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表型本体
与基因本体论（GO）一样，表型本体论通过将单个术语视为节点及其与父项（允许多个父项）的关系视为有向边，将基因突变/空表型信息从顶部非常一般的术语分类并组织到有向无环图（DAG）中更具体的术语。要导航此层次结构，我们显示所有亲本表型项按与当前项的最短距离排序的当前感兴趣的表型项。也，仅直接儿童表型术语列出了当前表型术语的。我们纳入的表型本体如下：

• 疾病本体论
  DO通过DO术语到MeSH、ICD、NCI同义词库、SNOMED和OMIM的广泛交叉映射，在语义上整合了疾病和医学词汇。
  
• 人类表型（HP）本体（HP）
  HP捕获OMIM中描述的表型异常以及相应的致病基因。它包括三个互补的生物学概念：遗传模式（MI）、ONset_and_clinical_course（ON）和表型异常（PA）。
  
• 小鼠表型（MP）本体（MP）
  MP描述了特定基因被基因破坏后小鼠的表型。利用它，小鼠基因组信息学（MGI）为小鼠提供了高覆盖率的基因水平表型。
  
• 蠕虫表型本体
  WP对秀丽线虫和其他线虫的表型描述进行分类和组织。使用它，WormBase为秀丽线虫的表型注释提供了主要资源。
  
• 酵母表型本体
  酵母基因组数据库（SGD）基于YP，YP是子囊菌表型本体的主要贡献者，为酵母基因组中的每个基因提供单一突变表型。
  
• 苍蝇表型本体
  FP指FlyBase控制的词汇表。具体来说，FlyBase中的等位基因注释（针对其诱变剂等）使用结构化受控词汇。
  
• 蝇类解剖本体
  FA是黑腹果蝇解剖结构的结构化受控词汇，用于描述表型和基因表达的位置。
  
• 斑马鱼解剖学本体
  ZA使用标准解剖学术语和受影响的基因显示斑马鱼的解剖学术语。
  
• 爪蟾解剖学本体
  XA代表青蛙（非洲爪蟾和热带爪蟾）的组织谱系和发育时间。它用于注释非洲爪蟾的基因表达模式以及突变体和变形表型。
  
• 拟南芥植物本体（AP）
  作为描述植物解剖和形态结构（AN）以及生长发育阶段（DE）的植物本体的主要贡献者，拟南芥信息资源（TAIR）为模式高等植物拟南芥（Arabidopsis thaliana）提供了拟南芥子植物本体注释。
  
• 酶委员会本体论
  每个酶都有一个四位数的EC编号，前三位数定义了催化的反应，第四位数是唯一的标识符（序列号）。每种酶都有一个系统名称，唯一地定义了所催化的反应。
  
• DrugBank ATC（DB）本体（DB）
  在解剖治疗化学（ATC）分类系统中，药物根据作用的器官或系统（第一级，解剖主要组）及其治疗（第二级，治疗亚组）、药理（第三级，药理亚组）分为五个不同级别的组和化学性质（第4级，化学亚组；第5级，化学物质）。只考虑DrugBank中的药物。
  
• UniProtKB关键字（KW）本体
  UniProtKB中的关键字是受控词汇表，提供条目内容的摘要，并用于基于10个类别（此处不包括“技术术语”类别）索引UniProtKB/Swiss-Prot条目。每个关键字都手动归属于UniProtKB/Swiss-Prot条目，并自动归属于UniProtKB/TrEMBL条目（根据特定的注释规则）。
  
• UniProtKB UniPathway（UP）本体
  UP是一个完全手动管理的资源，用于表示和注释代谢途径，在UniProtKB中用作路径注释的受控词汇。
  

结构域表型本体及其注释
蛋白质结构分类（SCOP）将进化相关结构域分为超级家族水平和家庭级别。利用上述表型本体，我们生成了以域为中心的表型注释，并进一步确定了注释SCOP域信息最丰富的表型术语。令人欣慰的是，以域为中心的表型注释可以作为探索基因型-表型关系的另一个起点。我们为下载提供了几个相关文件，包括每个表型本体的注释和相应的本体。

• 结构域疾病本体（DO）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2DO.txt，以及相应的本体：SDDO.txt文件)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域人类表型（HP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2HP.txt，以及相应的本体：SDHP.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域小鼠表型（MP）本体（SDMP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2MP.txt，以及相应的本体：SDMP.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域蠕虫表型（WP）本体（SDWP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2WP.txt，以及相应的本体：SDWP.txt（软件开发包.txt）)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域酵母表型（YP）本体（SDYP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2YP.txt，以及相应的本体：SDYP.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域蝇表型（FP）本体（SDFP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2FP.txt，以及相应的本体：SDFP.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域苍蝇解剖学（FA）本体（SDFA）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域名2FA.txt，以及相应的本体：SDFA.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 斑马鱼结构域解剖学（ZA）本体（SDZA）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2ZA.txt，以及相应的本体：SDZA.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域爪蟾解剖学（XA）本体（SDXA）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域名2XA.txt，以及相应的本体：SDXA.txt（SDXA.text）)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域拟南芥植物本体（AP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2AP.txt，以及相应的本体：SDAP文本)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域酶委员会（EC）本体论（SDEC）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2EC.txt，以及相应的本体：SDEC文本)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域DrugBank ATC（DB）本体（SDDB）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2DB.txt，以及相应的本体：SDDB文本)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域UniProtKB关键字（KW）本体论（SDKW）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2KW.txt，以及相应的本体：SDKW.txt软件)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域UniProtKB UniPathway（UP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2UP.txt，以及相应的本体：SDUP.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  

超域表型本体及其注释
虽然以域为中心的注释在描述独立域的表型性质方面有很大的希望，但大多数域本身可能不只是单独工作。在多域蛋白质中，它们可以结合在一起形成不同的域结构。现有结构域的重组被认为是表型多样性的主要驱动力之一。作为扩展，我们还生成了超域表型本体及其注释。与以域为中心的表型本体论和注释（SCOP域超级家族水平和家庭级别），此版本仅关注超域和单个SCOP域超级家族级别。此外，就单个超家族而言，以域为中心版本的注释可能与超域版本的注释不同。根据您的关注点，前者应用于考虑超级家族水平和家庭级别，否则，如果您对域组合感兴趣，应使用后者。此外，我们还为下载提供了几个相关文件，包括每个表型本体的注释和相应的本体。

• 超域疾病本体（DO）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2DO.txt文件，以及相应的本体：SPDO.txt文件)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域人类表型（HP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2HP.txt格式，以及相应的本体：SPHO.txt文件)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域小鼠表型（MP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2MP.txt格式，以及相应的本体：SPMP.txt（SPMP文本）)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域域蠕虫表型（WP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2WP.txt格式，以及相应的本体：SPWP.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超结构域酵母表型（YP）本体（SPYP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2YP.txt格式，以及相应的本体：SPYP.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域蝇表型（FP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2FP.txt格式，以及相应的本体：SPFP.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域蝇类解剖本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2FA.txt文件，以及相应的本体：SPFA.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 斑马鱼超域解剖学（ZA）本体（SPZA）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2ZA.txt（SP2ZA.文本），以及相应的本体：SPZA.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域爪蟾解剖学（XA）本体（SPXA）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2XA.txt格式，以及相应的本体：SPXA.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域域拟南芥植物本体（AP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2AP.txt格式，以及相应的本体：SPAP.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域酶委员会（EC）本体论（SPEC）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2EC文本，以及相应的本体：规格.txt)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域DrugBank ATC（DB）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2DB.txt文件，以及相应的本体：SPDB.txt文件)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域域UniProtKB关键字（KW）本体（SPKW）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2KW.txt（SP2KW），以及相应的本体：SPKW.txt软件)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域域UniProtKB UniPathway（UP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2UP.txt格式，以及相应的本体：SPUP.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  

注释到此MP术语的超家族域(SDMP级别：信息)
以灰色突出显示的是FDR_all>0.001的那些

SCOP术语	FDR（全部）	注释（直接或继承）
周质结合蛋白样II	0.000000000001102	直接
类似SNF	0.0006325	直接
类SRF	0.0006877	直接
BAR/IMD域类	0.02139	继承自:兴奋性突触后电流振幅异常||兴奋性突触后电流振幅降低
PreATP-抓取域	0.02981	继承自:突触抑制增加||异常突触抑制
核黄素合酶域样	0.03923	继承自:长期增强减弱
铁氧还蛋白还原酶样，C末端NADP-连接域	0.03923	继承自:长期增强减弱
锌依赖性外肽酶	0.03937	继承自:异常预脉冲抑制||减少预脉冲抑制
补充控制模块/SCR域	0.05776	继承自:双相兴奋性突触后电流振幅||兴奋性突触后电流振幅降低||短兴奋性突触后电流上升时间
细胞质结合蛋白样I	0.1458	继承自:异常抑制性突触后电位||异常长期抑郁||谷氨酸介导的异常受体电流
谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样	0.1663	继承自:突触抑制增加
精粘连蛋白，CUB域	0.185	继承自:双相兴奋性突触后电流振幅||异常兴奋性突触后电流||兴奋性突触后电流振幅降低||短兴奋性突触后电流上升时间
SH3-域	0.3472	继承自:兴奋性突触后电流振幅降低
L27域	0.7404	继承自:异常兴奋性突触后电流
富含半胱氨酸结构域	0.7519	继承自:长期增强减弱
神经递质门控离子通道跨膜孔	0.7803	继承自:异常抑制性突触后电流||异常GABA介导的受体电流||烟碱介导的异常受体电流
烟碱受体配体结合域样	0.7803	继承自:异常抑制性突触后电流||异常GABA介导的受体电流||烟碱介导的异常受体电流
电压门控钾通道	1	继承自:AMPA介导的异常突触电流

注释到此MP术语的家族域(SDMP级别：信息)
以灰色突出显示的是FDR_all>0.001的那些

SCOP术语	FDR（全部）	注释（直接或继承）
突触蛋白C末端结构域	0	直接
突触蛋白域	0	直接
磷酸盐结合蛋白样	0.0000000000000589	直接
类SRF	0.0004634	直接
类似SNF	0.0004705	直接
Ephrin外结构域	0.0006249	直接
磷酸酪氨酸结合域（PTB）	0.01253	继承自:NMDA介导的异常突触电流
乙酰胆碱酯酶类	0.03213	继承自:异常抑制性突触后电流||兴奋性突触后电流振幅异常||异常兴奋性突触后电流||兴奋性突触后电流振幅降低||异常微抑制性突触后电流
BAR域	0.03301	继承自:兴奋性突触后电流振幅异常||突触抑制增加||兴奋性突触后电流振幅降低
补充控制模块/SCR域	0.05161	继承自:双相兴奋性突触后电流振幅||兴奋性突触后电流振幅降低||短兴奋性突触后电流上升时间
SAM（无菌α基序）结构域	0.1631	继承自:减少长期抑郁
L-阿拉伯糖结合蛋白样	0.1749	继承自:异常抑制性突触后电位||异常长期抑郁||NMDA介导的突触电流缺失||谷氨酸介导的异常受体电流
精粘连蛋白，CUB域	0.175	继承自:双相兴奋性突触后电流振幅||异常兴奋性突触后电流||兴奋性突触后电流振幅降低||短兴奋性突触后电流上升时间
SH3-域	0.3165	继承自:兴奋性突触后电流振幅降低
层粘连蛋白G样模块	0.5025	继承自:AMPA介导的异常突触电流||兴奋性突触后电流振幅异常||AMPA介导的突触电流减少||兴奋性突触后电流振幅降低||NMDA介导的异常突触电流||异常GABA介导的受体电流||NMDA介导的突触电流减少
吡哆醛依赖性脱羧酶	0.7117	继承自:异常抑制性突触后电流
YWTD域	0.7117	继承自:长期增强减弱
L27域	0.7117	继承自:异常兴奋性突触后电流
烟碱受体配体结合域样	0.758	继承自:异常抑制性突触后电流||异常GABA介导的受体电流||烟碱介导的异常受体电流
神经递质门控离子通道跨膜孔	0.758	继承自:异常抑制性突触后电流||异常GABA介导的受体电流||尼古丁介导的受体电流异常
蛋白激酶富含半胱氨酸结构域（cys2，佛波结合结构域）	0.7619	继承自:长期增强减弱

树木依据树向量

使用蛋白质域生成存在/缺失矩阵超级家族中所有基因组的结构数据。这个PAUP公司软件用于使用启发式简约方法。基因组组合或特定分支可以显示为如果有单株树的话。然而，该数据是从单个大树。这会产生比生成树时更高质量的拓扑并允许树立即显示。

注释到此MP术语的超域(不在SPMP中)
以灰色突出显示的是FDR>0.001的那些

超域（单个）	FDR（全部）	注释（直接或继承）
周质结合蛋白样II	0.0000000000004002	直接
类似SNF	0.0003373	直接
类SRF	0.0003674	直接
铜氧还蛋白类	0.01326	继承自:长期增强减弱
BAR/IMD域类	0.01411	继承自:兴奋性突触后电流振幅异常||兴奋性突触后电流振幅降低
PreATP-抓取域	0.02026	继承自:突触抑制增加||异常突触抑制
核黄素合酶域样	0.02716	继承自:长期增强减弱
铁氧还蛋白还原酶样，C末端NADP-连接域	0.02716	继承自:长期增强减弱
锌依赖性外肽酶	0.02726	继承自:异常预脉冲抑制||减少预脉冲抑制
补充控制模块/SCR域	0.0414	继承自:双相兴奋性突触后电流振幅||兴奋性突触后电流振幅降低||短兴奋性突触后电流上升时间
细胞质结合蛋白样I	0.115	继承自:异常长期抑郁||谷氨酸介导的异常受体电流||异常抑制性突触后电位
谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样	0.1329	继承自:突触抑制增加
精粘连蛋白，CUB域	0.1498	继承自:双相兴奋性突触后电流振幅||兴奋性突触后电流振幅降低||异常兴奋性突触后电流||短兴奋性突触后电流上升时间
伴刀豆球蛋白A样凝集素/葡聚糖酶	0.285	继承自:NMDA介导的异常突触电流||AMPA介导的突触电流减少
SH3-域	0.3019	继承自:兴奋性突触后电流振幅降低
α/β水解酶类	0.3596	继承自:兴奋性突触后电流振幅降低
PLP依赖性转移酶	0.7019	继承自:异常抑制性突触后电流
L27域	0.7019	继承自:异常兴奋性突触后电流
YWTD域	0.7019	继承自:长期增强减弱
富含半胱氨酸结构域	0.7138	继承自:长期增强减弱
神经递质门控离子通道跨膜孔	0.744	继承自:异常抑制性突触后电流||烟碱介导的异常受体电流||异常GABA介导的受体电流
烟碱受体配体结合域样	0.744	继承自:异常抑制性突触后电流||烟碱介导的异常受体电流||异常GABA介导的受体电流
核受体配体结合域	0.8887	继承自:无长期抑郁症
电压门控钾通道	1	继承自:AMPA介导的异常突触电流

注释到此MP术语的超域(不在SPMP中)
以灰色突出显示的是FDR>0.001的那些

N到C端子顺序的超域（双工）	FDR（全部）	注释（直接或继承）
50044,50156 50044 -SH3-域 50156 -PDZ域类	0	直接
50729,50156 50729 -PH类域 50156 -PDZ域类	0	直接
81324,53850 81324 -电压门控钾通道 53850 -周质结合蛋白样II	0	直接
53822,53850 53822 -细胞质结合蛋白样I 53850 -周质结合蛋白样II	0.000003549	直接
50156,50156 50156 -PDZ域类 50156 -PDZ域类	0.000349	直接
57535,49854 57535 -补充控制模块/SCR域 49854 -精粘连蛋白，CUB域	0.0003674	直接
49854,57535 49854 -精粘连蛋白，CUB域 57535 -补充控制模块/SCR域	0.005801	继承自:兴奋性突触后电流振幅异常||双相兴奋性突触后电流振幅||兴奋性突触后电流振幅降低||异常兴奋性突触后电流||短兴奋性突触后电流上升时间
49562,49562 49562 -C2结构域（钙/脂质结合结构域，CaLB） 49562 -C2结构域（钙/脂质结合结构域，CaLB）	0.01027	继承自:异常微兴奋性突触后电流
52440,56059 52440 -PreATP-抓取域 56059 -谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样	0.01425	继承自:突触抑制增加||异常突触抑制
49899,49899 49899 -伴刀豆球蛋白A样凝集素/葡聚糖酶 49899 -伴刀豆球蛋白A样凝集素/葡聚糖酶	0.01491	继承自:NMDA介导的突触电流减少||兴奋性突触后电流振幅异常||兴奋性突触后电流振幅降低||NMDA介导的异常突触电流||AMPA介导的异常突触电流||AMPA介导的突触电流减少||异常GABA介导的受体电流
57535,57535 57535 -补充控制模块/SCR域 57535 -补充控制模块/SCR域	0.09317	继承自:双相兴奋性突触后电流振幅||兴奋性突触后电流振幅降低||异常兴奋性突触后电流||短兴奋性突触后电流上升时间
101288,50156 101288 -L27域 50156 -PDZ域类	0.7019	继承自:异常兴奋性突触后电流
63712,90112 63712 -烟碱受体配体结合域样 90112 -神经递质门控离子通道跨膜孔	0.744	继承自:异常抑制性突触后电流||烟碱介导的异常受体电流||异常GABA介导的受体电流
57716,48508 57716 -糖皮质激素受体样（DNA-结合域） 48508 -核受体配体结合域	0.9502	继承自:无长期抑郁症

注释到此MP术语的超域(不在SPMP中)
以灰色突出显示的是FDR>0.001的那些

N到C端子顺序的超域（三重）	FDR（全部）	注释（直接或继承）
50729,50156,50156 50729 -PH类域 50156 -PDZ域类 50156 -PDZ域类	0	直接
57535,49854,57535 57535 -补充控制模块/SCR域 49854 -精粘连蛋白，CUB域 57535 -补充控制模块/SCR域	0.0003674	直接
49854,57535,49854 49854 -精粘连蛋白，CUB域 57535 -补充控制模块/SCR域 49854 -精粘连蛋白，CUB域	0.0003674	直接
49854,57535,57535 49854 -精粘连蛋白，CUB域 57535 -补充控制模块/SCR域 57535 -补充控制模块/SCR域	0.003095	继承自:兴奋性突触后电流振幅异常||双相兴奋性突触后电流振幅||兴奋性突触后电流振幅降低||异常兴奋性突触后电流||短兴奋性突触后电流上升时间
49899,49899,49899 49899 -伴刀豆球蛋白A样凝集素/葡聚糖酶 49899 -伴刀豆球蛋白A样凝集素/葡聚糖酶 49899 -伴刀豆球蛋白A样凝集素/葡聚糖酶	0.004882	继承自:谷氨酸介导的异常受体电流||NMDA介导的突触电流减少||兴奋性突触后电流振幅异常||兴奋性突触后电流振幅降低||NMDA介导的异常突触电流||异常突触抑制||AMPA介导的异常突触电流||AMPA介导的突触电流减少||异常GABA介导的受体电流
57535,57535,57535 57535 -补充控制模块/SCR域 57535 -补充控制模块/SCR域 57535 -补充控制模块/SCR域	0.104	继承自:兴奋性突触后电流振幅异常||双相兴奋性突触后电流振幅||兴奋性突触后电流振幅降低||短兴奋性突触后电流上升时间

树木依据树向量

使用蛋白质结构域和超结构域生成存在/缺失矩阵超级家族中的所有基因组。这个RAxML公司软件用于使用启发式简约方法。基因组组合或特定分支可以显示为如果有单株树的话。然而，该数据是从单个大树。这会产生比生成树时更高质量的拓扑并允许树立即显示。