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酵母表型(YP):竞争适应性(显示信息)
表型本体与基因本体论(GO)一样,表型本体论通过将单个术语视为节点及其与父项(允许多个父项)的关系视为有向边,将基因突变/空表型信息从顶部非常一般的术语分类并组织到有向无环图(DAG)中更具体的术语。要导航此层次结构,我们显示所有亲本表型项按与当前项的最短距离排序的当前感兴趣的表型项。也,仅直接儿童表型术语列出了当前表型术语的。我们纳入的表型本体如下:
- 疾病本体论DO通过DO术语到MeSH、ICD、NCI同义词库、SNOMED和OMIM的广泛交叉映射,在语义上整合了疾病和医学词汇。
- 人类表型(HP)本体(HP)HP捕获OMIM中描述的表型异常以及相应的致病基因。它包括三个互补的生物学概念:遗传模式(MI)、ONset_and_clinical_course(ON)和表型异常(PA)。
- 小鼠表型(MP)本体(MP)MP描述了特定基因被基因破坏后小鼠的表型。利用它,小鼠基因组信息学(MGI)为小鼠提供了高覆盖率的基因水平表型。
- 蠕虫表型本体WP对秀丽线虫和其他线虫的表型描述进行分类和组织。使用它,WormBase为秀丽线虫的表型注释提供了主要资源。
- 酵母表型本体酵母基因组数据库(SGD)基于YP,YP是子囊菌表型本体的主要贡献者,为酵母基因组中的每个基因提供单一突变表型。
- 苍蝇表型本体FP指FlyBase控制的词汇表。具体来说,FlyBase中的等位基因注释(针对其诱变剂等)使用结构化受控词汇。
- 蝇类解剖本体FA是黑腹果蝇解剖结构的结构化受控词汇,用于描述表型和基因表达的位置。
- 斑马鱼解剖学本体ZA使用标准解剖学术语和受影响的基因显示斑马鱼的解剖学术语。
- 爪蟾解剖学本体XA代表青蛙(非洲爪蟾和热带爪蟾)的组织谱系和发育时间。它用于注释非洲爪蟾的基因表达模式以及突变体和变形表型。
- 拟南芥植物本体(AP)作为描述植物解剖和形态结构(AN)以及生长发育阶段(DE)的植物本体的主要贡献者,拟南芥信息资源(TAIR)为模式高等植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)提供了拟南芥子植物本体注释。
- 酶委员会本体论每个酶都有一个四位数的EC编号,前三位数定义了催化的反应,第四位数是唯一的标识符(序列号)。每种酶都有一个系统名称,唯一地定义了所催化的反应。
- DrugBank ATC(DB)本体(DB)在解剖治疗化学(ATC)分类系统中,药物根据作用的器官或系统(第一级,解剖主要组)及其治疗(第二级,治疗亚组)、药理(第三级,药理亚组)分为五个不同级别的组和化学性质(第4级,化学亚组;第5级,化学物质)。只考虑DrugBank中的药物。
- UniProtKB关键字(KW)本体UniProtKB中的关键字是受控词汇表,提供条目内容的摘要,并用于基于10个类别(此处不包括“技术术语”类别)索引UniProtKB/Swiss-Prot条目。每个关键字都手动归属于UniProtKB/Swiss-Prot条目,并自动归属于UniProtKB/TrEMBL条目(根据特定的注释规则)。
- UniProtKB UniPathway(UP)本体UP是一个完全手动管理的资源,用于表示和注释代谢途径,在UniProtKB中用作路径注释的受控词汇。
结构域表型本体及其注释蛋白质结构分类(SCOP)将进化相关结构域分为超级家族水平和家庭级别。利用上述表型本体,我们生成了以域为中心的表型注释,并进一步确定了注释SCOP域信息最丰富的表型术语。令人欣慰的是,以域为中心的表型注释可以作为探索基因型-表型关系的另一个起点。我们为下载提供了几个相关文件,包括每个表型本体的注释和相应的本体。
超域表型本体及其注释虽然以域为中心的注释在描述独立域的表型性质方面有很大的希望,但大多数域本身可能不只是单独工作。在多域蛋白质中,它们可以结合在一起形成不同的域结构。现有结构域的重组被认为是表型多样性的主要驱动力之一。作为扩展,我们还生成了超域表型本体及其注释。与以域为中心的表型本体论和注释(SCOP域超级家族水平和家庭级别),此版本仅关注超域和单个SCOP域超级家族级别。此外,就单个超家族而言,以域为中心版本的注释可能与超域版本的注释不同。根据您的关注点,前者应用于考虑超级家族水平和家庭级别,否则,如果您对域组合感兴趣,应使用后者。此外,我们还为下载提供了几个相关文件,包括每个表型本体的注释和相应的本体。
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根:YP层次(子囊菌表型本体中的酵母表型)
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超级家族(显示详细信息)
注释到此YP术语的超家族域(不在SDYP中)
以灰色突出显示的是FDR_all>0.001的那些
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家庭(显示详细信息)
注释到此YP术语的家族域(不在SDYP中)
以灰色突出显示的是FDR_all>0.001的那些
在系统发育树上为超级家族和/或家庭由该表型术语注释的域
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将树绘制为:
| | 下载Newick格式树:
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(显示帮助)
树木依据树向量
使用蛋白质域生成存在/缺失矩阵超级家族中所有基因组的结构数据。这个PAUP公司软件用于使用启发式简约方法。基因组组合或特定分支可以显示为如果有单株树的话。然而,该数据是从单个大树。这会产生比生成树时更高质量的拓扑并允许树立即显示。
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超域(包括单个超家族)(显示详细信息)
注释到此YP术语的超域(不在SPYP中)
以灰色突出显示的是FDR>0.001的那些
(显示详细信息)
注释到此YP术语的Supra域(不在SPYP中)
以灰色突出显示的是FDR>0.001的那些
N到C端子顺序的超域(双工) |
FDR(全部) |
注释(直接或继承) |
49562,49562 49562 -C2结构域(钙/脂质结合结构域,CaLB) 49562 -C2结构域(钙/脂质结合结构域,CaLB) | 0 | 直接 |
52833,52833 52833 -类硫氧还蛋白 52833 -类硫氧还蛋白 | 0 | 直接 |
50677,52374 50677个-ValRS/IleRS/LeuRS编辑域 52374 -核苷酸酰转移酶 | 0 | 直接 |
53756,56784 53756个-UDP糖基转移酶/糖原磷酸化酶 56784 -类似HAD | 0 | 直接 |
53901,53901 53901 -类硫醇 53901 -类硫醇 | 0 | 直接 |
51569,89000 51569 -醛缩酶 89000 -后HMGL域类 | 0 | 直接 |
90229,90229 90229 -CCCH锌指 90229 -CCCH锌指 | 0 | 直接 |
57850,52540 57850 -环/U形盒 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
52540,140990 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 140990 -FtsH蛋白酶域样 | 0 | 直接 |
46938,52087 46938 -CRAL/TRIO N端域 52087 -CRAL/TRIO域 | 0 | 直接 |
56024,56024 第56024页-磷脂酶D/核酸酶 第56024页-磷脂酶D/核酸酶 | 0 | 直接 |
52490,55307 52490个-管蛋白核苷酸结合域样 55307 -Tubulin C末端domain-like | 0 | 直接 |
46689,46689 46689个-类似Homeodomain 46689个-类似Homeodomain | 0 | 直接 |
54849,52029 54849 -类似GroEL的中间领域 52029 -GroEL顶端结构域样 | 0 | 直接 |
56235,52402 56235 -N-末端亲核氨基水解酶(Ntn水解酶) 52402 -腺嘌呤核苷酸α水解酶类 | 0 | 直接 |
52058,52058 52058 -L类域名 52058 -L类域名 | 0 | 直接 |
63380,52343 63380 -核黄素合酶域样 52343 -铁氧还蛋白还原酶样,C末端NADP-连接域 | 0 | 直接 |
56053,56053 56053 -核糖体蛋白L6 56053 -核糖体蛋白L6 | 0 | 直接 |
54236,57829 54236 -类泛素 57829 -锌结合核糖体蛋白 | 0 | 直接 |
49493,49493 49493 -HSP40/DnaJ肽结合域 49493 -HSP40/DnaJ肽结合域 | 0 | 直接 |
81301,81631 81301 -核苷酸转移酶 81631 -PAP/OAS1底物结合结构域 | 0 | 直接 |
51905,51905 51905 -FAD/NAD(P)-结合域 51905 -FAD/NAD(P)-结合域 | 0 | 直接 |
50615,52540 第50615页-F1 ATP合成酶α和β亚基的N末端结构域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
56059,51246 56059 -谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样 51246 -初级单杂交母题 | 0 | 直接 |
50249,50104 50249 -核酸结合蛋白 50104 -翻译蛋白SH3-样结构域 | 0 | 直接 |
47661,58038 47661 -t-面蛋白 58038 -SNARE融合复合体 | 0 | 直接 |
52833,47616 52833 -类硫氧还蛋白 47616 -GST C终端域类 | 0 | 直接 |
54980,54211 54980 -EF-G C端子域样 54211 -核糖体蛋白S5结构域2样 | 0 | 直接 |
57756,57756 57756 -逆转录病毒锌指状结构域 57756 -逆转录病毒锌指状结构域 | 0 | 直接 |
53738,53738 53738 -磷酸葡萄糖变位酶,前3个结构域 53738 -磷酸葡萄糖变位酶,前3个结构域 | 0 | 直接 |
46565,57938 46565 -伴侣J域 57938 -DnaJ/Hsp40富含半胱氨酸结构域 | 0 | 直接 |
50044,50044 50044 -SH3-域 50044 -SH3-域 | 0 | 直接 |
48371,-7 48371人-ARM重复 -7 -CATH公司 | 0 | 直接 |
-9,-9 -9 -偏微分方程 -9 -偏微分方程 | 0 | 直接 |
48464,89009 48464 -ENTH/VHS域 2009年9月-类GAT域 | 0 | 直接 |
75632,46785 75632 -Cullin同源结构域 46785 -“有翼螺旋”DNA结合域 | 0 | 直接 |
52374,47323 52374 -核苷酸酰转移酶 47323 -I类氨酰-tRNA合成酶亚类的反密码子结合域 | 0 | 直接 |
55874,54211 55874 -HSP90伴侣/DNA拓扑异构酶II/组氨酸激酶的ATP酶域 54211 -核糖体蛋白S5结构域2样 | 0 | 直接 |
48334,52540 48334 -DNA修复蛋白MutS,结构域III 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
88723,47807 88723 -PIN域类 47807 -5'至3'核酸外切酶,C末端亚结构域 | 0 | 直接 |
52283,51735 52283 -甲酸盐/甘油脱氢酶催化域样 51735 -NAD(P)-结合Rossmann-fold域 | 0 | 直接 |
53738,55957 53738 -磷酸葡萄糖变位酶,前3个结构域 55957 -磷酸葡萄糖变位酶,C末端结构域 | 0 | 直接 |
47923,47923 47923 -gyp1p的Ypt/Rab-GAP结构域 47923 -gyp1p的Ypt/Rab-GAP结构域 | 0 | 直接 |
54631,54631 54631个-CBS域对 54631个-CBS域对 | 0 | 直接 |
50447,54980 50447 -翻译蛋白 54980 -EF-G C端子域样 | 0 | 直接 |
51905,56425 51905 -FAD/NAD(P)-结合域 56425 -琥珀酸脱氢酶/富马酸还原酶黄素蛋白,催化结构域 | 0 | 直接 |
56176,55103 56176人-FAD-结合/转运蛋白相关域样 55103 -FAD-连接氧化酶,C末端结构域 | 0 | 直接 |
57938,49493 57938 -DnaJ/Hsp40富含半胱氨酸结构域 49493 -HSP40/DnaJ肽结合域 | 0 | 直接 |
56091,50249 56091 -DNA连接酶/mRNA封盖酶,催化域 50249 -核酸结合蛋白 | 0 | 直接 |
50249,50249 50249 -核酸结合蛋白 50249 -核酸结合蛋白 | 0 | 直接 |
54791,54791 54791 -真核型KH结构域(KH结构域I型) 54791 -真核型KH结构域(KH结构域I型) | 0 | 直接 |
52540,47917 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 47917 -F1 ATP合成酶α和β亚基的C末端结构域 | 0 | 直接 |
54928,54928 54928 -RNA-结合域 54928 -RNA-结合域 | 0 | 直接 |
143865,144083 143865 -CorA可溶性域样 144083 -镁转运蛋白CorA,跨膜区 | 0 | 直接 |
51735,56327 51735 -NAD(P)-结合Rossmann-fold域 56327 -LDH C末端域样 | 0 | 直接 |
52540,48019 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 48019个-AAA+后齐聚域样 | 0 | 直接 |
51905,55424 51905 -FAD/NAD(P)-结合域 55424 -FAD/NAD相关还原酶,二聚(C末端)结构域 | 0 | 直接 |
57667,57667 57667 -β-β-α锌指 57667 -β-β-α锌指 | 0 | 直接 |
53732,52016 53732 -乌头糖铁硫结构域 52016 -类LeuD/IlvD | 0 | 直接 |
52540,81271 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 81271 -类TGS | 0 | 直接 |
53223,51735 53223 -氨基酸脱氢酶样,N-末端结构域 51735 -NAD(P)-结合Rossmann-fold域 | 0 | 直接 |
48592,54849 48592 -GroEL赤道域状 54849 -类似GroEL的中间领域 | 0 | 直接 |
52777,52777 52777 -辅酶A依赖性酰基转移酶 52777 -辅酶A依赖性酰基转移酶 | 0 | 直接 |
49503,49503 49503 -铜氧还蛋白类 49503 -铜氧还蛋白类 | 0 | 直接 |
81333,81333 81333 -F1F0 ATP合成酶亚基C 81333 -F1F0 ATP合成酶亚基C | 0 | 直接 |
53098,56672 53098 -核糖核酸酶H样 56672 -DNA/RNA聚合酶 | 0 | 直接 |
103657,50729 103657 -BAR/IMD域类 50729 -PH类域 | 0 | 直接 |
52025,53187 52025 -PA域 53187 -锌依赖性外肽酶 | 0 | 直接 |
51735,55347 51735 -NAD(P)-结合Rossmann-fold域 55347 -甘油醛-3-磷酸脱氢酶样,C-末端结构域 | 0 | 直接 |
53187,47672 53187 -锌依赖性外肽酶 47672 -转铁蛋白受体样二聚结构域 | 0 | 直接 |
46785,46785 46785 -“有翼螺旋”DNA结合域 46785 -“有翼螺旋”DNA结合域 | 0 | 直接 |
54211,55060 54211 -核糖体蛋白S5结构域2样 55060 -GHMP激酶,C末端结构域 | 0 | 直接 |
53150,48334 53150 -DNA修复蛋白MutS,结构域II 48334 -DNA修复蛋白MutS,结构域III | 0 | 直接 |
53623,53244 53623 -MurD-like肽连接酶,催化结构域 53244 -MurD样肽连接酶,肽结合域 | 0 | 直接 |
54897,52743 54897 -蛋白酶前肽/抑制剂 52743 -类枯草杆菌 | 0 | 直接 |
53613,48613 53613 -核糖核酸酶样 48613 -血红素加氧酶样 | 0 | 直接 |
54211,54980 54211 -核糖体蛋白S5结构域2样 54980 -EF-G C端子域样 | 0 | 直接 |
103473,103473 103473 -MFS通用底物运输器 103473 -MFS通用底物运输器 | 0 | 直接 |
52540,90123 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 90123 -ABC转运蛋白跨膜区 | 0 | 直接 |
52540,53254 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 53254 -磷酸甘油变位酶样 | 0 | 直接 |
50978,50978 50978 -WD40重复 50978 -WD40重复 | 0 | 直接 |
52440,56059 52440 -PreATP-抓取域 56059 -谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样 | 0 | 直接 |
N到C端子顺序的超域(双工) |
FDR(全部) |
注释(直接或继承) |
49562,49562 49562 -C2结构域(钙/脂质结合结构域,CaLB) 49562 -C2结构域(钙/脂质结合结构域,CaLB) | 0 | 直接 |
52833,52833 52833 -类硫氧还蛋白 52833 -类硫氧还蛋白 | 0 | 直接 |
50677,52374 50677个-ValRS/IleRS/LeuRS编辑域 52374 -核苷酸酰转移酶 | 0 | 直接 |
53756,56784 53756个-UDP糖基转移酶/糖原磷酸化酶 56784 -类似HAD | 0 | 直接 |
53901,53901 53901 -类硫醇 53901 -类硫醇 | 0 | 直接 |
51569,89000 51569 -醛缩酶 89000 -后HMGL域类 | 0 | 直接 |
90229,90229 90229 -CCCH锌指 90229 -CCCH锌指 | 0 | 直接 |
57850,52540 57850 -环/U形盒 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
52540,140990 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 140990 -FtsH蛋白酶域样 | 0 | 直接 |
46938,52087 46938 -CRAL/TRIO N端域 52087 -CRAL/TRIO域 | 0 | 直接 |
56024,56024 第56024页-磷脂酶D/核酸酶 第56024页-磷脂酶D/核酸酶 | 0 | 直接 |
52490,55307 52490个-管蛋白核苷酸结合域样 55307 -Tubulin C末端domain-like | 0 | 直接 |
46689,46689 46689个-类似Homeodomain 46689个-类似Homeodomain | 0 | 直接 |
54849,52029 54849 -类似GroEL的中间领域 52029 -GroEL顶端结构域样 | 0 | 直接 |
56235,52402 56235 -N-末端亲核氨基水解酶(Ntn水解酶) 52402 -腺嘌呤核苷酸α水解酶类 | 0 | 直接 |
52058,52058 52058 -L类域名 52058 -L类域名 | 0 | 直接 |
63380,52343 63380 -核黄素合酶域样 52343 -铁氧还蛋白还原酶样,C末端NADP-连接域 | 0 | 直接 |
56053,56053 56053 -核糖体蛋白L6 56053 -核糖体蛋白L6 | 0 | 直接 |
54236,57829 54236 -类泛素 57829 -锌结合核糖体蛋白 | 0 | 直接 |
49493,49493 49493 -HSP40/DnaJ肽结合域 49493 -HSP40/DnaJ肽结合域 | 0 | 直接 |
81301,81631 81301 -核苷酸转移酶 81631 -PAP/OAS1底物结合结构域 | 0 | 直接 |
51905,51905 51905 -FAD/NAD(P)-结合域 51905 -FAD/NAD(P)-结合域 | 0 | 直接 |
50615,52540 第50615页-F1 ATP合成酶α和β亚基的N末端结构域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
56059,51246 56059 -谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样 51246 -初级单杂交母题 | 0 | 直接 |
50249,50104 50249 -核酸结合蛋白 50104 -翻译蛋白SH3-样结构域 | 0 | 直接 |
47661,58038 47661 -t-面蛋白 58038 -SNARE融合复合体 | 0 | 直接 |
52833,47616 52833 -类硫氧还蛋白 47616 -GST C终端域类 | 0 | 直接 |
54980,54211 54980 -EF-G C端子域样 54211 -核糖体蛋白S5结构域2样 | 0 | 直接 |
57756,57756 57756 -逆转录病毒锌指状结构域 57756 -逆转录病毒锌指状结构域 | 0 | 直接 |
53738,53738 53738 -磷酸葡萄糖变位酶,前3个结构域 53738 -磷酸葡萄糖变位酶,前3个结构域 | 0 | 直接 |
46565,57938 46565 -伴侣J域 57938 -DnaJ/Hsp40富含半胱氨酸结构域 | 0 | 直接 |
50044,50044 50044 -SH3-域 50044 -SH3-域 | 0 | 直接 |
48371,-7 48371人-ARM重复 -7 -CATH公司 | 0 | 直接 |
-9,-9 -9 -偏微分方程 -9 -偏微分方程 | 0 | 直接 |
48464,89009 48464 -ENTH/VHS域 2009年9月-类GAT域 | 0 | 直接 |
75632,46785 75632 -Cullin同源结构域 46785 -“有翼螺旋”DNA结合域 | 0 | 直接 |
52374,47323 52374 -核苷酸酰转移酶 47323 -I类氨酰-tRNA合成酶亚类的反密码子结合域 | 0 | 直接 |
55874,54211 55874 -HSP90伴侣/DNA拓扑异构酶II/组氨酸激酶的ATP酶域 54211 -核糖体蛋白S5结构域2样 | 0 | 直接 |
48334,52540 48334 -DNA修复蛋白MutS,结构域III 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
88723,47807 88723 -PIN域类 47807 -5'至3'核酸外切酶,C末端亚结构域 | 0 | 直接 |
52283,51735 52283 -甲酸盐/甘油脱氢酶催化域样 51735 -NAD(P)-结合Rossmann-fold域 | 0 | 直接 |
53738,55957 53738 -磷酸葡萄糖变位酶,前3个结构域 55957 -磷酸葡萄糖变位酶,C末端结构域 | 0 | 直接 |
47923,47923 47923 -gyp1p的Ypt/Rab-GAP结构域 47923 -gyp1p的Ypt/Rab-GAP结构域 | 0 | 直接 |
54631,54631 54631个-CBS域对 54631个-CBS域对 | 0 | 直接 |
50447,54980 50447 -翻译蛋白 54980 -EF-G C端子域样 | 0 | 直接 |
51905,56425 51905 -FAD/NAD(P)-结合域 56425 -琥珀酸脱氢酶/富马酸还原酶黄素蛋白,催化结构域 | 0 | 直接 |
56176,55103 56176人-FAD-结合/转运蛋白相关域样 55103 -FAD-连接氧化酶,C末端结构域 | 0 | 直接 |
57938,49493 57938 -DnaJ/Hsp40富含半胱氨酸结构域 49493 -HSP40/DnaJ肽结合域 | 0 | 直接 |
56091,50249 56091 -DNA连接酶/mRNA封盖酶,催化域 50249 -核酸结合蛋白 | 0 | 直接 |
50249,50249 50249 -核酸结合蛋白 50249 -核酸结合蛋白 | 0 | 直接 |
54791,54791 54791 -真核型KH结构域(KH结构域I型) 54791 -真核型KH结构域(KH结构域I型) | 0 | 直接 |
52540,47917 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 47917 -F1 ATP合成酶α和β亚基的C末端结构域 | 0 | 直接 |
54928,54928 54928 -RNA-结合域 54928 -RNA-结合域 | 0 | 直接 |
143865,144083 143865 -CorA可溶性域样 144083 -镁转运蛋白CorA,跨膜区 | 0 | 直接 |
51735,56327 51735 -NAD(P)-结合Rossmann-fold域 56327 -LDH C末端域样 | 0 | 直接 |
52540,48019 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 48019个-AAA+后齐聚域样 | 0 | 直接 |
51905,55424 51905 -FAD/NAD(P)-结合域 55424 -FAD/NAD相关还原酶,二聚(C末端)结构域 | 0 | 直接 |
57667,57667 57667 -β-β-α锌指 57667 -β-β-α锌指 | 0 | 直接 |
53732,52016 53732 -乌头糖铁硫结构域 52016 -类LeuD/IlvD | 0 | 直接 |
52540,81271 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 81271 -类TGS | 0 | 直接 |
53223,51735 53223 -氨基酸脱氢酶样,N-末端结构域 51735 -NAD(P)-结合Rossmann-fold域 | 0 | 直接 |
48592,54849 48592 -GroEL赤道域状 54849 -类似GroEL的中间领域 | 0 | 直接 |
52777,52777 52777 -辅酶A依赖性酰基转移酶 52777 -辅酶A依赖性酰基转移酶 | 0 | 直接 |
49503,49503 49503 -铜氧还蛋白类 49503 -铜氧还蛋白类 | 0 | 直接 |
81333,81333 81333 -F1F0 ATP合成酶亚基C 81333 -F1F0 ATP合成酶亚基C | 0 | 直接 |
53098,56672 53098 -核糖核酸酶H样 56672 -DNA/RNA聚合酶 | 0 | 直接 |
103657,50729 103657 -BAR/IMD域类 50729 -PH类域 | 0 | 直接 |
52025,53187 52025 -PA域 53187 -锌依赖性外肽酶 | 0 | 直接 |
51735,55347 51735 -NAD(P)-结合Rossmann-fold域 55347 -甘油醛-3-磷酸脱氢酶样,C-末端结构域 | 0 | 直接 |
53187,47672 53187 -锌依赖性外肽酶 47672 -转铁蛋白受体样二聚结构域 | 0 | 直接 |
46785,46785 46785 -“有翼螺旋”DNA结合域 46785 -“有翼螺旋”DNA结合域 | 0 | 直接 |
54211,55060 54211 -核糖体蛋白S5结构域2样 55060 -GHMP激酶,C末端结构域 | 0 | 直接 |
53150,48334 53150 -DNA修复蛋白MutS,结构域II 48334 -DNA修复蛋白MutS,结构域III | 0 | 直接 |
53623,53244 53623 -MurD-like肽连接酶,催化结构域 53244 -MurD样肽连接酶,肽结合域 | 0 | 直接 |
54897,52743 54897 -蛋白酶前肽/抑制剂 52743 -类枯草杆菌 | 0 | 直接 |
53613,48613 53613 -核糖核酸酶样 48613 -血红素加氧酶样 | 0 | 直接 |
54211,54980 54211 -核糖体蛋白S5结构域2样 54980 -EF-G C端子域样 | 0 | 直接 |
103473,103473 103473 -MFS通用底物运输器 103473 -MFS通用底物运输器 | 0 | 直接 |
52540,90123 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 90123 -ABC转运蛋白跨膜区 | 0 | 直接 |
52540,53254 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 53254 -磷酸甘油变位酶样 | 0 | 直接 |
50978,50978 50978 -WD40重复 50978 -WD40重复 | 0 | 直接 |
52440,56059 52440 -PreATP-抓取域 56059 -谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样 | 0 | 直接 |
(显示详细信息)
注释到此YP术语的超域(不在SPYP中)
以灰色突出显示的是FDR>0.001的那些
N到C端子顺序的超域(三重) |
FDR(全部) |
注释(直接或继承) |
50447,54980,54211 50447 -翻译蛋白 54980 -EF-G C端子域样 54211 -核糖体蛋白S5结构域2样 | 0 | 直接 |
54980,54211,54980 54980 -EF-G C端子域样 54211 -核糖体蛋白S5结构域2样 54980 -EF-G C端子域样 | 0 | 直接 |
46565,57938,49493 46565 -伴侣J域 57938 -DnaJ/Hsp40富含半胱氨酸结构域 49493 -HSP40/DnaJ肽结合域 | 0 | 直接 |
49562,49562,49562 49562 -C2结构域(钙/脂质结合结构域,CaLB) 49562 -C2结构域(钙/脂质结合结构域,CaLB) 49562 -C2结构域(钙/脂质结合结构域,CaLB) | 0 | 直接 |
57938,49493,49493 57938 -DnaJ/Hsp40富含半胱氨酸结构域 49493 -HSP40/DnaJ肽结合域 49493 -HSP40/DnaJ肽结合域 | 0 | 直接 |
53150,48334,52540 53150 -DNA修复蛋白MutS,结构域II 48334 -DNA修复蛋白MutS,结构域III 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
48592,54849,52029 48592 -GroEL赤道域状 54849 -类似GroEL的中间领域 52029 -GroEL顶端结构域样 | 0 | 直接 |
52540,50447,54980 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 50447 -翻译蛋白 54980 -EF-G C端子域样 | 0 | 直接 |
49503,49503,49503 49503 -铜氧还蛋白类 49503 -铜氧还蛋白类 49503 -铜氧还蛋白类 | 0 | 直接 |
48452,48452,48452 48452 -类似TPR 48452 -类似TPR 48452 -类似TPR | 0 | 直接 |
57756,57756,57756 57756 -逆转录病毒锌指状结构域 57756 -逆转录病毒锌指状结构域 57756 -逆转录病毒锌指状结构域 | 0 | 直接 |
53738,53738,55957 53738 -磷酸葡萄糖变位酶,前3个结构域 53738 -磷酸葡萄糖变位酶,前3个结构域 55957 -磷酸葡萄糖变位酶,C末端结构域 | 0 | 直接 |
52440,56059,51246 52440 -PreATP-抓取域 56059 -谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样 51246 -初级单杂交母题 | 0 | 直接 |
90123,52540,90123 90123 -ABC转运蛋白跨膜区 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 90123 -ABC转运蛋白跨膜区 | 0 | 直接 |
52540,90123,52540 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 90123 -ABC转运蛋白跨膜区 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
50615,52540,47917 第50615页-F1 ATP合成酶α和β亚基的N末端结构域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 47917 -F1 ATP合成酶α和β亚基的C末端结构域 | 0 | 直接 |
53738,53738,53738 53738 -磷酸葡萄糖变位酶,前3个结构域 53738 -磷酸葡萄糖变位酶,前3个结构域 53738 -磷酸葡萄糖变位酶,前3个结构域 | 0 | 直接 |
52025,53187,47672 52025 -PA域 53187 -锌依赖性外肽酶 47672 -转铁蛋白受体样二聚结构域 | 0 | 直接 |
N到C端子顺序的超域(三重) |
FDR(全部) |
注释(直接或继承) |
50447,54980,54211 50447 -翻译蛋白 54980 -EF-G C端子域样 54211 -核糖体蛋白S5结构域2样 | 0 | 直接 |
54980,54211,54980 54980 -EF-G C端子域样 54211 -核糖体蛋白S5结构域2样 54980 -EF-G C端子域样 | 0 | 直接 |
46565,57938,49493 46565 -伴侣J域 57938 -DnaJ/Hsp40富含半胱氨酸结构域 49493 -HSP40/DnaJ肽结合域 | 0 | 直接 |
49562,49562,49562 49562 -C2结构域(钙/脂质结合结构域,CaLB) 49562 -C2结构域(钙/脂质结合结构域,CaLB) 49562 -C2结构域(钙/脂质结合结构域,CaLB) | 0 | 直接 |
57938,49493,49493 57938 -DnaJ/Hsp40富含半胱氨酸结构域 49493 -HSP40/DnaJ肽结合域 49493 -HSP40/DnaJ肽结合域 | 0 | 直接 |
53150,48334,52540 53150个-DNA修复蛋白MutS,结构域II 48334 -DNA修复蛋白MutS,结构域III 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
48592,54849,52029 48592 -GroEL赤道域状 54849 -类似GroEL的中间领域 52029 -GroEL顶端结构域样 | 0 | 直接 |
52540,50447,54980 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 50447 -翻译蛋白 54980 -EF-G C端子域样 | 0 | 直接 |
49503,49503,49503 49503 -铜氧还蛋白类 49503 -铜氧还蛋白类 49503 -铜氧还蛋白类 | 0 | 直接 |
48452,48452,48452 48452 -类似TPR 48452 -类似TPR 48452 -类似TPR | 0 | 直接 |
57756,57756,57756 57756 -逆转录病毒锌指状结构域 57756 -逆转录病毒锌指状结构域 57756 -逆转录病毒锌指状结构域 | 0 | 直接 |
53738,53738,55957 53738 -磷酸葡萄糖变位酶,前3个结构域 53738 -磷酸葡萄糖变位酶,前3个结构域 55957 -磷酸葡萄糖变位酶,C末端结构域 | 0 | 直接 |
52440,56059,51246 52440 -PreATP-抓取域 56059 -谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样 51246 -初级单杂交母题 | 0 | 直接 |
90123,52540,90123 90123 -ABC转运蛋白跨膜区 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 90123 -ABC转运蛋白跨膜区 | 0 | 直接 |
52540,90123,52540 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 90123 -ABC转运蛋白跨膜区 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
50615,52540,47917 第50615页-F1 ATP合成酶α和β亚基的N末端结构域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 47917 -F1 ATP合成酶α和β亚基的C末端结构域 | 0 | 直接 |
53738,53738,53738 53738 -磷酸葡萄糖变位酶,前3个结构域 53738 -磷酸葡萄糖变位酶,前3个结构域 53738 -磷酸葡萄糖变位酶,前3个结构域 | 0 | 直接 |
52025,53187,47672 52025 -PA域 53187 -锌依赖性外肽酶 47672 -转铁蛋白受体样二聚结构域 | 0 | 直接 |
在系统发育树上为超域(单个/单个)用这个表型术语注释
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将树绘制为:
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(显示帮助)
树木依据树向量
使用蛋白质结构域和超结构域生成存在/缺失矩阵超级家族中的所有基因组。这个RAxML公司软件用于使用启发式简约方法。基因组组合或特定分支可以显示为如果有单株树的话。然而,该数据是从单个大树。这会产生比生成树时更高质量的拓扑并允许树立即显示。
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