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表型本体
与基因本体论（GO）一样，表型本体论通过将单个术语视为节点及其与父项（允许多个父项）的关系视为有向边，将基因突变/空表型信息从顶部非常一般的术语分类并组织到有向无环图（DAG）中更具体的术语。要导航此层次结构，我们显示所有亲本表型项按与当前项的最短距离排序的当前感兴趣的表型项。也，仅直接儿童表型术语列出了当前表型术语的。我们纳入的表型本体如下：

• 疾病本体（DO）
  DO通过DO术语到MeSH、ICD、NCI同义词库、SNOMED和OMIM的广泛交叉映射，在语义上整合了疾病和医学词汇。
  
• 人类表型（HP）本体（HP）
  HP捕获OMIM中描述的表型异常，以及相应的致病基因。它包括三个互补的生物学概念：遗传模式（MI）、ONset_and_clinical_course（ON）和表型异常（PA）。
  
• 小鼠表型（MP）本体（MP）
  MP描述了特定基因被基因破坏后小鼠的表型。利用它，小鼠基因组信息学（MGI）为小鼠提供了高覆盖率的基因水平表型。
  
• 蠕虫表型本体
  WP对秀丽线虫和其他线虫的表型描述进行分类和组织。使用它，WormBase为秀丽线虫的表型注释提供了主要资源。
  
• 酵母表型本体
  酵母基因组数据库（SGD）基于YP，YP是子囊菌表型本体的主要贡献者，为酵母基因组中的每个基因提供单一突变表型。
  
• 苍蝇表型本体
  FP指FlyBase控制的词汇表。具体来说，FlyBase中的等位基因注释（针对其诱变剂等）使用结构化受控词汇。
  
• 蝇类解剖本体
  FA是黑腹果蝇解剖结构的结构化受控词汇，用于描述表型和基因表达的位置。
  
• 斑马鱼解剖学本体
  ZA使用标准解剖学命名法显示斑马鱼的解剖学术语，以及受影响的基因。
  
• 爪蟾解剖学本体
  XA代表青蛙（非洲爪蟾和热带爪蟾）的组织谱系和发育时间。它用于注释爪蟾基因表达模式以及突变和变体表型。
  
• 拟南芥植物本体（AP）
  作为描述植物解剖和形态结构（AN）以及生长发育阶段（DE）的植物本体论的主要贡献者，拟南芥信息资源（TAIR）为模型高等植物拟南芥提供了拟南芥植物本体论注释。
  
• 酶委员会（EC）本体（EC）
  每个酶都有一个四位数的EC编号，前三位数定义了催化的反应，第四位数是唯一的标识符（序列号）。每种酶都有一个系统名称，唯一地定义了所催化的反应。
  
• DrugBank ATC（DB）本体（DB）
  在解剖治疗化学（ATC）分类系统中，药物根据其作用的器官或系统（第一级，解剖主要组）及其治疗（第二级，治疗亚组）、药理（第三级，药理亚组）分为五个不同级别的组和化学性质（第4级，化学亚组；第5级，化学物质）。只考虑DrugBank中的药物。
  
• UniProtKB关键字（KW）本体
  UniProtKB中的关键字是受控词汇表，提供条目内容的摘要，并用于基于10个类别（此处不包括“技术术语”类别）索引UniProtKB/Swiss-Prot条目。每个关键字都手动归属于UniProtKB/Swiss-Prot条目，并自动归属于UniProtKB/TrEMBL条目（根据特定的注释规则）。
  
• UniProtKB UniPathway（UP）本体
  UP是一个完全手动管理的资源，用于表示和注释代谢途径，在UniProtKB中用作路径注释的受控词汇。
  

结构域表型本体及其注释
蛋白质结构分类（SCOP）将进化相关域划分为超级家族水平和家庭级别。使用上述表型本体，我们生成了以结构域为中心的表型注释，并进一步确定了那些对SCOP结构域注释信息最多的表型术语。令人欣慰的是，以域为中心的表型注释可以作为探索基因型-表型关系的另一个起点。我们为下载提供了几个相关文件，包括每个表型本体的注释和相应的本体。

• 结构域疾病本体（DO）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2DO.txt，以及相应的本体：SDDO.txt文件)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域人类表型（HP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2HP.txt，以及相应的本体：SDHP.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域小鼠表型（MP）本体（SDMP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2MP.txt，以及相应的本体：SDMP.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域蠕虫表型（WP）本体（SDWP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域名2WP.txt，以及相应的本体：SDWP.txt（软件开发包.txt）)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域酵母表型（YP）本体（SDYP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2YP.txt，以及相应的本体：SDYP.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域蝇表型（FP）本体（SDFP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2FP.txt，以及相应的本体：SDFP.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域苍蝇解剖学（FA）本体（SDFA）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2FA.txt，以及相应的本体：SDFA.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 斑马鱼结构域解剖学（ZA）本体（SDZA）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2ZA.txt，以及相应的本体：SDZA.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域爪蟾解剖学（XA）本体（SDXA）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2XA.txt，以及相应的本体：SDXA.txt（SDXA.text）)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域拟南芥植物本体（AP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2AP.txt，以及相应的本体：SDAP文本)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域酶委员会（EC）本体论（SDEC）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2EC.txt，以及相应的本体：SDEC文本)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域DrugBank ATC（DB）本体（SDDB）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2DB.txt，以及相应的本体：SDDB文本)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域UniProtKB关键字（KW）本体（SDKW）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2KW.txt，以及相应的本体：SDKW.txt文件)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域UniProtKB UniPathway（UP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2UP.txt，以及相应的本体：SDUP.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  

超域表型本体及其注释
虽然以域为中心的注释在描述独立域的表型性质方面有很大的希望，但大多数域本身可能不只是单独工作。在多域蛋白质中，它们可以结合在一起形成不同的域结构。现有结构域的重组被认为是表型多样性的主要驱动力之一。作为扩展，我们还生成了超域表型本体及其注释。与以域为中心的表型本体论和注释（SCOP域超级家族水平和家庭级别），此版本仅关注超域和单个SCOP域超级家族级别。此外，就单个超家族而言，以域为中心版本的注释可能与超域版本的注释不同。根据您的关注点，前者应用于考虑超级家族水平和家庭级别，否则，如果您对域组合感兴趣，应使用后者。此外，我们还为下载提供了几个相关文件，包括每个表型本体的注释和相应的本体。

• 超域疾病本体（DO）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2DO.txt文件，以及相应的本体：SPDO.txt文件)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域人类表型（HP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2HP.txt格式，以及相应的本体：SPHO.txt文件)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域小鼠表型（MP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2MP.txt格式，以及相应的本体：SPMP.txt（SPMP文本）)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域域蠕虫表型（WP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2WP.txt格式，以及相应的本体：SPWP.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超结构域酵母表型（YP）本体（SPYP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2YP.txt格式，以及相应的本体：SPYP.txt文件)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域蝇表型（FP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2FP.txt格式，以及相应的本体：SPFP.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域蝇类解剖本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2FA.txt文件，以及相应的本体：SPFA.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 斑马鱼超域解剖学（ZA）本体（SPZA）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2ZA.txt（SP2ZA.文本），以及相应的本体：SPZA.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域爪蟾解剖学（XA）本体（SPXA）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2XA.txt文件，以及相应的本体：SPXA.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超结构域拟南芥植物本体论（AP）本体论（SPAP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2AP.txt格式，以及相应的本体：SPAP.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域酶委员会（EC）本体论（SPEC）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2EC文本，以及相应的本体：SPEC.txt文件)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域DrugBank ATC（DB）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2DB.txt文件，以及相应的本体：SPDB.txt文件)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域域UniProtKB关键字（KW）本体（SPKW）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2KW.txt（SP2KW），以及相应的本体：SPKW.txt软件)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域域UniProtKB UniPathway（UP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2UP.txt格式，以及相应的本体：SPUP.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  

HP术语注释的超级家族域(不在SDHP中)
以灰色突出显示的是FDR_all>0.001的那些

SCOP术语	FDR（全部）	注释（直接或继承）
FAD/NAD相关还原酶，二聚（C末端）结构域	0	直接
2-氧代酸脱氢酶复合物的外周亚单位结合域	0	直接
Plakin重复	0	直接
Smc铰链域	0	直接
纤维蛋白原线圈和中央区域	0	直接
载脂蛋白A-I	0	直接
MHC抗原识别域	0.00638	继承自:水肿
转录因子STAT-4 N域	0.007751	继承自:发烧
斯达	0.007751	继承自:发烧
ClpP/巴豆酶	0.01429	继承自:酸中毒||酸碱平衡异常
Ras全球环境基金	0.01893	继承自:流体调节异常||水肿
类硫醇	0.01893	继承自:血糖浓度异常||低血糖
HD-域/PD-Ease类	0.02815	继承自:葡萄糖稳态异常||葡萄糖不耐受||糖尿病
PreATP-抓取域	0.02815	继承自:酸碱平衡异常
GAF域类	0.04394	继承自:糖尿病
萜类合酶	0.04394	继承自:酸中毒||酸碱平衡异常||血清乳酸增加
初级单杂交母题	0.04394	继承自:血糖浓度异常||酸中毒||酸碱平衡异常||低血糖
类胰岛素	0.04394	继承自:血糖浓度异常||低血糖
谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样	0.04812	继承自:酸碱平衡异常
核糖核酸酶H样	0.06162	继承自:葡萄糖不耐受
I类氨酰-tRNA合成酶亚类的反密码子结合域	0.08363	继承自:酸中毒||酸碱平衡异常
翻译蛋白	0.1068	继承自:血清乳酸增加
Ⅱ类aaRS和生物素合成酶	0.1218	继承自:酸碱平衡异常
4-螺旋细胞因子	0.1228	继承自:胸腔积液
酰基辅酶A脱氢酶C末端结构域样	0.1266	继承自:血糖浓度异常||酸中毒||低血糖||体温过低
酰基辅酶A脱氢酶NM结构域样	0.1266	继承自:血糖浓度异常||酸中毒||低血糖||体温过低
二磷酸硫胺素结合褶皱（THDP-结合）	0.1594	继承自:酸中毒||酸碱平衡异常||乳酸中毒
线粒体载体	0.191	继承自:乳酸中毒
SH2域	0.1925	继承自:发烧
SUPERFAMILY中的SCOP层次结构	0.2012	继承自:黄斑水肿
核苷酸酰转移酶	0.2128	继承自:酸中毒||酸碱平衡异常
腺嘌呤核苷酸α水解酶类	0.2166	继承自:酸碱平衡异常
死亡域	0.2336	继承自:温度调节异常
单杂交图案	0.2692	继承自:血糖浓度异常||酸中毒||酸碱平衡异常||低血糖
类似RNI	0.2931	继承自:发烧
4Fe-4S铁氧还蛋白	0.2953	继承自:血糖浓度异常||酸中毒||酸碱平衡异常||低血糖
纤维蛋白原C末端域样	0.2963	继承自:关节肿胀
补充控制模块/SCR域	0.5064	继承自:全身性水肿
电压门控钾通道	0.5711	继承自:代谢性碱中毒
E集合域	0.5927	继承自:代谢性碱中毒
N-末端亲核氨基水解酶（Ntn水解酶）	0.7143	继承自:复发性发热
胰蛋白酶样丝氨酸蛋白酶	0.721	继承自:I型糖尿病
神经递质门控离子通道跨膜孔	0.8158	继承自:恶性高热
烟碱受体配体结合域样	0.8158	继承自:恶性高热

此HP术语注释的家族域(SDHP等级：信息量适中)
以灰色突出显示的是FDR_all>0.001的那些

SCOP术语	FDR（全部）	注释（直接或继承）
蛋白酶体亚单位	0	直接
淀粉酶，催化结构域	0	直接
α-淀粉酶，C末端β-片结构域	0	直接
载脂蛋白A-I	0	直接
中链酰基辅酶A脱氢酶类，C末端结构域	0	直接
Smc铰链域	0	直接
中链酰基辅酶A脱氢酶，NM（N末端和中间）结构域	0	直接
长链细胞因子	0	直接
Plakin重复	0	直接
HCDH C-结构域样	0	直接
FAD/NAD相关还原酶，二聚（C末端）结构域	0	直接
纤维蛋白原线圈和中央区域	0	直接
IF2B类	0	直接
MHC抗原识别域	0.004863	继承自:水肿
BC N端域状	0.0057	继承自:酸碱平衡异常||低血糖
转录因子STAT-4 N域	0.0057	继承自:发烧
STAT DNA-结合域	0.0057	继承自:发烧
斯达	0.0057	继承自:发烧
BC ATP绑定域类	0.0057	继承自:酸碱平衡异常||低血糖
Ras全球环境基金	0.01448	继承自:流体调节异常||水肿
PYR域	0.01448	继承自:温度调节异常||发烧
类胰岛素	0.03535	继承自:血糖浓度异常||低血糖
GAF域	0.03535	继承自:葡萄糖不耐受||糖尿病
BC C端子域状	0.03535	继承自:血糖浓度异常||酸中毒||酸碱平衡异常||低血糖
低氧诱导因子Hif2a，C末端结构域	0.03535	继承自:葡萄糖不耐受
类似Crotonase	0.04462	继承自:酸中毒||酸碱平衡异常
PDEase（PDEase）	0.04598	继承自:葡萄糖不耐受||糖尿病
I类氨酰-tRNA合成酶（RS），催化结构域	0.07358	继承自:酸中毒||酸碱平衡异常
半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶招募域	0.09204	继承自:发烧
28-剩余LRR	0.09923	继承自:发烧
I类氨酰-tRNA合成酶亚类的反密码子结合域	0.1263	继承自:酸中毒||酸碱平衡异常
内向整流钾通道的细胞质结构域	0.1381	继承自:代谢性碱中毒||碱中毒
G蛋白	0.1617	继承自:淋巴水肿
线粒体载体	0.1712	继承自:乳酸中毒
SH2域	0.1762	继承自:发烧
Ras-binding域，RBD	0.1918	继承自:水肿
生物素/脂酰载体蛋白质和结构域	0.2437	继承自:血糖浓度异常||酸中毒||酸碱平衡异常||低血糖
支链α-酮酸脱氢酶Pyr模块	0.2657	继承自:酸中毒||酸碱平衡异常||乳酸中毒
支链α-酮酸脱氢酶PP模块	0.2657	继承自:酸中毒||酸碱平衡异常||乳酸中毒
纤维蛋白原C末端域样	0.2766	继承自:关节肿胀
II类氨酰-tRNA合成酶（aaRS）样催化结构域	0.3193	继承自:酸碱平衡异常||血清乳酸增加
补充控制模块/SCR域	0.4821	继承自:全身性水肿
磷酸酪氨酸结合域（PTB）	0.505	继承自:胰岛素抵抗
真核蛋白酶	0.6383	继承自:I型糖尿病
神经递质门控离子通道跨膜孔	0.8113	继承自:恶性高热
烟碱受体配体结合域样	0.8113	继承自:恶性高热
电压门控钾通道	0.8374	继承自:代谢性碱中毒

树木依据树向量

使用蛋白质域生成存在/缺失矩阵超级家族中所有基因组的结构数据。这个PAUP公司软件用于使用启发式简约方法。基因组组合或特定分支可以显示为如果有单株树的话。然而，该数据是从单个大树。这会产生比生成树时更高质量的拓扑并允许树立即显示。

此HP术语注释的超级域(SPHO水平：信息量适中)
以灰色突出显示的是FDR>0.001的那些

超域（单个）	FDR（全部）	注释（直接或继承）
FAD/NAD相关还原酶，二聚（C末端）结构域	0	直接
Smc铰链域	0	直接
纤维蛋白原线圈和中央区域	0	直接
Plakin重复	0	直接
载脂蛋白A-I	0	直接
2-氧代酸脱氢酶复合物的外周亚单位结合域	0	直接
MHC抗原识别域	0.003962	继承自:水肿
转录因子STAT-4 N域	0.004896	继承自:发烧
斯达	0.004896	继承自:发烧
ClpP/巴豆酶	0.00946	继承自:酸碱平衡异常||酸中毒
Ras全球环境基金	0.01277	继承自:流体调节异常||水肿
类硫醇	0.01277	继承自:低血糖||血糖浓度异常
PreATP-抓取域	0.01966	继承自:酸碱平衡异常
HD-域/PD-Ease类	0.01966	继承自:葡萄糖稳态异常||糖尿病||葡萄糖不耐受
类胰岛素	0.03188	继承自:低血糖||血糖浓度异常
萜类合酶	0.03188	继承自:酸碱平衡异常||酸中毒||血清乳酸增加
GAF域类	0.03188	继承自:糖尿病||葡萄糖不耐受
初级单杂交母题	0.03188	继承自:低血糖||血糖浓度异常||酸碱平衡异常||酸中毒
谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样	0.03526	继承自:酸碱平衡异常
核糖核酸酶H样	0.04636	继承自:葡萄糖不耐受
I类氨酰-tRNA合成酶亚类的反密码子结合域	0.06465	继承自:酸碱平衡异常||酸中毒
翻译蛋白	0.08415	继承自:血清乳酸增加
Ⅱ类aaRS和生物素合成酶	0.09725	继承自:酸碱平衡异常
4-螺旋细胞因子	0.09813	继承自:胸腔积液
酰基辅酶A脱氢酶NM结构域样	0.1016	继承自:低血糖||血糖浓度异常||酸中毒||体温过低
酰基辅酶A脱氢酶C-末端结构域样	0.1016	继承自:低血糖||血糖浓度异常||酸中毒||体温过低
二磷酸硫胺素结合褶皱（THDP-结合）	0.1306	继承自:酸碱平衡异常||酸中毒||乳酸中毒
线粒体载体	0.1591	继承自:乳酸中毒
SH2域	0.1604	继承自:发烧
核苷酸酰转移酶	0.1791	继承自:酸碱平衡异常||酸中毒
腺嘌呤核苷酸α水解酶类	0.1825	继承自:酸碱平衡异常
死亡域	0.1981	继承自:温度调节异常
单杂交图案	0.2312	继承自:低血糖||血糖浓度异常||酸碱平衡异常||酸中毒
类似RNI	0.2535	继承自:发烧
4Fe-4S铁氧还蛋白	0.2556	继承自:低血糖||血糖浓度异常||酸碱平衡异常||酸中毒
纤维蛋白原C末端域样	0.2566	继承自:关节肿胀
补充控制模块/SCR域	0.4621	继承自:全身性水肿
电压门控钾通道	0.5281	继承自:代谢性碱中毒||碱中毒
E集合域	0.5499	继承自:代谢性碱中毒
类家畜	0.6684	继承自:年轻人的成熟型糖尿病
N-末端亲核氨基水解酶（Ntn水解酶）	0.6757	继承自:复发性发热
胰蛋白酶样丝氨酸蛋白酶	0.6826	继承自:I型糖尿病
烟碱受体配体结合域样	0.7813	继承自:恶性高热
神经递质门控离子通道跨膜孔	0.7813	继承自:恶性高热

此HP术语注释的超级域(SPHO水平：信息量适中)
以灰色突出显示的是FDR>0.001的那些

N到C端子顺序的超域（双工）	FDR（全部）	注释（直接或继承）
75399,75399 75399 -Plakin重复 75399 -Plakin重复	0	直接
47005,52777 47005 -2-氧代酸脱氢酶复合物的外周亚单位结合域 52777 -辅酶A依赖性酰基转移酶	0	直接
103473,100895 103473 -MFS通用底物运输器 100895 -Kazal型丝氨酸蛋白酶抑制剂	0	直接
52096,52096 52096 -ClpP/巴豆酶 52096 -ClpP/巴豆酶	0	直接
51230,47005 51230 -单杂交图案 47005 -2-氧代酸脱氢酶复合物的外周亚单位结合域	0	直接
51905,55424 51905 -FAD/NAD（P）-结合域 55424 -FAD/NAD连接的还原酶，二聚（C-末端）结构域	0	直接
52374,47323 52374 -核苷酸酰转移酶 47323 -I类氨酰-tRNA合成酶亚类的反密码子结合域	0.001784	继承自:酸碱平衡异常||酸中毒
54452,48726 54452 -MHC抗原识别域 48726 -免疫球蛋白	0.003962	继承自:水肿
47655,49417 47655 -斯达 49417 -p53样转录因子	0.004896	继承自:发烧
49417,55550 49417 -p53类转录因子 55550 -SH2域	0.004896	继承自:发烧
48092,47655 48092 -转录因子STAT-4 N域 47655 -斯达	0.004896	继承自:发烧
53901,53901 53901 -硫解酶样 53901 -类硫醇	0.01277	继承自:低血糖||血糖浓度异常
47986,52540 47986 -死亡域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶	0.01277	继承自:温度调节异常||发烧
55781,109604 55781个-GAF域类 109604 -HD-域/PD-Ease类	0.03188	继承自:糖尿病||葡萄糖不耐受
47459,55785 47459 -HLH，螺旋-环-螺旋DNA-结合域 55785 -类PYP传感器域（PAS域）	0.03188	继承自:葡萄糖不耐受
56059,51246 56059 -谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样 51246 -初级单杂交母题	0.03188	继承自:低血糖||血糖浓度异常||酸碱平衡异常||酸中毒
55781,55781 55781 -GAF域类 55781 -GAF域类	0.03188	继承自:糖尿病||葡萄糖不耐受
52440,56059 52440个-PreATP-抓取域 56059 -谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样	0.0404	继承自:酸碱平衡异常
56645,47203 56645 -酰基辅酶A脱氢酶NM结构域样 47203 -酰基辅酶A脱氢酶C末端结构域样	0.1016	继承自:低血糖||血糖浓度异常||酸中毒||体温过低
81324,81296 81324 -电压门控钾通道 81296 -E集域	0.1306	继承自:代谢性碱中毒||碱中毒
57535,57535 57535 -补充控制模块/SCR域 57535 -互补控制模块/SCR域	0.3166	继承自:全身性水肿
63712,90112 63712 -烟碱受体配体结合域样 90112 -神经递质门控离子通道跨膜孔	0.7813	继承自:恶性高热

此HP术语注释的超级域(SPHO水平：信息量适中)
以灰色突出显示的是FDR>0.001的那些

N到C端子顺序的超域（三重）	FDR（全部）	注释（直接或继承）
51230,47005,52777 51230个-单杂交图案 47005 -2-氧代酸脱氢酶复合物的外周亚单位结合域 52777 -辅酶A依赖性酰基转移酶	0	直接
48092,47655,49417 48092 -转录因子STAT-4 N域 47655个-斯达 49417 -p53类转录因子	0.004896	继承自:发烧
47655,49417,55550 47655 -斯达 49417 -p53类转录因子 55550 -SH2域	0.004896	继承自:发烧
52440,56059,51246 52440 -PreATP抓取域 56059 -谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样 51246 -初级单杂交母题	0.03188	继承自:低血糖||血糖浓度异常||酸碱平衡异常||酸中毒
55781,55781,109604 55781 -GAF域类 55781 -GAF域类 109604 -HD-域/PD-Ease类	0.03188	继承自:糖尿病||葡萄糖不耐受
57196,57184,57196 57196 -EGF/层粘连蛋白 57184 -生长因子受体结构域 57196 -EGF/层粘连蛋白	0.1825	继承自:II型糖尿病
57184,57196,57196 57184 -生长因子受体结构域 57196 -EGF/层粘连蛋白 57196 -EGF/层粘连蛋白	0.3855	继承自:II型糖尿病
57535,57535,57535 57535 -补充控制模块/SCR域 57535 -互补控制模块/SCR域 57535 -补充控制模块/SCR域	0.4756	继承自:全身性水肿

树木依据树向量

使用蛋白质结构域和超结构域生成存在/缺失矩阵超级家族中的所有基因组。这个RAxML公司软件用于使用启发式简约方法。基因组组合或特定分支可以显示为如果有单株树的话。然而，该数据是从单个大树。这会产生比生成树时更高质量的拓扑并允许树立即显示。