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蠕虫表型(WP):生物环境刺激反应变体(显示信息)
表型本体与基因本体论(GO)一样,表型本体论通过将单个术语视为节点及其与父项(允许多个父项)的关系视为有向边,将基因突变/空表型信息从顶部非常一般的术语分类并组织到有向无环图(DAG)中更具体的术语。要浏览此层次结构,我们显示所有亲本表型项按与当前项的最短距离排序的当前感兴趣的表型项。也,仅直接儿童表型术语列出了当前表型术语的。我们纳入的表型本体如下:
- 疾病本体(DO)DO通过DO术语到MeSH、ICD、NCI同义词库、SNOMED和OMIM的广泛交叉映射,在语义上整合了疾病和医学词汇。
- 人类表型(HP)本体(HP)HP捕获OMIM中描述的表型异常以及相应的致病基因。它包括三个互补的生物学概念:遗传模式(MI)、ONset_and_clinical_course(ON)和表型异常(PA)。
- 小鼠表型(MP)本体(MP)MP描述了特定基因被基因破坏后小鼠的表型。利用它,小鼠基因组信息学(MGI)为小鼠提供了高覆盖率的基因水平表型。
- 蠕虫表型本体WP对秀丽线虫和其他线虫的表型描述进行分类和组织。使用它,WormBase为秀丽线虫的表型注释提供了主要资源。
- 酵母表型本体酵母基因组数据库(SGD)基于YP,YP是子囊菌表型本体的主要贡献者,为酵母基因组中的每个基因提供单一突变表型。
- 苍蝇表型本体FP指FlyBase控制的词汇表。具体来说,FlyBase中的等位基因注释(针对其诱变剂等)使用结构化受控词汇。
- 蝇类解剖本体FA是黑腹果蝇解剖结构的结构化受控词汇,用于描述表型和基因表达的位置。
- 斑马鱼解剖学本体ZA使用标准解剖学术语和受影响的基因显示斑马鱼的解剖学术语。
- 爪蟾解剖学本体XA代表青蛙(非洲爪蟾和热带爪蟾)的组织谱系和发育时间。它用于注释爪蟾基因表达模式以及突变和变体表型。
- 拟南芥植物本体(AP)作为描述植物解剖和形态结构(AN)以及生长发育阶段(DE)的植物本体的主要贡献者,拟南芥信息资源(TAIR)为模式高等植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)提供了拟南芥子植物本体注释。
- 酶委员会(EC)本体(EC)每个酶都有一个四位数的EC编号,前三位数定义了催化的反应,第四位数是唯一的标识符(序列号)。每种酶也被赋予一个系统名称,该名称唯一地定义了催化的反应。
- DrugBank ATC(DB)本体(DB)在解剖治疗化学(ATC)分类系统中,药物根据其作用的器官或系统(第一级,解剖主要组)及其治疗(第二级,治疗亚组)、药理(第三级,药理亚组)分为五个不同级别的组和化学性质(第4级,化学亚组;第5级,化学物质)。只考虑DrugBank中的药物。
- UniProtKB关键字(KW)本体(KW)UniProtKB中的关键字是受控词汇表,提供条目内容的摘要,并用于基于10个类别(此处不包括“技术术语”类别)索引UniProtKB/Swiss-Prot条目。每个关键字都手动归属于UniProtKB/Swiss-Prot条目,并自动归属于UniProtKB/TrEMBL条目(根据特定的注释规则)。
- UniProtKB UniPathway(UP)本体UP是一个完全手动管理的资源,用于表示和注释代谢途径,在UniProtKB中用作路径注释的受控词汇。
结构域表型本体及其注释蛋白质结构分类(SCOP)将进化相关域划分为超级家族水平和家庭级别。利用上述表型本体,我们生成了以域为中心的表型注释,并进一步确定了注释SCOP域信息最丰富的表型术语。令人欣慰的是,以域为中心的表型注释可以作为探索基因型-表型关系的另一个起点。我们为下载提供了几个相关文件,包括每个表型本体的注释和相应的本体。
超域表型本体论及其注释虽然以域为中心的注释在描述独立域的表型性质方面有很大的希望,但大多数域本身可能不只是单独工作。在多域蛋白质中,它们可以结合在一起形成不同的域结构。现有结构域的重组被认为是表型多样性的主要驱动力之一。作为扩展,我们还生成了超域表型本体及其注释。与以域为中心的表型本体论和注释(SCOP域超级家族水平和家庭级别),此版本仅关注超域和单个SCOP域超级家族级别。此外,就单个超家族而言,以域为中心版本的注释可能与超域版本的注释不同。根据您的关注点,前者应用于考虑超级家族水平和家庭级别,否则,如果您对域组合感兴趣,应使用后者。此外,我们还为下载提供了几个相关文件,包括每个表型本体的注释和相应的本体。
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根:WP层次(Wormbase Release WS226中的蠕虫表型)
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超级家族(显示详细信息)
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家庭(显示详细信息)
在系统发育树上为超级家族和/或家庭由该表型术语注释的域
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将树绘制为:
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(显示帮助)
树木依据树向量
使用蛋白质域生成存在/缺失矩阵超级家族中所有基因组的结构数据。这个PAUP公司该软件用于生成一个单一的大型树状拓扑,使用启发式简约方法。基因组组合或特定分支可以显示为如果有单株树的话。然而,该数据是从单个大树。这会产生比生成树时更高质量的拓扑并允许树立即显示。
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超域(包括单个超家族)(显示详细信息)
(显示详细信息)
注释到此WP术语的超域(SPWM电平:信息最少)
以灰色突出显示的是FDR>0.001的那些
N到C端子顺序的超域(双工) |
FDR(全部) |
注释(直接或继承) |
47473,51695 47473 -结构域 51695 -类PLC磷酸二酯酶 | 0 | 直接 |
50677,52374 50677 -ValRS/IleRS/LeuRS编辑域 52374 -核苷酸酰转移酶 | 0 | 直接 |
54768,54768 54768 -类dsRNA-绑定域 54768 -类dsRNA-绑定域 | 0 | 直接 |
50729,56112 50729 -PH类域 56112 -蛋白激酶样(PK-like) | 0 | 直接 |
81333,81333 81333 -F1F0 ATP合成酶亚基C 81333个-F1F0 ATP合成酶亚基C | 0 | 直接 |
81811,82754 81811 -Sec23/24的螺旋域 82754 -Sec23/24的C-末端凝胶蛋白样结构域 | 0 | 直接 |
100920,100934 100920 -热休克蛋白70kD(HSP70),肽结合域 100934 -热休克蛋白70kD(HSP70),C末端亚结构域 | 0 | 直接 |
50729,47473 50729 -PH类域 47473 -结构域 | 0 | 直接 |
52540,47917 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 47917 -F1 ATP合成酶α和β亚基的C末端结构域 | 0 | 直接 |
74788,75632 74788 -卡林重复出现 75632 -Cullin同源结构域 | 0 | 直接 |
56968,48431 56968个-脂蛋白球蛋白复合物;β-薄片壳区域 48431 -脂蛋白-磷蛋白复合物,超羟基结构域 | 0 | 直接 |
55681,52954 55681 -II类aaRS和生物素合成酶 52954 -II类aaRS ABD相关 | 0 | 直接 |
57903,51197 57903 -FYVE/PHD锌指 51197 -Clavaminate合酶样 | 0 | 直接 |
54585,52540 54585 -Cdc48域2-类 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
55729,55729 55729 -酰基-CoA N-酰基转移酶(Nat) 55729 -酰基-CoA N-酰基转移酶(Nat) | 0 | 直接 |
75632,46785 75632 -Cullin同源结构域 46785 -“翼螺旋”DNA-结合域 | 0 | 直接 |
51695,49562 51695 -类PLC磷酸二酯酶 49562 -C2结构域(钙/脂质结合结构域,CaLB) | 0 | 直接 |
50692,54585 50692 -类似ADC 54585 -Cdc48域2-类 | 0 | 直接 |
48431,56968 48431 -脂蛋白-磷蛋白复合物,超羟基结构域 56968个-脂蛋白球蛋白复合物;β-薄片壳区域 | 0 | 直接 |
82919,53300 82919 -Sec23/24的Zn-finger畴 53300 -vWA类 | 0 | 直接 |
47895,52540 47895 -转导蛋白(α亚单位),插入域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0.000000000001442 | 直接 |
63712,90112 63712 -烟碱受体配体结合域样 90112 -神经递质门控离子通道跨膜孔 | 0.00000000004387 | 直接 |
52833,47616 52833 -类硫氧还蛋白 47616 -GST C终端域类 | 0.00001228 | 直接 |
54695,81382 54695 -POZ域 81382 -Skp1二聚化域样 | 0.0000125 | 直接 |
48592,54849 48592 -GroEL赤道域状 54849 -类似GroEL的中间领域 | 0.00002414 | 直接 |
54849,52029 54849 -类似GroEL的中间领域 52029 -GroEL顶端域样 | 0.00002414 | 直接 |
53067,100920 53067 -类肌动蛋白ATP酶结构域 100920 -热休克蛋白70kD(HSP70),肽结合域 | 0.00002414 | 直接 |
56784,81665 56784个-类似HAD 81665 -钙ATP酶,跨膜结构域M | 0.00002541 | 直接 |
52540,52540 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0.00005085 | 直接 |
48065,50729 48065 -DBL同源域(DH-domain) 50729 -PH类域 | 0.00007726 | 直接 |
52490,55307 52490 -管蛋白核苷酸结合域样 55307 -Tubulin C末端domain-like | 0.0002638 | 直接 |
53067,53067 53067 -类肌动蛋白ATP酶结构域 53067 -类肌动蛋白ATP酶结构域 | 0.0003799 | 直接 |
50447,50465 50447 -翻译蛋白 50465 -EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C末端结构域 | 0.0005382 | 直接 |
48452,48452 48452 -类似TPR 48452 -类似TPR | 0.00101 | 继承自:趋化性变体||伊维菌素抗性||生物体温度响应变异体||涕灭威反应变异体||伊维菌素反应变异体||水化学感觉反应变异体||阳性趋化性缺陷||抗头痛反应变异体 |
81660,56784 81660 -金属阳离子转运ATP酶,ATP结合域N 56784个-类似HAD | 0.001198 | 继承自:药物过敏||尼古丁过敏 |
56112,55073 56112 -蛋白激酶样(PK-like) 55073 -核苷酸环化酶 | 0.001198 | 继承自:化学感觉反应变异体||溴趋化性变体||趋化性变体||阴离子阳性趋化性缺陷||阴离子阳性趋化性变体||趋化性阳性变异体||镁趋化性缺陷||化学反应变体||碘趋化性变体||阳离子阳性趋化性变体||AWC气味趋化性变体||阳离子阳性趋化性缺陷||苯甲醛趋化性变体||AWC气味趋化性缺陷||碱性pH趋化性变体||锂趋化性缺陷||水化学感觉反应变异体||碘趋化性缺陷||溴趋化性缺陷 |
90123,52540 90123 -ABC转运蛋白跨膜区 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0.001352 | 继承自:金属反应变体||镉过敏||化学反应变量||化学过敏||秋水仙碱过敏||镉响应变量 |
57903,57903 57903 -FYVE/PHD锌指 57903 -FYVE/PHD锌指 | 0.001886 | 继承自:生物体应激反应变异体||机体紫外线过敏||生物体紫外线反应变异体 |
46966,46966 46966 -Spectrin重复 46966 -Spectrin重复 | 0.004991 | 继承自:药物反应变异体 |
52374,47323 52374 -核苷酸酰转移酶 47323 -I类氨酰-tRNA合成酶亚类的反密码子结合域 | 0.004991 | 继承自:缺氧反应变异体||耐缺氧||氧气响应变量 |
57889,57889 57889 -富含半胱氨酸结构域 57889 -富含半胱氨酸结构域 | 0.005315 | 继承自:趋热性变体||先天免疫反应变体||耐化学性||生物体温度响应变异体||生物体应激反应变异体||抗药性的||涕灭威反应变异体||病原体诱导的基因表达变异||热感行为变体||病原菌诱导的抗菌基因表达变异||药物反应变异体 |
49265,48726 49265 -纤维连接蛋白III型 48726 -免疫球蛋白 | 0.01167 | 继承自:化学反应变体||药物反应变异体 |
54160,52540 54160 -类色度域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0.01167 | 继承自:机体紫外线过敏||生物体紫外线反应变异体 |
47473,47473 47473 -结构域 47473 -结构域 | 0.02539 | 继承自:乙酰胆碱酯酶抑制剂反应变体||涕灭威反应变异体||药物反应变异体 |
50249,55681 50249 -核酸结合蛋白 55681 -II类aaRS和生物素合成酶 | 0.02645 | 继承自:对细菌变异的反应||避免细菌草坪 |
52540,90123 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 90123 -ABC转运蛋白跨膜区 | 0.03091 | 继承自:金属响应变量||化学反应变量||镉响应变量 |
50044,50044 50044 -SH3-域 50044 -SH3-域 | 0.03675 | 继承自:药物反应变异体 |
51905,55424 51905 -FAD/NAD(P)-结合域 55424 -FAD/NAD相关还原酶,二聚(C末端)结构域 | 0.08964 | 继承自:农药反应变异体||生物体氧化应激反应变异体||生物毒性化学反应变体||百草枯反应变异体 |
161111,160240 161111 -阳离子流出蛋白跨膜结构域样 160240 -阳离子流出蛋白胞质域样 | 0.08964 | 继承自:金属响应变量||镉过敏||化学过敏||镉响应变量 |
49562,49562 49562 -C2结构域(钙/脂质结合结构域,CaLB) 49562 -C2结构域(钙/脂质结合结构域,CaLB) | 0.1161 | 继承自:耐化学性||抗药性的 |
50978,50978 50978 -WD40重复 50978 -WD40重复 | 0.1346 | 继承自:农药反应变异体||趋化性阴性变异体||机械感觉变体||水阳性趋化性变体||趋化性变体||耐化学性||渗透回避变体||伊维菌素抗性||趋化性阳性变异体||抗药性的||气味化学感觉反应变异体||水阳性趋化性缺陷||伊维菌素反应变异体||水化学感觉反应变异体||阳性趋化性缺陷 |
54160,54160 54160 -类色度域 54160 -类色度域 | 0.1545 | 继承自:机体紫外线过敏||生物体紫外线反应变异体 |
53300,56436 53300 -vWA类 56436 -C型凝集素样 | 0.3379 | 继承自:致病菌死亡增加||病原体敏感性增加 |
54928,54928 54928 -RNA-结合域 54928 -RNA-结合域 | 0.3562 | 继承自:饥饿诱导的细胞凋亡变体||生物饥饿反应变异体 |
56436,49854 56436 -C型凝集素样 49854 -精粘连蛋白,CUB域 | 0.9805 | 继承自:镉过敏||镉响应变量 |
57716,48508 57716 -糖皮质激素受体样(DNA-结合域) 48508年-核受体配体结合域 | 1 | 继承自:SDS敏感涂抹剂 |
56436,56436 56436 -C型凝集素样 56436 -C型凝集素样 | 1 | 继承自:镉过敏||镉响应变量 |
N到C端子顺序的超域(双工) |
FDR(全部) |
注释(直接或继承) |
47473,51695 47473 -结构域 51695 -类PLC磷酸二酯酶 | 0 | 直接 |
50677,52374 50677 -ValRS/IleRS/LeuRS编辑域 52374 -核苷酸酰转移酶 | 0 | 直接 |
54768,54768 54768 -类dsRNA-绑定域 54768 -类dsRNA-绑定域 | 0 | 直接 |
50729,56112 50729 -PH类域 56112 -蛋白激酶样(PK-like) | 0 | 直接 |
81333,81333 81333 -F1F0 ATP合成酶亚基C 81333 -F1F0 ATP合成酶亚基C | 0 | 直接 |
81811,82754 81811 -Sec23/24的螺旋域 82754 -Sec23/24的C-末端凝胶蛋白样结构域 | 0 | 直接 |
100920,100934 100920 -热休克蛋白70kD(HSP70),肽结合域 100934 -热休克蛋白70kD(HSP70),C末端亚结构域 | 0 | 直接 |
50729,47473 50729 -PH类域 47473 -结构域 | 0 | 直接 |
52540,47917 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 47917 -F1 ATP合成酶α和β亚基的C末端结构域 | 0 | 直接 |
74788,75632 74788 -卡林重复出现 75632 -Cullin同源结构域 | 0 | 直接 |
56968,48431 56968个-脂蛋白球蛋白复合物;β-薄片壳区域 48431 -脂蛋白-磷蛋白复合物,超羟基结构域 | 0 | 直接 |
55681,52954 55681 -II类aaRS和生物素合成酶 52954 -II类aaRS ABD相关 | 0 | 直接 |
57903,51197 57903 -FYVE/PHD锌指 51197 -Clavaminate合酶样 | 0 | 直接 |
54585,52540 54585 -Cdc48域2-类 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
55729,55729 55729 -酰基-CoA N-酰基转移酶(Nat) 55729 -酰基-CoA N-酰基转移酶(Nat) | 0 | 直接 |
75632,46785 75632 -Cullin同源结构域 46785 -“翼螺旋”DNA-结合域 | 0 | 直接 |
51695,49562 51695 -类PLC磷酸二酯酶 49562 -C2结构域(钙/脂质结合结构域,CaLB) | 0 | 直接 |
50692,54585 50692 -类似ADC 54585 -Cdc48域2-类 | 0 | 直接 |
48431,56968 48431 -脂蛋白-磷蛋白复合物,超羟基结构域 56968个-脂蛋白球蛋白复合物;β-薄片壳区域 | 0 | 直接 |
82919,53300 82919 -Sec23/24的Zn-finger畴 53300 -vWA类 | 0 | 直接 |
47895,52540 47895 -转导蛋白(α亚单位),插入域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0.000000000001442 | 直接 |
63712,90112 63712 -烟碱受体配体结合域样 90112 -神经递质门控离子通道跨膜孔 | 0.00000000004387 | 直接 |
52833,47616 52833 -类硫氧还蛋白 47616 -GST C终端域类 | 0.00001228 | 直接 |
54695,81382 54695 -POZ域 81382 -Skp1二聚化域样 | 0.0000125 | 直接 |
48592,54849 48592 -GroEL赤道域状 54849 -类似GroEL的中间领域 | 0.00002414 | 直接 |
54849,52029 54849 -类似GroEL的中间领域 52029 -GroEL顶端域样 | 0.00002414 | 直接 |
53067,100920 53067 -类肌动蛋白ATP酶结构域 100920 -热休克蛋白70kD(HSP70),肽结合域 | 0.00002414 | 直接 |
56784,81665 56784个-类似HAD 81665 -钙ATP酶,跨膜结构域M | 0.00002541 | 直接 |
52540,52540 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0.00005085 | 直接 |
48065,50729 48065 -DBL同源域(DH-domain) 50729 -PH类域 | 0.00007726 | 直接 |
52490,55307 52490 -管蛋白核苷酸结合域样 55307 -Tubulin C末端domain-like | 0.0002638 | 直接 |
53067,53067 53067 -类肌动蛋白ATP酶结构域 53067 -类肌动蛋白ATP酶结构域 | 0.0003799 | 直接 |
50447,50465 50447 -翻译蛋白 50465 -EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C末端结构域 | 0.0005382 | 直接 |
48452,48452 48452 -类似TPR 48452 -类似TPR | 0.00101 | 继承的 |
81660,56784 81660 -金属阳离子转运ATP酶,ATP结合域N 56784个-类似HAD | 0.001198 | 继承的 |
56112,55073 56112 -蛋白激酶样(PK-like) 55073 -核苷酸环化酶 | 0.001198 | 继承的 |
90123,52540 90123 -ABC转运蛋白跨膜区 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0.001352 | 继承的 |
57903,57903 57903 -FYVE/PHD锌指 57903 -FYVE/PHD锌指 | 0.001886 | 继承的 |
46966,46966 46966 -Spectrin重复 46966 -Spectrin重复 | 0.004991 | 继承的 |
52374,47323 52374 -核苷酸酰转移酶 47323 -I类氨酰-tRNA合成酶亚类的反密码子结合域 | 0.004991 | 继承的 |
57889,57889 57889 -富含半胱氨酸结构域 57889 -富含半胱氨酸结构域 | 0.005315 | 继承的 |
49265,48726 49265 -纤维连接蛋白III型 48726 -免疫球蛋白 | 0.01167 | 继承的 |
54160,52540 54160 -类色度域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0.01167 | 继承的 |
47473,47473 47473 -结构域 47473 -结构域 | 0.02539 | 继承的 |
50249,55681 50249 -核酸结合蛋白 55681 -II类aaRS和生物素合成酶 | 0.02645 | 继承的 |
52540,90123 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 90123 -ABC转运蛋白跨膜区 | 0.03091 | 继承的 |
50044,50044 50044 -SH3-域 50044 -SH3-域 | 0.03675 | 继承的 |
51905,55424 51905 -FAD/NAD(P)-结合域 55424 -FAD/NAD相关还原酶,二聚(C末端)结构域 | 0.08964 | 继承的 |
161111,160240 161111 -阳离子流出蛋白跨膜结构域样 160240 -阳离子流出蛋白胞质域样 | 0.08964 | 继承的 |
49562,49562 49562 -C2结构域(钙/脂质结合结构域,CaLB) 49562 -C2结构域(钙/脂质结合结构域,CaLB) | 0.1161 | 继承的 |
50978,50978 50978 -WD40重复 50978 -WD40重复 | 0.1346 | 继承的 |
54160,54160 54160 -类色度域 54160 -类色度域 | 0.1545 | 继承的 |
53300,56436 53300 -vWA类 56436 -C型凝集素样 | 0.3379 | 继承的 |
54928,54928 54928 -RNA-结合域 54928 -RNA-结合域 | 0.3562 | 继承的 |
56436,49854 56436 -C型凝集素样 49854 -精粘连蛋白,CUB域 | 0.9805 | 继承的 |
57716,48508 57716 -糖皮质激素受体样(DNA-结合域) 48508年-核受体配体结合域 | 1 | 继承的 |
56436,56436 56436 -C型凝集素样 56436 -C型凝集素样 | 1 | 继承的 |
(显示详细信息)
注释到此WP术语的超域(SPWP等级:信息最少)
以灰色突出显示的是FDR>0.001的那些
N到C端子顺序的超域(三重) |
FDR(全部) |
注释(直接或继承) |
57362,57362,57362 57362个-类似BPTI 57362个-类似BPTI 57362个-类似BPTI | 0 | 直接 |
53067,100920,100934 53067 -类肌动蛋白ATP酶结构域 100920 -热休克蛋白70kD(HSP70),肽结合域 100934 -热休克蛋白70kD(HSP70),C末端亚结构域 | 0 | 直接 |
50729,47473,51695 50729 -PH类域 47473 -结构域 51695 -类PLC磷酸二酯酶 | 0 | 直接 |
50692,54585,52540 50692 -类似ADC 54585 -Cdc48域2-类 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
54585,52540,52540 54585 -Cdc48域2-类 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
56968,48431,56968 56968个-脂蛋白球蛋白复合物;β-薄片壳区域 48431 -脂蛋白-磷蛋白复合物,超羟基结构域 56968个-脂蛋白球蛋白复合物;β-薄片壳区域 | 0 | 直接 |
74788,75632,46785 74788 -卡林重复出现 75632 -Cullin同源结构域 46785 -“翼螺旋”DNA-结合域 | 0 | 直接 |
53067,53067,100920 53067 -类肌动蛋白ATP酶结构域 53067 -类肌动蛋白ATP酶结构域 100920 -热休克蛋白70kD(HSP70),肽结合域 | 0.00002414 | 直接 |
48592,54849,52029 48592 -GroEL赤道域状 54849 -类似GroEL的中间领域 52029 -GroEL顶端域样 | 0.00002414 | 直接 |
52540,50447,50465 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 50447 -翻译蛋白 50465 -EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C末端结构域 | 0.0005382 | 直接 |
81660,56784,81665 81660 -金属阳离子转运ATP酶,ATP结合域N 56784个-类似HAD 81665 -钙ATP酶,跨膜结构域M | 0.002765 | 继承自:药物过敏||尼古丁过敏 |
54160,54160,52540 54160 -类色度域 54160 -类色度域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0.01167 | 继承自:生物体紫外线过敏||生物体紫外线反应变异体 |
52540,52540,52540 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0.01167 | 继承自:化学反应变量 |
54160,52540,52540 54160 -类色度域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0.01167 | 继承自:机体紫外线过敏||生物体紫外线反应变异体 |
46966,46966,46966 46966 -Spectrin重复 46966 -Spectrin重复 46966 -Spectrin重复 | 0.01458 | 继承自:耐化学性||抗药性的 |
90123,52540,90123 90123 -ABC转运蛋白跨膜区 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 90123 -ABC转运蛋白跨膜区 | 0.03091 | 继承自:金属响应变量||化学反应变量||镉反应变体 |
52540,90123,52540 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 90123 -ABC转运蛋白跨膜区 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0.03091 | 继承自:金属响应变量||化学反应变量||镉响应变量 |
56436,56436,49854 56436 -C型凝集素样 56436 -C型凝集素样 49854 -精粘连蛋白,CUB域 | 0.8076 | 继承自:镉过敏||镉响应变量 |
N到C端子顺序的超域(三重) |
FDR(全部) |
注释(直接或继承) |
57362,57362,57362 57362个-类似BPTI 57362个-类似BPTI 57362个-类似BPTI | 0 | 直接 |
53067,100920,100934 53067 -类肌动蛋白ATP酶结构域 100920 -热休克蛋白70kD(HSP70),肽结合域 100934 -热休克蛋白70kD(HSP70),C末端亚结构域 | 0 | 直接 |
50729,47473,51695 50729 -PH类域 47473 -结构域 51695 -类PLC磷酸二酯酶 | 0 | 直接 |
50692,54585,52540 50692 -类似ADC 54585 -Cdc48域2-类 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
54585,52540,52540 54585 -Cdc48域2-类 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
56968,48431,56968 56968个-脂蛋白球蛋白复合物;β-薄片壳区域 48431 -脂蛋白-磷蛋白复合物,超羟基结构域 56968个-脂蛋白球蛋白复合物;β-薄片壳区域 | 0 | 直接 |
74788,75632,46785 74788 -卡林重复出现 75632 -Cullin同源结构域 46785 -“翼螺旋”DNA-结合域 | 0 | 直接 |
53067,53067,100920 53067 -类肌动蛋白ATP酶结构域 53067 -类肌动蛋白ATP酶结构域 100920 -热休克蛋白70kD(HSP70),肽结合域 | 0.00002414 | 直接 |
48592,54849,52029 48592 -GroEL赤道域状 54849 -类似GroEL的中间领域 52029 -GroEL顶端域样 | 0.00002414 | 直接 |
52540,50447,50465 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 50447 -翻译蛋白 50465 -EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C末端结构域 | 0.0005382 | 直接 |
81660,56784,81665 81660 -金属阳离子转运ATP酶,ATP结合域N 56784个-类似HAD 81665 -钙ATP酶,跨膜结构域M | 0.002765 | 继承的 |
54160,54160,52540 54160 -类色度域 54160 -类色度域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0.01167 | 继承的 |
52540,52540,52540 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0.01167 | 继承的 |
54160,52540,52540 54160 -类色度域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0.01167 | 继承的 |
46966,46966,46966 46966 -Spectrin重复 46966 -Spectrin重复 46966 -Spectrin重复 | 0.01458 | 继承的 |
90123,52540,90123 90123 -ABC转运蛋白跨膜区 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 90123 -ABC转运蛋白跨膜区 | 0.03091 | 继承的 |
52540,90123,52540 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 90123 -ABC转运蛋白跨膜区 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0.03091 | 继承的 |
56436,56436,49854 56436 -C型凝集素样 56436 -C型凝集素样 49854 -精粘连蛋白,CUB域 | 0.8076 | 继承的 |
在系统发育树上为超域(单个/单个)用这个表型术语注释
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将树绘制为:
| | 下载Newick格式树:
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(显示帮助)
树木依据树向量
使用蛋白质结构域和超结构域生成存在/缺失矩阵超级家族中的所有基因组。这个RAxML公司该软件用于生成一个单一的大型树状拓扑,使用启发式简约方法。基因组组合或特定分支可以显示为如果单独生产了树木。然而,该数据是从单个一棵大树。这会产生比生成树时更高质量的拓扑并允许树立即显示。
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