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表型本体
与基因本体论（GO）一样，表型本体论通过将单个术语视为节点及其与父项（允许多个父项）的关系视为有向边，将基因突变/空表型信息从顶部非常一般的术语分类并组织到有向无环图（DAG）中更具体的术语。要导航此层次结构，我们显示所有亲本表型项按与当前项的最短距离排序的当前感兴趣的表型项。也，仅直接儿童表型术语列出了当前表型术语的。我们纳入的表型本体如下：

• 疾病本体（DO）
  DO通过DO术语到MeSH、ICD、NCI同义词库、SNOMED和OMIM的广泛交叉映射，在语义上整合了疾病和医学词汇。
  
• 人类表型（HP）本体（HP）
  HP捕获OMIM中描述的表型异常，以及相应的致病基因。它包括三个互补的生物学概念：遗传模式（MI）、ONset_and_clinical_course（ON）和表型异常（PA）。
  
• 小鼠表型（MP）本体（MP）
  MP描述了特定基因被基因破坏后小鼠的表型。利用它，小鼠基因组信息学（MGI）为小鼠提供了高覆盖率的基因水平表型。
  
• 蠕虫表型本体
  WP对秀丽线虫和其他线虫的表型描述进行分类和组织。使用它，WormBase为秀丽线虫的表型注释提供了主要资源。
  
• 酵母表型本体
  酵母基因组数据库（SGD）基于YP，YP是子囊菌表型本体的主要贡献者，为酵母基因组中的每个基因提供单一突变表型。
  
• 苍蝇表型本体
  FP指FlyBase控制的词汇表。具体来说，FlyBase中的等位基因注释（针对其诱变剂等）使用结构化受控词汇。
  
• 蝇类解剖本体
  FA是黑腹果蝇解剖结构的结构化受控词汇，用于描述表型和基因表达的位置。
  
• 斑马鱼解剖学本体
  ZA使用标准解剖学命名法显示斑马鱼的解剖学术语，以及受影响的基因。
  
• 爪蟾解剖学本体
  XA代表青蛙（非洲爪蟾和热带爪蟾）的组织谱系和发育时间。它用于注释爪蟾基因表达模式以及突变和变体表型。
  
• 拟南芥植物本体（AP）
  作为描述植物解剖和形态结构（AN）以及生长发育阶段（DE）的植物本体论的主要贡献者，拟南芥信息资源（TAIR）为模型高等植物拟南芥提供了拟南芥植物本体论注释。
  
• 酶委员会（EC）本体（EC）
  每个酶都有一个四位数的EC编号，前三位数定义了催化的反应，第四位数是唯一的标识符（序列号）。每种酶都有一个系统名称，唯一地定义了所催化的反应。
  
• DrugBank ATC（DB）本体（DB）
  在解剖治疗化学（ATC）分类系统中，药物根据其作用的器官或系统（第一级，解剖主要组）及其治疗（第二级，治疗亚组）、药理（第三级，药理亚组）分为五个不同级别的组和化学性质（第4级，化学亚组；第5级，化学物质）。只考虑DrugBank中的药物。
  
• UniProtKB关键字（KW）本体
  UniProtKB中的关键字是受控词汇表，提供条目内容的摘要，并用于基于10个类别（此处不包括“技术术语”类别）索引UniProtKB/Swiss-Prot条目。每个关键字都手动归属于UniProtKB/Swiss-Prot条目，并自动归属于UniProtKB/TrEMBL条目（根据特定的注释规则）。
  
• UniProtKB UniPathway（UP）本体
  UP是一个完全手动管理的资源，用于表示和注释代谢途径，在UniProtKB中用作路径注释的受控词汇。
  

结构域表型本体及其注释
蛋白质结构分类（SCOP）将进化相关域划分为超级家族水平和家庭级别。使用上述表型本体，我们生成了以结构域为中心的表型注释，并进一步确定了那些对SCOP结构域注释信息最多的表型术语。令人欣慰的是，以域为中心的表型注释可以作为探索基因型-表型关系的另一个起点。我们为下载提供了几个相关文件，包括每个表型本体的注释和相应的本体。

• 结构域疾病本体（DO）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2DO.txt，以及相应的本体：SDDO.txt文件)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域人类表型（HP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2HP.txt，以及相应的本体：SDHP.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域小鼠表型（MP）本体（SDMP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2MP.txt，以及相应的本体：SDMP.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域蠕虫表型（WP）本体（SDWP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域名2WP.txt，以及相应的本体：SDWP.txt（软件开发包.txt）)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域酵母表型（YP）本体（SDYP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2YP.txt，以及相应的本体：SDYP.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域蝇表型（FP）本体（SDFP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2FP.txt，以及相应的本体：SDFP.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域苍蝇解剖学（FA）本体（SDFA）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2FA.txt，以及相应的本体：SDFA.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 斑马鱼结构域解剖学（ZA）本体（SDZA）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2ZA.txt，以及相应的本体：SDZA.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域爪蟾解剖学（XA）本体（SDXA）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2XA.txt，以及相应的本体：SDXA.txt（SDXA.text）)和mysql表(域名2PO.sql.gz).
  
• 结构域拟南芥植物本体（AP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2AP.txt，以及相应的本体：SDAP文本)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域酶委员会（EC）本体论（SDEC）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2EC.txt，以及相应的本体：SDEC文本)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域DrugBank ATC（DB）本体（SDDB）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2DB.txt，以及相应的本体：SDDB文本)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域UniProtKB关键字（KW）本体（SDKW）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2KW.txt，以及相应的本体：SDKW.txt文件)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域UniProtKB UniPathway（UP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2UP.txt，以及相应的本体：SDUP.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  

超域表型本体及其注释
虽然以域为中心的注释在描述独立域的表型性质方面有很大的希望，但大多数域本身可能不只是单独工作。在多域蛋白质中，它们可以结合在一起形成不同的域结构。现有结构域的重组被认为是表型多样性的主要驱动力之一。作为扩展，我们还生成了超域表型本体及其注释。与以域为中心的表型本体论和注释（SCOP域超级家族水平和家庭级别），此版本仅关注超域和单个SCOP域超级家族级别。此外，就单个超家族而言，以域为中心版本的注释可能与超域版本的注释不同。根据您的关注点，前者应用于考虑超级家族水平和家庭级别，否则，如果您对域组合感兴趣，应使用后者。此外，我们还为下载提供了几个相关文件，包括每个表型本体的注释和相应的本体。

• 超域疾病本体（DO）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2DO.txt文件，以及相应的本体：SPDO.txt文件)和mysql表(SP2PO.sql.gz（西班牙语）).
  
• 超域人类表型（HP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2HP.txt格式，以及相应的本体：SPHO.txt文件)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域小鼠表型（MP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2MP.txt格式，以及相应的本体：SPMP.txt（SPMP文本）)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域域蠕虫表型（WP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2WP.txt格式，以及相应的本体：SPWP.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超结构域酵母表型（YP）本体（SPYP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2YP.txt格式，以及相应的本体：SPYP.txt文件)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域蝇表型（FP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：Supra域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2FP.txt格式，以及相应的本体：SPFP.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域蝇类解剖本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2FA.txt文件，以及相应的本体：SPFA.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz（西班牙语）).
  
• 斑马鱼超域解剖学（ZA）本体（SPZA）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2ZA.txt（SP2ZA.文本），以及相应的本体：SPZA.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域爪蟾解剖学（XA）本体（SPXA）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2XA.txt文件，以及相应的本体：SPXA.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超结构域拟南芥植物本体论（AP）本体论（SPAP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2AP.txt格式，以及相应的本体：SPAP.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域酶委员会（EC）本体论（SPEC）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2EC文本，以及相应的本体：SPEC.txt文件)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域DrugBank ATC（DB）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2DB.txt文件，以及相应的本体：SPDB.txt文件)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域域UniProtKB关键字（KW）本体（SPKW）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2KW.txt（SP2KW），以及相应的本体：SPKW.txt软件)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域域UniProtKB UniPathway（UP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2UP.txt格式，以及相应的本体：SPUP.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  

此WP术语注释的超家族域(不在SDWP中)
以灰色突出显示的是FDR_all>0.001的那些

SCOP术语	FDR（全部）	注释（直接或继承）
Sec23/24的螺旋域	0	直接的，直接的
Sec23/24的C-末端凝胶蛋白样结构域	0	直接
ap2适配器的Mu2适配蛋白亚基（ap50）的第二域	0	直接
F1 ATP合成酶α和β亚基的C末端结构域	0	直接
整合素αN末端结构域	0	直接
Sec23/24的Zn-finger畴	0	直接
F1 ATP合成酶α和β亚基的N末端结构域	0	直接
整合素域	0	直接
类Sm核糖核蛋白	0.00000001453	直接
N-末端亲核氨基水解酶（Ntn水解酶）	0.00003787	直接
Spectrin重复	0.00007699	直接
富含半胱氨酸结构域	0.00007764	直接
含P-loop的三磷酸核苷水解酶	0.0001739	直接的，直接的
翻译蛋白SH3-样结构域	0.0001942	直接
核糖体蛋白S24e、L23和L15e	0.0002137	直接
钙蛋白酶大亚单位，中间结构域（结构域III）	0.0006393	直接
II类aaRS ABD相关	0.0006393	直接
金属阳离子转运ATP酶，ATP结合域N	0.00101	继承自:上皮细胞形态变异||缝细胞形态变异
膜联蛋白	0.001326	继承自:生殖细胞形态变异
类似ADC	0.001326	继承自:生殖细胞形态变异||细胞质加工体变体||生殖细胞细胞质形态变异
Cdc48域2-类	0.001326	继承自:生殖细胞形态变异||细胞质加工体变体||生殖细胞细胞质形态变异
Sec23/24的β-三明治结构域	0.001326	继承自:生殖细胞形态变异||生殖细胞室大小变异||卵母细胞形态变异||生殖细胞室形态变异||生殖细胞室扩张变异体
钙ATP酶，跨膜结构域M	0.001567	继承自:上皮细胞形态变异||缝细胞形态变异
CCCH锌指	0.002507	继承自:P颗粒异常||生殖细胞细胞质形态变异
锌结合核糖体蛋白	0.003001	继承自:生殖细胞形态变异||细胞质加工体变体
类PLC磷酸二酯酶	0.003034	继承自:生殖细胞形态变异||卵母细胞形态变异||有丝分裂卵母细胞
钙ATP酶，转导域A	0.003107	继承自:上皮细胞形态变异||缝细胞形态变异
C2结构域（钙/脂质结合结构域，CaLB）	0.004894	继承自:横纹肌形态变异||体壁肌肌节形态变异||有丝分裂卵母细胞
核酸结合蛋白	0.004894	继承自:细胞质加工体变体||生殖细胞室扩张变异体||胚胎细胞形态变异||早期emb核外观数缺陷||卵母细胞数量减少
F1F0 ATP合成酶亚基C	0.005316	继承自:生殖细胞形态变异||卵母细胞形态变异||生殖细胞室形态变异||生殖细胞室扩张变异体||卵母细胞缺核||生殖细胞室无核细胞||生殖细胞室细胞核数变异
S15/NS1 RNA-结合域	0.005316	继承自:生殖细胞形态变异||卵母细胞形态变异||生殖细胞室形态变异||生殖细胞室扩张变异体
类PYP传感器域（PAS域）	0.00661	继承自:神经突起形态变异
肌球蛋白棒碎片	0.01238	继承自:横纹肌形态变异||体壁肌粗丝变异||体壁肌肌节形态变异||肌肉细胞形态变异
L30e类	0.01238	继承自:卵母细胞形态变异||生殖细胞室形态变异||生殖细胞室扩张变异体||卵母细胞数量减少
平移机械部件	0.01305	继承自:卵母细胞形态变异||生殖细胞室形态变异||生殖细胞室扩张变异体||卵母细胞数量减少
钙粘蛋白同源结构域	0.01336	继承自:横纹肌形态变异||体壁肌肌球蛋白组织缺陷
SH2域	0.01336	继承自:横纹肌形态变异||体壁肌肌节形态变异||肌肉细胞形态变异
FERM的第二域	0.01726	继承自:横纹肌形态变异||体壁肌肌节形态变异
类ACP	0.02525	继承自:卵母细胞形态变异||卵母细胞数量减少
纤维连接蛋白III型	0.04169	继承自:连合缺失||神经元形态变异||轴突形态变异||体壁肌肌节形态变异||神经突起形态变异
SH3-域	0.04749	继承自:横纹肌形态变异||体壁肌肌节形态变异||有丝分裂的卵母细胞||肌肉细胞形态变异
RNA-结合域	0.05736	继承自:P颗粒定位缺陷||卵母细胞紊乱
SMAD/FHA域	0.08285	继承自:轴突分支变异体
PH类域	0.09421	继承自:轴突形态变异||有丝分裂卵母细胞||肌肉细胞形态变异
核糖体蛋白S5结构域2样	0.09541	继承自:生殖细胞室扩张变异体
Ⅱ类aaRS和生物素合成酶	0.09541	继承自:生殖细胞形态变异||细胞质加工体变体||生殖细胞隔室扩展变体||生殖细胞室无核细胞
蛋白激酶样（PK-like）	0.114	继承自:肌足出现||肌肉细胞形态变异
伴刀豆球蛋白A样凝集素/葡聚糖酶	0.1147	继承自:连合利手缺陷||轴突形态变异||神经突起形态变异
类肌动蛋白ATP酶结构域	0.1147	继承自:生殖细胞形态变异||体壁肌球蛋白组织缺陷
免疫球蛋白	0.1313	继承自:精子假荚变异体||神经元形态变异||精子形态变异||体壁肌肌节形态变异||神经突起形态变异||肌肉细胞形态变异
GTPase激活域	0.1919	继承自:神经元形态变异||轴突形态变异||神经突起形态变异||轴突分支变异体
DBL同源域（DH-domain）	0.1945	继承自:横纹肌形态变异||体壁肌肌节形态变异
类dsRNA-绑定域	0.2446	继承自:生殖细胞形态变异||细胞质加工体变体
类似HAD	0.261	继承自:上皮细胞形态变异||缝细胞形态变异
ARM重复	0.2964	继承自:P颗粒定位缺陷||缝细胞形态变异
结构域	0.3053	继承自:有丝分裂卵母细胞
EGF/层粘连蛋白	0.3065	继承自:体壁肌肌节形态变异||轴突轨迹变异||肌肉细胞形态变异
Sec1/munc18样（SM）蛋白质	0.3076	继承自:上皮细胞形态变异||缝细胞形态变异
肌钙蛋白卷曲亚单位	0.3076	继承自:体壁肌肌节形态变异||肌肉细胞形态变异
泛素样蛋白的激活酶	0.3849	继承自:生殖细胞形态变异||生殖细胞室细胞核数变异
翻译蛋白	0.403	继承自:生殖细胞形态变异||生殖细胞室扩张变异体
GroEL顶端域样	0.403	继承自:卵母细胞小||卵母细胞形态变异||生殖细胞室形态变异||生殖细胞室扩张变异体||生殖细胞室无核细胞
类似GroEL的中间领域	0.47	继承自:生殖细胞形态变异||卵母细胞小||卵母细胞形态变异||生殖细胞室形态变异||生殖细胞室扩张变异体||生殖细胞室无核细胞
GroEL赤道域状	0.47	继承自:生殖细胞形态变异||卵母细胞小||卵母细胞形态变异||生殖细胞室形态变异||生殖细胞隔室扩展变体||生殖细胞室无核细胞
类周期蛋白	0.47	继承自:早期多核emb||早期原核大小缺陷型emb||母体早期原核过多||早期胚胎干细胞核形态变化||早期原核过多||胚胎细胞形态变异||早期emb核外观数缺陷
EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C末端结构域	0.4784	继承自:生殖细胞室形态变异||生殖细胞室扩张变异体||卵母细胞数量减少
RNA聚合酶的RBP11样亚基	0.4784	继承自:生殖细胞形态变异
类似TPR	0.4893	继承自:纤毛形态变异||纤毛神经元形态变异
谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样	0.6246	继承自:体壁肌肌球蛋白组织缺陷||体壁肌粗丝变异
生长因子受体结构域	0.6426	继承自:体壁肌肌节形态变异||肌肉细胞形态变异
电压门控钾通道	0.711	继承自:横纹肌形态变异||体壁肌肌节形态变异||肌肉细胞形态变异
I类氨酰-tRNA合成酶亚类的反密码子结合域	0.7136	继承自:卵母细胞形态变异||生殖细胞室形态变异||生殖细胞室扩张变异体||卵母细胞数量减少
Tubulin C末端domain-like	0.7717	继承自:轴突形态变异
管蛋白核苷酸结合域样	0.8286	继承自:轴突形态变异
原肌球蛋白	0.8491	继承自:横纹肌形态变异||体壁肌肌节形态变异
PDZ域类	0.9162	继承自:有丝分裂卵母细胞
L类域名	1	继承自:肌足出现

注释到此WP术语的家族域(SDWP级别：信息量适中)
以灰色突出显示的是FDR_all>0.001的那些

SCOP术语	FDR（全部）	注释（直接或继承）
POU特定域	0	直接
ap2适配器的Mu2适配蛋白亚基（ap50）的第二域	0	直接
Sec23/24的β-三明治结构域	0	直接
肌醇多磷酸5-磷酸酶（IPP5）	0	直接
Sec23/24的螺旋域	0	直接
F1 ATP合成酶α和β亚基的C末端结构域	0	直接
Sec23/24的Zn-finger畴	0	直接
II组伴侣蛋白（CCT，TRIC），中间结构域	0	直接
哺乳动物PLC	0	直接
Sec23/24的中继域	0	直接
整合素域	0	直接
F1 ATP合成酶α和β亚基的N末端结构域	0	直接
Ⅱ类aaRS的抗密码子结合域	0	直接
Sec23/24的C-末端凝胶蛋白样结构域	0	直接
蛋白酶体亚单位	0.000000152	直接
小核核糖核蛋白的Sm基序	0.0000007276	直接
氯菊酯涂层组装域	0.00001302	直接的，直接的
Spectrin重复	0.00007068	直接
DNA复制起始剂（cdc21/cdc54）N末端结构域	0.00007101	直接
层压板型模块	0.00007101	直接
类PLC（P变体）	0.0002116	直接
多域蛋白质中的EF-hand模块	0.0003817	直接
钙蛋白酶大亚单位，中间结构域（结构域III）	0.001294	继承自:横纹肌形态变异||体壁肌肌节形态变异||肌肉细胞形态变异
FERM的第一个域	0.001833	继承自:横纹肌形态变异||体壁肌肌节形态变异
Cdc48域2-类	0.002022	继承自:生殖细胞形态变异||细胞质加工体变体||生殖细胞细胞质形态变异
膜联蛋白	0.002022	继承自:生殖细胞形态变异
反密码子结合域	0.002022	继承自:生殖细胞形态变异||卵母细胞形态变异||生殖细胞室形态变异||生殖细胞隔室扩展变体||卵母细胞数量减少
肌钙蛋白I	0.002022	继承自:肌肉细胞形态变异
Cdc48 N端类域	0.002022	继承自:生殖细胞形态变异||细胞质加工体变体||生殖细胞细胞质形态变异
层压板A/C球状尾区	0.003167	继承自:体壁肌肌节形态变异
FERM的第三域	0.006475	继承自:横纹肌形态变异||体壁肌肌节形态变异
CCCH锌指	0.008016	继承自:P颗粒异常||生殖细胞细胞质形态变异
L30e/L7ae核糖体蛋白	0.008074	继承自:卵母细胞形态变异||生殖细胞室形态变异||生殖细胞室扩张变异体||卵母细胞数量减少
F1F0 ATP合成酶亚基C	0.008074	继承自:卵母细胞形态变异||生殖细胞室形态变异||生殖细胞室扩张变异体||卵母细胞缺核||生殖细胞室无核细胞||生殖细胞室细胞核数变异
钙ATP酶，转导域A	0.008208	继承自:上皮细胞形态变异||缝细胞形态变异
平移机械部件	0.01133	继承自:生殖细胞形态变异||卵母细胞小||卵母细胞形态变异||生殖细胞室形态变异||生殖细胞室扩张变异体
热休克蛋白70kD（HSP70），肽结合域	0.01133	继承自:生殖细胞形态变异
固氮酶铁蛋白样	0.01173	继承自:卵母细胞数量减少
层粘连蛋白G样模块	0.01173	继承自:连合利手缺陷||神经元形态变异||轴突形态变异||肌足出现||神经突起形态变异
钙粘蛋白同源结构域	0.01246	继承自:横纹肌形态变异||体壁肌肌球蛋白组织缺陷
标准RBD	0.01465	继承自:P颗粒定位缺陷||卵母细胞紊乱
运动蛋白质类	0.01703	继承自:轴突形态变异||脐带连合变种||神经突起形态变异||轴突分支变异体||脊髓连合未能达到目标
肌球蛋白棒碎片	0.02097	继承自:横纹肌形态变异||体壁肌粗丝变异||体壁肌肌节形态变异||肌肉细胞形态变异
冷休克DNA结合域样	0.02268	继承自:生殖细胞形态变异||细胞质加工体变体||生殖细胞室扩张变异体||生殖细胞细胞质形态变异||卵母细胞数量减少
SH2域	0.0227	继承自:横纹肌形态变异||体壁肌肌节形态变异||肌肉细胞形态变异
FERM的第二域	0.02488	继承自:横纹肌形态变异||体壁肌肌节形态变异
肌动蛋白/HSP70	0.03364	继承自:生殖细胞形态变异||细胞质加工体变体||体壁肌肌球蛋白组织缺陷||体壁肌肌节形态变异||生殖细胞室细胞核数变异
BCR-同源GTPase激活域（BH-domain）	0.03364	继承自:神经元形态变异||轴突形态变异||神经突起形态变异||轴突分支变异体
纤维连接蛋白III型	0.03995	继承自:连合缺失||神经元形态变异||轴突形态变异||体壁肌肌节形态变异||神经突起形态变异
G蛋白	0.04044	继承自:上皮细胞形态变异||缝细胞形态变异||多核卵母细胞
钙蛋白酶大亚单位，催化结构域（结构域II）	0.0433	继承自:横纹肌形态变异||体壁肌肌节形态变异||肌肉细胞形态变异
SH3-域	0.04655	继承自:横纹肌形态变异||体壁肌肌节形态变异||肌肉细胞形态变异
植物群落学域（PH域）	0.0492	继承自:横纹肌形态变异||轴突形态变异||体壁肌肌节形态变异||有丝分裂的卵母细胞||肌肉细胞形态变异
II类氨酰基tRNA合成酶（aaRS）样催化结构域	0.08914	继承自:生殖细胞形态变异||细胞质加工体变体||生殖细胞室扩张变异体||生殖细胞室无核细胞
FHA域	0.1018	继承自:轴突形态变异||神经突起形态变异||轴突分支变异体
蛋白激酶，催化亚单位	0.1404	继承自:肌足出现||肌肉细胞形态变异
第II组伴侣蛋白（CCT，TRIC），顶端结构域	0.144	继承自:卵母细胞小||卵母细胞形态变异||生殖细胞隔室形态变异||生殖细胞室扩张变异体||生殖细胞室无核细胞
DBL同源域（DH-domain）	0.1832	继承自:横纹肌形态变异||体壁肌肌节形态变异
Ⅱ类伴侣蛋白（CCT，TRIC），ATP酶结构域	0.1832	继承自:生殖细胞形态变异||卵母细胞小||卵母细胞形态变异||生殖细胞室形态变异||生殖细胞室扩张变异体||生殖细胞室无核细胞
LIM域	0.1832	继承自:横纹肌形态变异||体壁肌肌节形态变异||肌肉细胞形态变异
我设置域	0.1949	继承自:体壁肌肌节形态变异||神经突起形态变异||肌肉细胞形态变异
细胞周期蛋白	0.232	继承自:早期多核emb||早期原核大小缺陷型emb||早期母体原核过多||早期胚胎干细胞核形态变化||早期原核过多||胚胎细胞形态变异||早期emb核外观缺陷数
突触结合蛋白样（S变异体）	0.232	继承自:体壁肌肌节形态变异
Sec1/munc18样（SM）蛋白质	0.2926	继承自:上皮细胞形态变异||缝细胞形态变异
伸长率系数	0.2926	继承自:卵母细胞小||卵母细胞形态变异||生殖细胞室形态变异||生殖细胞室扩张变异体
扩展AAA-ATP酶域	0.2964	继承自:生殖细胞室小||胚胎细胞形态变异||生殖细胞室无核细胞
RecA类蛋白（ATP酶域）	0.3699	继承自:生殖细胞形态变异||卵母细胞形态变异||生殖细胞室形态变异||生殖细胞室无核细胞
EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C末端结构域	0.4606	继承自:生殖细胞室扩张变异体||卵母细胞数量减少
Pumilio重复	0.5338	继承自:生殖细胞形态变异||早期多核emb||卵母细胞堆积||早期有核数缺陷的emb||卵母细胞形态变异||胚胎细胞形态变异||早期emb核外观数缺陷
氯氰菊酯衔接蛋白核心蛋白	0.7008	继承自:卵母细胞形态变异||生殖细胞室形态变异||生殖细胞室扩张变异体||生殖细胞室细胞核数变异
I类氨酰-tRNA合成酶亚类的反密码子结合域	0.7911	继承自:生殖细胞室扩张变异体||卵母细胞数量减少
微管蛋白，GTP酶结构域	0.8215	继承自:轴突形态变异
原肌球蛋白	0.8399	继承自:横纹肌形态变异||体壁肌肌节形态变异
生长因子受体结构域	0.9024	继承自:肌足出现
I类氨酰-tRNA合成酶（RS），催化结构域	0.9024	继承自:卵母细胞数量减少
PDZ域	0.9241	继承自:有丝分裂卵母细胞

树木依据树向量

使用蛋白质域生成存在/缺失矩阵超级家族中所有基因组的结构数据。这个PAUP公司软件用于使用启发式简约方法。基因组组合或特定分支可以显示为如果有单株树的话。然而，该数据是从单个大树。这会产生比生成树时更高质量的拓扑并允许树立即显示。

注释到此WP术语的超域(不在SPWP中)
以灰色突出显示的是FDR>0.001的那些

超域（单个）	FDR（全部）	注释（直接或继承）
Sec23/24的C-末端凝胶蛋白样结构域	0	直接
整合素域	0	直接
ap2适配器的Mu2适配蛋白亚基（ap50）的第二域	0	直接
F1 ATP合成酶α和β亚基的N末端结构域	0	直接
整合素αN末端结构域	0	直接
Sec23/24的螺旋域	0	直接
F1 ATP合成酶α和β亚基的C末端结构域	0	直接
Sec23/24的Zn-finger畴	0	直接
类Sm核糖核蛋白	0.00000001159	直接
N-末端亲核氨基水解酶（Ntn水解酶）	0.00003094	直接
Spectrin重复	0.000063	直接
富含半胱氨酸结构域	0.00006354	直接
含P-loop的三磷酸核苷水解酶	0.0001427	直接
翻译蛋白SH3-样结构域	0.0001595	直接
核糖体蛋白S24e、L23和L15e	0.0001757	直接
II类aaRS ABD相关	0.0005298	直接
钙蛋白酶大亚单位，中间结构域（结构域III）	0.0005298	直接
金属阳离子转运ATP酶，ATP结合域N	0.0008407	直接的，直接的
肌动蛋白解聚蛋白	0.0008682	直接
Cdc48域2-类	0.001106	继承自:细胞质加工体变体||生殖细胞形态变异||生殖细胞细胞质形态变异
膜联蛋白	0.001106	继承自:生殖细胞形态变异
Sec23/24的β-三明治结构域	0.001106	继承自:生殖细胞室形态变异||生殖细胞室扩张变异体||生殖细胞形态变异||卵母细胞形态变异||生殖细胞室大小变异
类似ADC	0.001106	继承自:细胞质加工体变体||生殖细胞形态变异||生殖细胞细胞质形态变异
钙ATP酶，跨膜结构域M	0.00131	继承自:缝细胞形态变异||上皮细胞形态变异
CCCH锌指	0.00211	继承自:P颗粒异常||生殖细胞细胞质形态变异
锌结合核糖体蛋白	0.002533	继承自:细胞质加工体变体||生殖细胞形态变异
类PLC磷酸二酯酶	0.002561	继承自:生殖细胞形态变异||卵母细胞形态变异||有丝分裂卵母细胞
钙ATP酶，转导域A	0.002623	继承自:缝细胞形态变异||上皮细胞形态变异
核酸结合蛋白	0.004157	继承自:细胞质加工体变体||卵母细胞数量减少||生殖细胞室扩张变异体||早期emb核外观数缺陷||胚胎细胞形态变异
C2结构域（钙/脂质结合结构域，CaLB）	0.004157	继承自:体壁肌肌节形态变异||横纹肌形态变异||轴突形态变异||有丝分裂卵母细胞
F1F0 ATP合成酶亚基C	0.00452	继承自:生殖细胞室无核细胞||卵母细胞缺核||生殖细胞室形态变异||生殖细胞隔室扩展变体||生殖细胞形态变异||卵母细胞形态变异||生殖细胞室细胞核数变异
S15/NS1 RNA-结合域	0.00452	继承自:生殖细胞室形态变异||生殖细胞室扩张变异体||生殖细胞形态变异||卵母细胞形态变异
类PYP传感器域（PAS域）	0.005637	继承自:神经突起形态变异
L30e类	0.01069	继承自:生殖细胞室形态变异||卵母细胞数量减少||生殖细胞室扩张变异体||生殖细胞形态变异||卵母细胞形态变异
热休克蛋白70kD（HSP70），肽结合域	0.01069	继承自:生殖细胞形态变异
肌球蛋白棒碎片	0.01069	继承自:体壁肌肌节形态变异||肌肉细胞形态变异||横纹肌形态变异||体壁肌粗丝变异
平移机械部件	0.01127	继承自:生殖细胞室形态变异||卵母细胞数量减少||生殖细胞室扩张变异体||卵母细胞形态变异
钙粘蛋白同源结构域	0.01155	继承自:横纹肌形态变异||体壁肌球蛋白组织缺陷
SH2域	0.01155	继承自:体壁肌肌节形态变异||肌肉细胞形态变异||横纹肌形态变异
FERM的第二域	0.01498	继承自:体壁肌肌节形态变异||横纹肌形态变异
类ACP	0.02209	继承自:卵母细胞数量减少||卵母细胞形态变异
纤维连接蛋白III型	0.03678	继承自:体壁肌肌节形态变异||神经元形态变异||神经突起形态变异||连合缺失||轴突形态变异
SH3-域	0.04203	继承自:体壁肌肌节形态变异||肌肉细胞形态变异||横纹肌形态变异||有丝分裂卵母细胞
RNA-结合域	0.05101	继承自:P颗粒定位缺陷||卵母细胞紊乱
SMAD/FHA域	0.07441	继承自:轴突分支变异体
PH类域	0.08492	继承自:肌肉细胞形态变异||轴突形态变异||有丝分裂的卵母细胞
Ⅱ类aaRS和生物素合成酶	0.08604	继承自:生殖细胞室无核细胞||细胞质加工体变体||生殖细胞室扩张变异体||生殖细胞形态变异
核糖体蛋白S5结构域2样	0.08604	继承自:生殖细胞室扩张变异体
蛋白激酶样（PK-like）	0.1033	继承自:肌肉细胞形态变异||肌足出现
伴刀豆球蛋白A样凝集素/葡聚糖酶	0.1039	继承自:连合利手缺陷||神经突起形态变异||轴突形态变异
类肌动蛋白ATP酶结构域	0.1039	继承自:生殖细胞形态变异||体壁肌肌球蛋白组织缺陷
免疫球蛋白	0.1194	继承自:体壁肌肌节形态变异||肌肉细胞形态变异||肌足出现||精子形态变异||精子假荚变异体||神经元形态变异||神经突起形态变异
GTPase激活域	0.1765	继承自:神经元形态变异||神经突起形态变异||轴突分支变异体||轴突形态变异
DBL同源域（DH-domain）	0.1789	继承自:体壁肌肌节形态变异||横纹肌形态变异
类dsRNA-绑定域	0.227	继承自:细胞质加工体变体||生殖细胞形态变异
类似HAD	0.243	继承自:缝细胞形态变异||上皮细胞形态变异
ARM重复	0.2774	继承自:缝细胞形态变异||P颗粒定位缺陷
结构域	0.2861	继承自:有丝分裂卵母细胞
表皮生长因子/层粘连蛋白	0.2873	继承自:体壁肌肌节形态变异||肌肉细胞形态变异||轴突轨迹变异
肌钙蛋白卷曲亚单位	0.2883	继承自:体壁肌肌节形态变异||肌肉细胞形态变异
Sec1/munc18样（SM）蛋白质	0.2883	继承自:缝细胞形态变异||上皮细胞形态变异
泛素样蛋白的激活酶	0.3644	继承自:生殖细胞形态变异||生殖细胞室细胞核数变异
GroEL顶端域样	0.3824	继承自:生殖细胞隔室无核||生殖细胞室形态变异||生殖细胞室扩张变异体||卵母细胞形态变异||卵母细胞小
翻译蛋白	0.3824	继承自:生殖细胞室扩张变异体||生殖细胞形态变异
GroEL赤道域状	0.4489	继承自:生殖细胞室无核细胞||生殖细胞室形态变异||生殖细胞室扩张变异体||生殖细胞形态变异||卵母细胞形态变异||卵母细胞小
类周期蛋白	0.4489	继承自:早期原核大小缺陷型emb||早期母体原核过多||早期原核过多||早期emb核外观缺陷数||早期多核emb||胚胎细胞形态变异||早期胚胎干细胞核形态变化
类似GroEL的中间领域	0.4489	继承自:生殖细胞室无核细胞||生殖细胞室形态变异||生殖细胞室扩张变异体||生殖细胞形态变异||卵母细胞形态变异||卵母细胞小
RNA聚合酶的RBP11样亚基	0.457	继承自:生殖细胞形态变异
EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C末端结构域	0.457	继承自:生殖细胞隔室形态变异||卵母细胞数量减少||生殖细胞室扩张变异体
类似TPR	0.4677	继承自:纤毛形态变异||纤毛神经元形态变异
谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样	0.6026	继承自:体壁肌粗丝变异||体壁肌肌球蛋白组织缺陷
生长因子受体结构域	0.6208	继承自:体壁肌肌节形态变异||肌肉细胞形态变异
电压门控钾通道	0.6903	继承自:体壁肌肌节形态变异||肌肉细胞形态变异||横纹肌形态变异
I类氨酰-tRNA合成酶亚类的反密码子结合域	0.693	继承自:生殖细胞室形态变异||卵母细胞数量减少||生殖细胞室扩张变异体||卵母细胞形态变异
Tubulin C末端domain-like	0.7527	继承自:轴突形态变异
管蛋白核苷酸结合域样	0.8108	继承自:轴突形态变异
原肌球蛋白	0.8321	继承自:体壁肌肌节形态变异||横纹肌形态变异
PDZ域类	0.9013	继承自:有丝分裂的卵母细胞
L类域名	1	继承自:肌足出现

注释到此WP术语的超域(不在SPWP中)
以灰色突出显示的是FDR>0.001的那些

N到C端顺序的超域（双工）	FDR（全部）	注释（直接或继承）
47473,51695 47473 -结构域 51695 -类PLC磷酸二酯酶	0	直接
81811,82754 81811 -Sec23/24的螺旋域 82754 -Sec23/24的C-末端凝胶蛋白样结构域	0	直接
49265,48726 49265 -纤维连接蛋白III型 48726 -免疫球蛋白	0	直接
50729,47473 50729 -PH类域 47473 -结构域	0	直接
52540,47917 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 47917 -F1 ATP合成酶α和β亚基的C末端结构域	0	直接
54585,52540 54585 -Cdc48域2-类 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶	0	直接
56112,48371 56112 -蛋白激酶样（PK-like） 48371 -ARM重复	0	直接
51695,49562 51695 -类PLC磷酸二酯酶 49562 -C2结构域（钙/脂质结合结构域，CaLB）	0	直接
50692,54585 50692 -类似ADC 54585 -Cdc48域2-类	0	直接
82919,53300 82919 -Sec23/24的Zn-finger畴 53300 -vWA类	0	直接
64356,49447 64356 -类似SNARE 49447 -ap2适配器的Mu2适配蛋白亚基（ap50）的第二域	0	直接
46966,46966 46966 -Spectrin重复 46966 -Spectrin重复	0.000004215	直接
64593,74853 64593 -中间丝蛋白，卷曲螺旋区 74853 -层压板A/C球状尾区	0.0001589	直接
54001,49758 54001个-半胱氨酸蛋白酶 49758 -钙蛋白酶大亚单位，中间结构域（结构域III）	0.0001589	直接
50044,55550 50044 -SH3-域 55550 -SH2域	0.0001589	直接
81660,56784 81660 -金属阳离子转运ATP酶，ATP结合域N 56784个-类似HAD	0.0008407	直接
81333,81333 81333 -F1F0 ATP合成酶亚基C 81333 -F1F0 ATP合成酶亚基C	0.001106	继承自:生殖细胞室无核细胞||卵母细胞缺核||生殖细胞室形态变异||生殖细胞室扩张变异体||生殖细胞形态变异||卵母细胞形态变异||生殖细胞室细胞核数变异
55681,52954 55681 -Ⅱ类aaRS和生物素合成酶 52954 -II类aaRS ABD相关	0.001106	继承自:生殖细胞形态变异
55550,50044 55550 -SH2域 50044 -SH3-域	0.001106	继承自:体壁肌肌节形态变异||肌肉细胞形态变异||横纹肌形态变异
50044,50044 50044 -SH3-域 50044 -SH3-域	0.002533	继承自:体壁肌肌节形态变异||横纹肌形态变异
47031,50729 47031个-FERM的第二域 50729 -PH类域	0.002561	继承自:体壁肌肌节形态变异||横纹肌形态变异
50249,55681 50249 -核酸结合蛋白 55681 -II类aaRS和生物素合成酶	0.00452	继承自:生殖细胞室形态变异||卵母细胞数量减少||生殖细胞室扩张变异体||生殖细胞形态变异||卵母细胞形态变异
100920,100934 100920 -热休克蛋白70kD（HSP70），肽结合域 100934 -热休克蛋白70kD（HSP70），C末端亚结构域	0.005637	继承自:生殖细胞形态变异
53067,100920 53067 -类肌动蛋白ATP酶结构域 100920 -热休克蛋白70kD（HSP70），肽结合域	0.01069	继承自:生殖细胞形态变异
54236,47031 54236 -类泛素 47031个-FERM的第二域	0.01386	继承自:体壁肌肌节形态变异||横纹肌形态变异
90257,90257 90257 -肌球蛋白棒碎片 90257 -肌球蛋白棒碎片	0.02209	继承自:体壁肌肌节形态变异||肌肉细胞形态变异||横纹肌形态变异||体壁肌粗丝变异
52374,47323 52374 -核苷酸酰转移酶 47323 -I类氨酰-tRNA合成酶亚类的反密码子结合域	0.02209	继承自:生殖细胞室形态变异||卵母细胞数量减少||生殖细胞室扩张变异体||卵母细胞形态变异
54928,54928 54928 -RNA-结合域 54928 -RNA-结合域	0.04788	继承自:卵母细胞紊乱
90229,90229 90229 -CCCH锌指 90229 -CCCH锌指	0.05311	继承自:P颗粒异常||生殖细胞细胞质形态变异
48452,48452 48452 -类似TPR 48452 -类似TPR	0.06728	继承自:早期emb核外观数缺陷||早期有核数缺陷的emb
53067,53067 53067 -类肌动蛋白ATP酶结构域 53067 -类肌动蛋白ATP酶结构域	0.1039	继承自:细胞质加工体变体||生殖细胞形态变异||体壁肌肌球蛋白组织缺陷
48726,49265 48726 -免疫球蛋白 49265 -纤维连接蛋白III型	0.1101	继承自:体壁肌肌节形态变异||神经元形态变异||神经突起形态变异||轴突形态变异
48726,48726 48726 -免疫球蛋白 48726 -免疫球蛋白	0.1765	继承自:体壁肌肌节形态变异||肌肉细胞形态变异||精子形态变异||精子假荚变异体||肌肉双折射变体||神经突起形态变异||轴突形态变异
57716,57716 57716 -糖皮质激素受体样（DNA-结合域） 57716 -糖皮质激素受体样（DNA-结合域）	0.1868	继承自:体壁肌肌节形态变异||肌肉细胞形态变异||横纹肌形态变异
57196,57196 57196个-EGF/层粘连蛋白 57196 -EGF/层粘连蛋白	0.1868	继承自:体壁肌肌节形态变异||肌肉细胞形态变异||肌足出现
50978,50978 50978 -WD40重复 50978 -WD40重复	0.227	继承自:纤毛形态变异||纤毛神经元形态变异
47954,47954 47954 -类周期蛋白 47954 -类周期蛋白	0.227	继承自:早期原核大小缺陷型emb||早期母体原核过多||早期原核过多||早期emb核外观数缺陷||早期有核数缺陷的emb||早期多核emb||胚胎细胞形态变异||早期胚胎干细胞核形态变化
52540,50447 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 50447 -翻译蛋白	0.2883	继承自:生殖细胞隔室形态变异||生殖细胞室扩张变异体||卵母细胞形态变异||卵母细胞小
48065,50729 48065 -DBL同源域（DH-domain） 50729 -PH类域	0.2883	继承自:体壁肌肌节形态变异||横纹肌形态变异
48371,48371 48371 -ARM重复 48371 -ARM重复	0.3222	继承自:细胞质加工体变体
49265,49265 49265 -纤维连接蛋白III型 49265 -纤维连接蛋白III型	0.3644	继承自:体壁肌肌节形态变异||横纹肌形态变异||轴突形态变异
48592,54849 48592 -GroEL赤道域状 54849 -类似GroEL的中间领域	0.4489	继承自:生殖细胞室无核细胞||生殖细胞室形态变异||生殖细胞室扩张变异体||生殖细胞形态变异||卵母细胞形态变异||卵母细胞小
54849,52029 54849 -类似GroEL的中间领域 52029 -GroEL顶端域样	0.4489	继承自:生殖细胞室无核细胞||生殖细胞室形态变异||生殖细胞室扩张变异体||生殖细胞形态变异||卵母细胞形态变异||卵母细胞小
50447,50465 50447 -翻译蛋白 50465 -EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C末端结构域	0.457	继承自:生殖细胞室形态变异||卵母细胞数量减少||生殖细胞室扩张变异体
52490,55307 52490 -管蛋白核苷酸结合域样 55307 -Tubulin C末端domain-like	0.8108	继承自:轴突形态变异