)循环酶水平异常0.04723信息继承
哺乳动物表型(MP)脂肪酸水平异常0.0009868高度信息化直接
哺乳动物表型(MP)脂肪细胞形态异常0.006351高度信息化继承

文档:SCOP域的MP注释

蠕虫表型(WP)

(显示详细信息)
WP术语FDR(全部)SDWP水平注释(直接或继承)
蠕虫表型(WP)细胞形态变异0.01547信息最少继承
蠕虫表型(WP)细胞生理变异0.03479信息最少继承
蠕虫表型(WP)生物代谢过程变体0.1688信息最少继承
蠕虫表型(WP)胞内转运变异体0.0003134信息量适中直接
蠕虫表型(WP)早期胚胎致死0.0003604信息量适中直接
蠕虫表型(WP)细胞组织生物发生变体0.0004248信息量适中直接
蠕虫表型(WP)蛋白质表达变体0.0006893信息量适中直接
蠕虫表型(WP)卵母细胞生理变异0.0001091信息直接
蠕虫表型(WP)内吞转运缺陷0.0002909信息直接

文档:SCOP域的WP注释

苍蝇表型(FP)

(显示详细信息) 文档:SCOP域的FP注释

飞行解剖学(FA)

(显示详细信息)
FA术语FDR(全部)SDFA级别注释(直接或继承)
飞行解剖学(FA)细胞0信息最少直接

文档:SCOP域的FA注释

斑马鱼解剖学(ZA)

(显示详细信息) 文档:SCOP域的ZA注释

爪蟾解剖学(XA)

(显示详细信息) 文档:SCOP域的XA注释

拟南芥植物本体(AP)

(显示详细信息)
AP术语FDR(全部)SDAP级别注释(直接或继承)
植物非原子实体(PAN)分生组织部分0.1364信息最少继承
植物非原子实体(PAN)根系统0.3903信息最少继承
植物非原子实体(PAN)根分生组织0.01093高度信息化继承

文档:SCOP域的AP注释

酶委员会(EC)

(显示详细信息)
EC术语FDR(全部)SDEC级注释(直接或继承)
酶委员会(EC)转移含磷基团0信息最少直接
酶委员会(EC)蛋白质-氨基酸/苏氨酸激酶零点零零零零零零零零零零零零零二三四二信息量适中直接

文档:SCOP域的EC注释

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内部数据库链接

浏览此超家族的基因组分配。SUPERFAMILY隐马尔可夫模型库已被用于携带超家族水平上所有基因组的外SCOP域分配。


序列对齐21种型号单击上面的“Alignments”图标即可访问此超级系列中的。PDB序列一致性低于40%默认情况下显示,但可以对齐任何其他序列。选择PDB序列、基因组序列,或粘贴或上传您自己的序列。


浏览和查看具有以下特征的基因组中的蛋白质不同的域组合,包括CAD和PB1域域。


检查域超家族或家族在主要分类王国或王国内基因组中的分布。这给人一个直接的印象,即超级家族是如何被限制在某些生命王国中的。


探索域发生网络,其中节点表示基因组,边缘是包含感兴趣超家族的域架构(基因组之间共享)。

有21个隐马尔可夫模型代表CAD和PB1域超家族。关于如何构建模型的信息,以及显示疏水性,匹配发射概率插入/删除概率可以进行检查。


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