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斑马鱼解剖学(ZA):生物体细分(显示信息)
表型本体与基因本体论(GO)一样,表型本体论通过将单个术语视为节点及其与父项(允许多个父项)的关系视为有向边,将基因突变/空表型信息从顶部非常一般的术语分类并组织到有向无环图(DAG)中更具体的术语。要导航此层次结构,我们显示所有亲本表型项按与当前项的最短距离排序的当前感兴趣的表型项。也,仅直接儿童表型术语列出了当前表型术语的。我们纳入的表型本体如下:
- 疾病本体(DO)DO通过DO术语到MeSH、ICD、NCI同义词库、SNOMED和OMIM的广泛交叉映射,在语义上整合了疾病和医学词汇。
- 人类表型(HP)本体(HP)HP捕获OMIM中描述的表型异常,以及相应的致病基因。它包括三个互补的生物学概念:遗传模式(MI)、ONset_and_clinical_course(ON)和表型异常(PA)。
- 小鼠表型(MP)本体(MP)MP描述了特定基因被基因破坏后小鼠的表型。利用它,小鼠基因组信息学(MGI)为小鼠提供了高覆盖率的基因水平表型。
- 蠕虫表型本体WP对秀丽线虫和其他线虫的表型描述进行分类和组织。使用它,WormBase为秀丽线虫的表型注释提供了主要资源。
- 酵母表型本体酵母基因组数据库(SGD)基于YP,YP是子囊菌表型本体的主要贡献者,为酵母基因组中的每个基因提供单一突变表型。
- 苍蝇表型本体FP指FlyBase控制的词汇表。具体来说,FlyBase中的等位基因注释(针对其诱变剂等)使用结构化受控词汇。
- 蝇类解剖本体FA是黑腹果蝇解剖结构的结构化受控词汇,用于描述表型和基因表达的位置。
- 斑马鱼解剖学本体ZA使用标准解剖学命名法显示斑马鱼的解剖学术语,以及受影响的基因。
- 爪蟾解剖学本体XA代表青蛙(非洲爪蟾和热带爪蟾)的组织谱系和发育时间。它用于注释爪蟾基因表达模式以及突变和变体表型。
- 拟南芥植物本体(AP)作为描述植物解剖和形态结构(AN)以及生长发育阶段(DE)的植物本体论的主要贡献者,拟南芥信息资源(TAIR)为模型高等植物拟南芥提供了拟南芥植物本体论注释。
- 酶委员会(EC)本体(EC)每个酶都有一个四位数的EC编号,前三位数定义了催化的反应,第四位数是唯一的标识符(序列号)。每种酶都有一个系统名称,唯一地定义了所催化的反应。
- DrugBank ATC(DB)本体(DB)在解剖治疗化学(ATC)分类系统中,药物根据其作用的器官或系统(第一级,解剖主要组)及其治疗(第二级,治疗亚组)、药理(第三级,药理亚组)分为五个不同级别的组和化学性质(第4级,化学亚组;第5级,化学物质)。只考虑DrugBank中的药物。
- UniProtKB关键字(KW)本体UniProtKB中的关键字是受控词汇表,提供条目内容的摘要,并用于基于10个类别(此处不包括“技术术语”类别)索引UniProtKB/Swiss-Prot条目。每个关键字都手动归属于UniProtKB/Swiss-Prot条目,并自动归属于UniProtKB/TrEMBL条目(根据特定的注释规则)。
- UniProtKB UniPathway(UP)本体UP是一个完全手动管理的资源,用于表示和注释代谢途径,在UniProtKB中用作路径注释的受控词汇。
结构域表型本体及其注释蛋白质结构分类(SCOP)将进化相关域划分为超级家族水平和家庭级别。使用上述表型本体,我们生成了以结构域为中心的表型注释,并进一步确定了那些对SCOP结构域注释信息最多的表型术语。令人欣慰的是,以域为中心的表型注释可以作为探索基因型-表型关系的另一个起点。我们为下载提供了几个相关文件,包括每个表型本体的注释和相应的本体。
超域表型本体及其注释虽然以域为中心的注释在描述独立域的表型性质方面有很大的希望,但大多数域本身可能不只是单独工作。在多域蛋白质中,它们可以结合在一起形成不同的域结构。现有结构域的重组被认为是表型多样性的主要驱动力之一。作为扩展,我们还生成了超域表型本体及其注释。与以域为中心的表型本体论和注释(SCOP域超级家族水平和家庭级别),此版本仅关注超域和单个SCOP域超级家族级别。此外,就单个超家族而言,以域为中心版本的注释可能与超域版本的注释不同。根据您的关注点,前者应用于考虑超级家族水平和家庭级别,否则,如果您对域组合感兴趣,应使用后者。此外,我们还为下载提供了几个相关文件,包括每个表型本体的注释和相应的本体。
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根:ZA层次(ZFIN斑马鱼解剖本体中的斑马鱼解剖学)
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超级家族(显示详细信息)
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家庭(显示详细信息)
在系统发育树上为超级家族和/或家庭由该表型术语注释的域
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将树绘制为:
| | 下载Newick格式树:
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(显示帮助)
树木依据树向量
使用蛋白质域生成存在/缺失矩阵超级家族中所有基因组的结构数据。这个PAUP公司软件用于使用启发式简约方法。基因组组合或特定分支可以显示为如果有单株树的话。然而,该数据是从单个大树。这会产生比生成树时更高质量的拓扑并允许树立即显示。
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超域(包括单个超家族)(显示详细信息)
(显示详细信息)
本ZA术语注释的超域(SPZA等级:信息最少)
以灰色突出显示的是FDR>0.001的那些
N到C端子顺序的超域(双工) |
FDR(全部) |
注释(直接或继承) |
57424,57424 57424 -LDL受体样模块 57424 -LDL受体样模块 | 0 | 直接 |
55550,55550 55550 -SH2域 55550 -SH2域 | 0 | 直接 |
48425,50729 48425 -Sec7域 50729 -PH类域 | 0 | 直接 |
52058,49265 52058 -L类域名 49265 -纤维连接蛋白III型 | 0 | 直接 |
54160,54160 54160个-类色度域 54160 -类色度域 | 0 | 直接 |
56968,48431 56968个-脂蛋白球蛋白复合物;β-薄片壳区域 48431 -脂蛋白-磷蛋白复合物,超羟基结构域 | 0 | 直接 |
81324,81324 81324 -电压门控钾通道 81324 -电压门控钾通道 | 0 | 直接 |
49785,57184 49785 -半乳糖结合结构域样 57184 -生长因子受体结构域 | 0 | 直接 |
50729,47473 50729 -PH类域 47473 -结构域 | 0 | 直接 |
90193,90193 90193 -陷波域 90193 -陷波域 | 0 | 直接 |
47473,51695 47473 -结构域 51695 -类PLC磷酸二酯酶 | 0 | 直接 |
57362,57362 57362个-类似BPTI 57362个-类似BPTI | 0 | 直接 |
46785,46785 46785 -“翼螺旋”DNA-结合域 46785 -“翼螺旋”DNA-结合域 | 0 | 直接 |
57196,63825 57196 -EGF/层粘连蛋白 63825 -YWTD域 | 0 | 直接 |
141072,141072 141072 -类CalX 141072 -类CalX | 0 | 直接 |
53300,53300 53300 -vWA类 5.33万-vWA类 | 0 | 直接 |
46938,52087 46938 -CRAL/TRIO N端域 52087 -CRAL/TRIO域 | 0 | 直接 |
55021,56534 55021 -类ACT 56534 -芳香氨基酸单加氧酶,催化和齐聚域 | 0 | 直接 |
57184,57184 57184 -生长因子受体结构域 57184 -生长因子受体结构域 | 0 | 直接 |
57196,49899 57196 -EGF/层粘连蛋白 49899 -伴刀豆球蛋白A样凝集素/葡聚糖酶 | 0 | 直接 |
57903,47370 57903 -FYVE/PHD锌指 47370 -溴代甲烷 | 0 | 直接 |
53067,100920 53067 -类肌动蛋白ATP酶结构域 100920 -热休克蛋白70kD(HSP70),肽结合结构域 | 0 | 直接 |
57184,57603 57184 -生长因子受体结构域 57603 -类FnI域 | 0 | 直接 |
54001,143791 54001 -半胱氨酸蛋白酶 143791 -类DUSP | 0 | 直接 |
50978,50998 50978 -WD40重复 50998个-奎诺蛋白醇脱氢酶类 | 0 | 直接 |
50156,50044 50156 -PDZ域类 50044 -SH3-域 | 0 | 直接 |
54791,54791 54791 -真核型KH-结构域(KH-域I型) 54791 -真核型KH-结构域(KH-域I型) | 0 | 直接 |
52743,49785 52743 -类枯草杆菌 49785 -半乳糖结合域样 | 0 | 直接 |
50447,50465 50447 -翻译蛋白 50465 -EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C末端结构域 | 0 | 直接 |
54585,52540 54585 -Cdc48域2-类 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
52540,50447 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 50447 -翻译蛋白 | 0 | 直接 |
51556,51338 51556 -金属依赖性水解酶 51338 -金属依赖水解酶的复合结构域 | 0 | 直接 |
90257,57997 90257 -肌球蛋白棒碎片 57997 -原肌球蛋白 | 0 | 直接 |
63825,57196 63825 -YWTD域 57196 -EGF/层粘连蛋白 | 0 | 直接 |
57196,90193 57196 -EGF/层粘连蛋白 90193 -陷波域 | 0 | 直接 |
49854,57196 49854 -精粘连蛋白,CUB域 57196 -EGF/层粘连蛋白 | 0 | 直接 |
50692,54585 50692 -类ADC 54585 -Cdc48域2-类 | 0 | 直接 |
49417,47719 49417 -p53类转录因子 47719 -p53四聚结构域 | 0 | 直接 |
57850,57850 57850 -环/U形盒 57850 -环/U形盒 | 0 | 直接 |
52490,55307 52490 -管蛋白核苷酸结合域样 55307 -Tubulin C末端domain-like | 0 | 直接 |
57903,57903 57903 -FYVE/PHD锌指 57903 -FYVE/PHD锌指 | 0 | 直接 |
50729,56112 50729 -PH类域 56112 -蛋白激酶样(PK-like) | 0 | 直接 |
48452,81901 48452 -类似TPR 81901 -类HCP | 0 | 直接 |
54160,52540 54160 -类色度域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
57440,57440 57440 -类似Kringle 57440 -类似Kringle | 0.3359 | 继承自:咽弓1 |
57196,49854 57196 -EGF/层粘连蛋白 49854 -精粘连蛋白,CUB域 | 0.3359 | 继承自:翅片 |
49313,49313 49313 -类钙粘蛋白 49313 -类钙粘蛋白 | 0.641 | 继承自:视网膜神经节细胞层 |
50156,50156 50156 -PDZ域类 50156 -PDZ域类 | 0.705 | 继承自:眼睛感光细胞||视网膜外核层 |
N到C端子顺序的超域(双工) |
FDR(全部) |
注释(直接或继承) |
57424,57424 57424 -LDL受体样模块 57424 -LDL受体样模块 | 0 | 直接 |
55550,55550 55550 -SH2域 55550 -SH2域 | 0 | 直接 |
48425,50729 48425 -Sec7域 50729 -PH类域 | 0 | 直接 |
52058,49265 52058 -L类域名 49265 -纤维连接蛋白III型 | 0 | 直接 |
54160,54160 54160 -类色度域 54160 -类色度域 | 0 | 直接 |
56968,48431 56968个-脂蛋白球蛋白复合物;β-薄片壳区域 48431 -脂蛋白-磷蛋白复合物,超羟基结构域 | 0 | 直接 |
81324,81324 81324 -电压门控钾通道 81324 -电压门控钾通道 | 0 | 直接 |
49785,57184 49785 -半乳糖结合域样 57184 -生长因子受体结构域 | 0 | 直接 |
50729,47473 50729 -PH类域 47473 -结构域 | 0 | 直接 |
90193,90193 90193 -陷波域 90193 -陷波域 | 0 | 直接 |
47473,51695 47473 -结构域 51695个-PLC样磷酸二酯酶 | 0 | 直接 |
57362,57362 57362个-类似BPTI 57362个-类似BPTI | 0 | 直接 |
46785,46785 46785人-“翼螺旋”DNA-结合域 46785 -“翼螺旋”DNA-结合域 | 0 | 直接 |
57196,63825 57196 -EGF/层粘连蛋白 63825 -YWTD域 | 0 | 直接 |
141072,141072 141072 -类CalX 141072 -类CalX | 0 | 直接 |
53300,53300 5.33万-vWA类 53300 -vWA类 | 0 | 直接 |
46938,52087 46938 -CRAL/TRIO N端域 52087 -CRAL/TRIO域 | 0 | 直接 |
55021,56534 55021 -行动起来像 56534 -芳香氨基酸单加氧酶,催化和齐聚域 | 0 | 直接 |
57184,57184 57184 -生长因子受体结构域 57184 -生长因子受体结构域 | 0 | 直接 |
57196,49899 57196 -EGF/层粘连蛋白 49899 -伴刀豆球蛋白A样凝集素/葡聚糖酶 | 0 | 直接 |
57903,47370 57903 -FYVE/PHD锌指 47370 -溴代甲烷 | 0 | 直接 |
53067,100920 53067 -类肌动蛋白ATP酶结构域 100920 -热休克蛋白70kD(HSP70),肽结合域 | 0 | 直接 |
57184,57603 57184 -生长因子受体结构域 57603 -类FnI域 | 0 | 直接 |
54001,143791 54001 -半胱氨酸蛋白酶 143791 -类DUSP | 0 | 直接 |
50978,50998 50978 -WD40重复 50998个-奎诺蛋白醇脱氢酶类 | 0 | 直接 |
50156,50044 50156 -PDZ域类 50044 -SH3-域 | 0 | 直接 |
54791,54791 54791 -真核型KH-结构域(KH-域I型) 54791 -真核型KH-结构域(KH-域I型) | 0 | 直接 |
52743,49785 52743 -类似枯草杆菌蛋白酶 49785 -半乳糖结合域样 | 0 | 直接 |
50447,50465 50447个-翻译蛋白 50465 -EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C末端结构域 | 0 | 直接 |
54585,52540 54585 -Cdc48域2-类 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
52540,50447 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 50447 -翻译蛋白 | 0 | 直接 |
51556,51338 51556 -金属依赖水解酶 51338 -金属依赖水解酶的复合结构域 | 0 | 直接 |
90257,57997 90257 -肌球蛋白棒碎片 57997 -原肌球蛋白 | 0 | 直接 |
63825,57196 63825 -YWTD域 57196 -EGF/层粘连蛋白 | 0 | 直接 |
57196,90193 57196 -EGF/层粘连蛋白 90193 -陷波域 | 0 | 直接 |
49854,57196 49854 -精粘连蛋白,CUB域 57196 -EGF/层粘连蛋白 | 0 | 直接 |
50692,54585 50692 -类ADC 54585 -Cdc48结构域2样 | 0 | 直接 |
49417,47719 49417 -p53类转录因子 47719 -p53四聚结构域 | 0 | 直接 |
57850,57850 57850 -环/U形盒 57850 -环/U形盒 | 0 | 直接 |
52490,55307 52490 -管蛋白核苷酸结合域样 55307 -Tubulin C末端domain-like | 0 | 直接 |
57903,57903 57903人-FYVE/PHD锌指 57903 -FYVE/PHD锌指 | 0 | 直接 |
50729,56112 50729 -PH类域 56112 -蛋白激酶样(PK-like) | 0 | 直接 |
48452,81901 48452 -类似TPR 81901 -类HCP | 0 | 直接 |
54160,52540 54160 -类色度域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
57440,57440 57440 -类似Kringle 57440 -类似Kringle | 0.3359 | 继承 |
57196,49854 57196 -EGF/层粘连蛋白 49854 -精粘连蛋白,CUB域 | 0.3359 | 继承 |
49313,49313 49313 -类钙粘蛋白 49313 -类钙粘蛋白 | 0.641 | 继承 |
50156,50156 50156 -PDZ域类 50156 -类PDZ域 | 0.705 | 继承 |
(显示详细信息)
本ZA术语注释的超域(SPZA等级:信息最少)
以灰色突出显示的是FDR>0.001的那些
N到C端子顺序的超域(三重) |
FDR(全部) |
注释(直接或继承) |
50729,47473,51695 50729 -PH类域 47473 -结构域 51695 -类PLC磷酸二酯酶 | 0 | 直接 |
57196,63825,57196 57196 -EGF/层粘连蛋白 63825 -YWTD域 57196 -EGF/层粘连蛋白 | 0 | 直接 |
52540,50447,50465 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 50447 -翻译蛋白 50465 -EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C末端结构域 | 0 | 直接 |
57196,57184,57196 57196 -EGF/层粘连蛋白 57184 -生长因子受体结构域 57196 -EGF/层粘连蛋白 | 0 | 直接 |
57184,57184,57196 57184 -生长因子受体结构域 57184 -生长因子受体结构域 57196 -EGF/层粘连蛋白 | 0 | 直接 |
53067,53067,100920 53067 -类肌动蛋白ATP酶结构域 53067 -类肌动蛋白ATP酶结构域 100920 -热休克蛋白70kD(HSP70),肽结合域 | 0 | 直接 |
57196,49899,49899 57196 -EGF/层粘连蛋白 49899 -伴刀豆球蛋白A样凝集素/葡聚糖酶 49899 -伴刀豆球蛋白A样凝集素/葡聚糖酶 | 0 | 直接 |
54160,52540,52540 54160 -类色度域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
54585,52540,52540 54585 -Cdc48域2-类 52540个-含P-loop的三磷酸核苷水解酶 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
49854,57196,49854 49854 -精粘连蛋白,CUB域 57196 -EGF/层粘连蛋白 49854 -精粘连蛋白,CUB域 | 0 | 直接 |
57196,57196,90193 57196 -EGF/层粘连蛋白 57196 -EGF/层粘连蛋白 90193 -陷波域 | 0 | 直接 |
90193,90193,90193 90193 -陷波域 90193 -陷波域 90193 -陷波域 | 0 | 直接 |
54160,54160,52540 54160个-类色度域 54160 -染色体结构域样 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
57196,57184,57184 57196 -EGF/层粘连蛋白 57184 -生长因子受体结构域 57184 -生长因子受体结构域 | 0 | 直接 |
52743,49785,57184 第52743页-类枯草杆菌 49785 -半乳糖结合域样 57184 -生长因子受体结构域 | 0 | 直接 |
57184,57184,57184 57184 -生长因子受体结构域 57184 -生长因子受体结构域 57184 -生长因子受体结构域 | 0 | 直接 |
50156,50044,52540 50156 -PDZ域类 50044 -SH3-域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
54897,52743,49785 54897 -蛋白酶前肽/抑制剂 52743 -类枯草杆菌 49785 -半乳糖结合域样 | 0 | 直接 |
57850,57850,57850 57850 -环/U形盒 57850 -环/U形盒 57850 -环/U形盒 | 0 | 直接 |
50692,54585,52540 50692 -类似ADC 54585 -Cdc48域2-类 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
75399,75399,75399 75399 -Plakin重复 75399 -Plakin重复 75399 -Plakin重复 | 0 | 直接 |
57424,57424,57424 57424 -LDL受体样模块 57424 -LDL受体样模块 57424 -LDL受体样模块 | 0 | 直接 |
47031,50729,50729 47031个-FERM的第二域 50729 -PH类域 50729 -PH类域 | 0 | 直接 |
57184,52058,49265 57184 -生长因子受体结构域 52058 -L类域名 49265 -纤维连接蛋白III型 | 0 | 直接 |
57196,90193,90193 57196 -EGF/层粘连蛋白 90193 -陷波域 90193 -陷波域 | 0 | 直接 |
52058,49265,49265 52058 -L类域名 49265 -纤维连接蛋白III型 49265 -纤维连接蛋白III型 | 0 | 直接 |
49313,49313,49313 49313 -类钙粘蛋白 49313 -类钙粘蛋白 49313 -类钙粘蛋白 | 0.5066 | 继承自:视网膜神经节细胞层 |
N到C端子顺序的超域(三重) |
FDR(全部) |
注释(直接或继承) |
50729,47473,51695 50729 -PH结构域样 47473 -结构域 51695 -类PLC磷酸二酯酶 | 0 | 直接 |
57196,63825,57196 57196 -EGF/层粘连蛋白 63825 -YWTD域 57196 -EGF/层粘连蛋白 | 0 | 直接 |
52540,50447,50465 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 50447个-翻译蛋白 50465 -EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C末端结构域 | 0 | 直接 |
57196,57184,57196 57196 -EGF/层粘连蛋白 57184 -生长因子受体结构域 57196 -EGF/层粘连蛋白 | 0 | 直接 |
57184,57184,57196 57184 -生长因子受体结构域 57184 -生长因子受体结构域 57196 -EGF/层粘连蛋白 | 0 | 直接 |
53067,53067,100920 53067 -类肌动蛋白ATP酶结构域 53067 -类肌动蛋白ATP酶结构域 100920 -热休克蛋白70kD(HSP70),肽结合域 | 0 | 直接 |
57196,49899,49899 57196 -EGF/层粘连蛋白 49899 -伴刀豆球蛋白A样凝集素/葡聚糖酶 49899 -伴刀豆球蛋白A样凝集素/葡聚糖酶 | 0 | 直接 |
54160,52540,52540 54160 -类色度域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
54585,52540,52540 54585 -Cdc48域2-类 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
49854,57196,49854 49854 -精粘连蛋白,CUB域 57196 -EGF/层粘连蛋白 49854 -精粘连蛋白,CUB域 | 0 | 直接 |
57196,57196,90193 57196 -EGF/层粘连蛋白 57196 -EGF/层粘连蛋白 90193 -陷波域 | 0 | 直接 |
90193,90193,90193 90193 -陷波域 90193 -陷波域 90193 -陷波域 | 0 | 直接 |
54160,54160,52540 54160 -类色度域 54160 -类色度域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
57196,57184,57184 57196 -EGF/层粘连蛋白 57184 -生长因子受体结构域 57184 -生长因子受体结构域 | 0 | 直接 |
52743,49785,57184 52743 -类枯草杆菌 49785人-半乳糖结合域样 57184 -生长因子受体结构域 | 0 | 直接 |
57184,57184,57184 57184 -生长因子受体结构域 57184 -生长因子受体结构域 57184 -生长因子受体结构域 | 0 | 直接 |
50156,50044,52540 50156 -PDZ域类 50044 -SH3-域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
54897,52743,49785 54897 -蛋白酶前肽/抑制剂 52743 -类枯草杆菌 49785 -半乳糖结合域样 | 0 | 直接 |
57850,57850,57850 57850 -环/U形盒 57850 -环/U形盒 57850个-环/U形盒 | 0 | 直接 |
50692,54585,52540 50692 -类ADC 54585 -Cdc48域2-类 52540个-含有P-环的核苷三磷酸水解酶 | 0 | 直接 |
75399,75399,75399 75399 -Plakin重复 75399 -Plakin重复 75399 -Plakin重复 | 0 | 直接 |
57424,57424,57424 57424 -LDL受体样模块 57424 -LDL受体样模块 57424 -LDL受体样模块 | 0 | 直接 |
47031,50729,50729 47031个-FERM的第二域 50729个-PH类域 50729 -PH类域 | 0 | 直接 |
57184,52058,49265 57184 -生长因子受体结构域 5月58日-L域状 49265 -纤维连接蛋白III型 | 0 | 直接 |
57196,90193,90193 57196 -EGF/层粘连蛋白 90193 -陷波域 90193 -陷波域 | 0 | 直接 |
52058,49265,49265 52058 -L类域名 49265 -纤维连接蛋白III型 49265 -纤维连接蛋白III型 | 0 | 直接 |
49313,49313,49313 49313 -类钙粘蛋白 49313 -类钙粘蛋白 49313 -类钙粘蛋白 | 0.5066 | 继承 |
在系统发育树上为超域(单个/单个)用这个表型术语注释
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将树绘制为:
| | 下载Newick格式树:
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树木依据树向量
使用蛋白质结构域和超结构域生成存在/缺失矩阵超级家族中的所有基因组。这个RAxML公司软件用于使用启发式简约方法。基因组组合或特定分支可以显示为如果有单株树的话。然而,该数据是从单个大树。这会产生比生成树时更高质量的拓扑并允许树立即显示。
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