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表型本体
与基因本体论（GO）一样，表型本体论通过将单个术语视为节点及其与父项（允许多个父项）的关系视为有向边，将基因突变/空表型信息从顶部非常一般的术语分类并组织到有向无环图（DAG）中更具体的术语。要导航此层次结构，我们显示所有亲本表型项按与当前项的最短距离排序的当前感兴趣的表型项。也，仅直接儿童表型术语列出了当前表型术语的。我们纳入的表型本体如下：

• 疾病本体（DO）
  DO通过DO术语到MeSH、ICD、NCI同义词库、SNOMED和OMIM的广泛交叉映射，在语义上整合了疾病和医学词汇。
  
• 人类表型（HP）本体（HP）
  HP捕获OMIM中描述的表型异常，以及相应的致病基因。它包括三个互补的生物学概念：遗传模式（MI）、ONset_and_clinical_course（ON）和表型异常（PA）。
  
• 小鼠表型（MP）本体（MP）
  MP描述了特定基因被基因破坏后小鼠的表型。利用它，小鼠基因组信息学（MGI）为小鼠提供了高覆盖率的基因水平表型。
  
• 蠕虫表型本体
  WP对秀丽线虫和其他线虫的表型描述进行分类和组织。使用它，WormBase为秀丽线虫的表型注释提供了主要资源。
  
• 酵母表型本体
  酵母基因组数据库（SGD）基于YP，YP是子囊菌表型本体的主要贡献者，为酵母基因组中的每个基因提供单一突变表型。
  
• 苍蝇表型本体
  FP指FlyBase控制的词汇表。具体来说，FlyBase中的等位基因注释（针对其诱变剂等）使用结构化受控词汇。
  
• 蝇类解剖本体
  FA是黑腹果蝇解剖结构的结构化受控词汇，用于描述表型和基因表达的位置。
  
• 斑马鱼解剖学本体
  ZA使用标准解剖学命名法显示斑马鱼的解剖学术语，以及受影响的基因。
  
• 爪蟾解剖学本体
  XA代表青蛙（非洲爪蟾和热带爪蟾）的组织谱系和发育时间。它用于注释爪蟾基因表达模式以及突变和变体表型。
  
• 拟南芥植物本体（AP）
  作为描述植物解剖和形态结构（AN）以及生长发育阶段（DE）的植物本体论的主要贡献者，拟南芥信息资源（TAIR）为模型高等植物拟南芥提供了拟南芥植物本体论注释。
  
• 酶委员会（EC）本体（EC）
  每个酶都有一个四位数的EC编号，前三位数定义了催化的反应，第四位数是唯一的标识符（序列号）。每种酶都有一个系统名称，唯一地定义了所催化的反应。
  
• DrugBank ATC（DB）本体（DB）
  在解剖治疗化学（ATC）分类系统中，药物根据其作用的器官或系统（第一级，解剖主要组）及其治疗（第二级，治疗亚组）、药理（第三级，药理亚组）分为五个不同级别的组和化学性质（第4级，化学亚组；第5级，化学物质）。只考虑DrugBank中的药物。
  
• UniProtKB关键字（KW）本体
  UniProtKB中的关键字是受控词汇表，提供条目内容的摘要，并用于基于10个类别（此处不包括“技术术语”类别）索引UniProtKB/Swiss-Prot条目。每个关键字都手动归属于UniProtKB/Swiss-Prot条目，并自动归属于UniProtKB/TrEMBL条目（根据特定的注释规则）。
  
• UniProtKB UniPathway（UP）本体
  UP是一个完全手动管理的资源，用于表示和注释代谢途径，在UniProtKB中用作路径注释的受控词汇。
  

结构域表型本体及其注释
蛋白质结构分类（SCOP）将进化相关域划分为超级家族水平和家庭级别。使用上述表型本体，我们生成了以结构域为中心的表型注释，并进一步确定了那些对SCOP结构域注释信息最多的表型术语。令人欣慰的是，以域为中心的表型注释可以作为探索基因型-表型关系的另一个起点。我们为下载提供了几个相关文件，包括每个表型本体的注释和相应的本体。

• 结构域疾病本体（DO）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2DO.txt，以及相应的本体：SDDO.txt文件)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域人类表型（HP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2HP.txt，以及相应的本体：SDHP.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域小鼠表型（MP）本体（SDMP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2MP.txt，以及相应的本体：SDMP.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域蠕虫表型（WP）本体（SDWP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域名2WP.txt，以及相应的本体：SDWP.txt（软件开发包.txt）)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域酵母表型（YP）本体（SDYP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2YP.txt，以及相应的本体：SDYP.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域蝇表型（FP）本体（SDFP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2FP.txt，以及相应的本体：SDFP.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域苍蝇解剖学（FA）本体（SDFA）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2FA.txt，以及相应的本体：SDFA.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 斑马鱼结构域解剖学（ZA）本体（SDZA）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2ZA.txt，以及相应的本体：SDZA.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域爪蟾解剖学（XA）本体（SDXA）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2XA.txt，以及相应的本体：SDXA.txt（SDXA.text）)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域拟南芥植物本体（AP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2AP.txt，以及相应的本体：SDAP文本)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域酶委员会（EC）本体论（SDEC）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2EC.txt，以及相应的本体：SDEC文本)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域DrugBank ATC（DB）本体（SDDB）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2DB.txt，以及相应的本体：SDDB文本)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域UniProtKB关键字（KW）本体（SDKW）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2KW.txt，以及相应的本体：SDKW.txt文件)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域UniProtKB UniPathway（UP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2UP.txt，以及相应的本体：SDUP.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  

超域表型本体及其注释
虽然以域为中心的注释在描述独立域的表型性质方面有很大的希望，但大多数域本身可能不只是单独工作。在多域蛋白质中，它们可以结合在一起形成不同的域结构。现有结构域的重组被认为是表型多样性的主要驱动力之一。作为扩展，我们还生成了超域表型本体及其注释。与以域为中心的表型本体论和注释（SCOP域超级家族水平和家庭级别），此版本仅关注超域和单个SCOP域超级家族级别。此外，就单个超家族而言，以域为中心版本的注释可能与超域版本的注释不同。根据您的关注点，前者应用于考虑超级家族水平和家庭级别，否则，如果您对域组合感兴趣，应使用后者。此外，我们还为下载提供了几个相关文件，包括每个表型本体的注释和相应的本体。

• 超域疾病本体（DO）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2DO.txt文件，以及相应的本体：SPDO.txt文件)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域人类表型（HP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2HP.txt格式，以及相应的本体：SPHO.txt文件)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域小鼠表型（MP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2MP.txt格式，以及相应的本体：SPMP.txt（SPMP文本）)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域域蠕虫表型（WP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2WP.txt格式，以及相应的本体：SPWP.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超结构域酵母表型（YP）本体（SPYP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2YP.txt格式，以及相应的本体：SPYP.txt文件)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域蝇表型（FP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2FP.txt格式，以及相应的本体：SPFP.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域蝇类解剖本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2FA.txt文件，以及相应的本体：SPFA.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 斑马鱼超域解剖学（ZA）本体（SPZA）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2ZA.txt（SP2ZA.文本），以及相应的本体：SPZA.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域爪蟾解剖学（XA）本体（SPXA）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2XA.txt文件，以及相应的本体：SPXA.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超结构域拟南芥植物本体论（AP）本体论（SPAP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2AP.txt格式，以及相应的本体：SPAP.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域酶委员会（EC）本体论（SPEC）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2EC文本，以及相应的本体：SPEC.txt文件)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域DrugBank ATC（DB）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2DB.txt文件，以及相应的本体：SPDB.txt文件)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域域UniProtKB关键字（KW）本体（SPKW）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2KW.txt（SP2KW），以及相应的本体：SPKW.txt软件)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域域UniProtKB UniPathway（UP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2UP.txt格式，以及相应的本体：SPUP.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  

本EC术语注释的超家族域(SDEC级别：信息)
以灰色突出显示的是FDR_all>0.001的那些

SCOP术语	FDR（全部）	注释（直接或继承）
腺嘌呤核苷酸α水解酶类	0	直接
精氨酸琥珀酸合成酶，C末端结构域	0	直接
烟酸/喹啉酸PRTase N末端结构域样	0	直接
初级单杂交母题	0	直接
含P-loop的三磷酸核苷水解酶	0	直接
转录抑制因子的C末端结构域	0	直接
烟酸/喹啉酸PRTase C末端结构域样	0	直接
类MesJ基底识别域	0	直接
PheT/TilS域	0	直接
单杂交图案	0.00000000001264	直接
PH0987 N-末端类结构域	0.000002184	直接
类谷氨酰胺酰胺转移酶	0.002163	继承自:CTP合成酶（谷氨酰胺水解）
SUPERFAMILY中的SCOP层次结构	0.02943	继承自:CTP合成酶（谷氨酰胺水解）
亲环素样	0.8256	继承自:尿素羧化酶
核酸结合蛋白	1	继承自:tRNA（Ile）（2）-胍基胞苷合成酶
“翼螺旋”DNA-结合域	1	继承自:生物素--[生物素羧基载体蛋白]连接酶
甲基乙二醛合酶样	1	继承自:氨酰磷酸合成酶（氨）
氨甲酰磷酸合成酶，大亚基连接域	1	继承自:氨酰磷酸合成酶（氨）
ClpP/巴豆酶	1	继承自:生物素羧化酶
氨甲酰磷酸合成酶，小亚基N末端结构域	1	继承自:氨酰磷酸合成酶（氨）
氨基酸脱氢酶样，N-末端结构域	1	继承自:甲酸盐--四氢叶酸连接酶
类肌动蛋白ATP酶结构域	1	继承自:生物素--[生物素羧基载体蛋白]连接酶
Ⅱ类aaRS和生物素合成酶	1	继承自:生物素——[甲基巴豆酰辅酶A羧化酶]连接酶||生物素——[甲基丙二酰-CoA-羧基转移酶]连接酶||生物素——[丙酰辅酶A羧化酶（ATP水解）]连接酶||生物素--[生物素羧基载体蛋白]连接酶
PurM C端域样	1	继承自:磷酸核糖胺——甘氨酸连接酶
PreATP-抓取域	1	继承自:氨酰磷酸合成酶（氨）||尿素羧化酶||5-（羧基氨基）咪唑核糖核苷酸合酶||磷酸核糖胺——甘氨酸连接酶||生物素羧化酶||甲酸盐——磷酸核糖基氨基咪唑甲酰胺连接酶
甲酰转移酶	1	继承自:磷酸核糖胺——甘氨酸连接酶
PurM N末端类域	1	继承自:磷酸核糖胺——甘氨酸连接酶
谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样	1	继承自:氨酰磷酸合成酶（氨）||尿素羧化酶||5-（羧基氨基）咪唑核糖核苷酸合酶||磷酸核糖胺——甘氨酸连接酶||生物素羧化酶||甲酸盐——磷酸核糖基氨基咪唑甲酰胺连接酶

本EC术语注释的家族域(不在SDEC中)
以灰色突出显示的是FDR_all>0.001的那些

SCOP术语	FDR（全部）	注释（直接或继承）
PP-顶ATP酶	0	直接
N型ATP焦磷酸酶	0	直接
烟酸单体磷酸核糖转移酶N-末端结构域样	0	直接
NadC N端类域	0	直接
BC C端子域状	0	直接
PurP ATP结合结构域样	0	直接
烟酸单体磷酸核糖转移酶C末端结构域	0	直接
类MesJ基底识别域	0	直接
精氨酸琥珀酸合成酶，C末端结构域	0	直接
固氮酶铁蛋白样	0	直接
NadC C终端域类	0	直接
生物素全酶合成酶	0	直接
tRNA-Ile-lysidine合成酶，TilS，C末端结构域	0	直接
PurP N端类域	0	直接
生物素阻遏物（BirA）	0	直接
生物素/脂酰载体蛋白质和结构域	0.00000000003132	直接
PH0987 N-末端类结构域	0.000000823	直接
PH0987 C端子domain-like	0.000002401	直接
I类谷氨酰胺酰胺转移酶（GAT）	0.0001674	直接
BC ATP绑定域类	0.0003695	直接
BC N末端域状	0.0008431	直接
脱氧胞苷脱氨酶样	0.01212	继承自:tRNA（Ile）-赖氨酸合成酶
四氢叶酸脱氢酶/环水解酶	0.4595	继承自:甲酸盐--四氢叶酸连接酶
生物素依赖性羧化酶羧基转移酶结构域	0.7018	继承自:生物素羧化酶
类同轴电缆	0.9019	继承自:生物素--[生物素羧基载体蛋白]连接酶
氨甲酰磷酸合成酶，大亚基连接域	1	继承自:氨酰磷酸合成酶（氨）
PurM N末端类域	1	继承自:磷酸核糖胺——甘氨酸连接酶
氨甲酰磷酸合成酶，小亚基N末端结构域	1	继承自:氨酰磷酸合成酶（氨）
PurM C端域样	1	继承自:磷酸核糖胺——甘氨酸连接酶
类氨基酸脱氢酶，C末端结构域	1	继承自:甲酸盐--四氢叶酸连接酶
甲酰转移酶	1	继承自:磷酸核糖胺——甘氨酸连接酶

树木依据树向量

使用蛋白质域生成存在/缺失矩阵超级家族中所有基因组的结构数据。这个PAUP公司软件用于使用启发式简约方法。基因组组合或特定分支可以显示为如果有单株树的话。然而，该数据是从单个大树。这会产生比生成树时更高质量的拓扑并允许树立即显示。

本EC术语注释的超域(SPEC级别：信息)
以灰色突出显示的是FDR>0.001的那些

超域（单个）	FDR（全部）	注释（直接或继承）
腺嘌呤核苷酸α水解酶类	0	直接
精氨酸琥珀酸合成酶，C末端结构域	0	直接
PheT/TilS域	0	直接
初级单杂交母题	0	直接
转录抑制因子的C末端结构域	0	直接
烟酸/喹啉酸PRTase C末端结构域样	0	直接
含P-loop的三磷酸核苷水解酶	0	直接
类MesJ基底识别域	0	直接
烟酸/喹啉酸PRTase N末端结构域样	0	直接
单杂交图案	0.000000000009154	直接
PH0987 N-末端类结构域	0.000001713	直接
类谷氨酰胺酰胺转移酶	0.0018	继承自:CTP合成酶（谷氨酰胺水解）
亲环素样	0.7604	继承自:尿素羧化酶
甲酰转移酶	0.9552	继承自:磷酸核糖胺——甘氨酸连接酶
“翼螺旋”DNA-结合域	1	继承自:生物素--[生物素羧基载体蛋白]连接酶
甲基乙二醛合酶样	1	继承自:氨酰磷酸合成酶（氨）
PreATP-抓取域	1	继承自:5-（羧基氨基）咪唑核糖核苷酸合酶||生物素羧化酶||尿素羧化酶||甲酸盐——磷酸核糖基氨基咪唑甲酰胺连接酶||磷酸核糖胺——甘氨酸连接酶||氨酰磷酸合成酶（氨）
ClpP/巴豆酶	1	继承自:生物素羧化酶
谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样	1	继承自:5-（羧基氨基）咪唑核糖核苷酸合酶||生物素羧化酶||尿素羧化酶||甲酸盐——磷酸核糖基氨基咪唑甲酰胺连接酶||磷酸核糖胺——甘氨酸连接酶||氨酰磷酸合成酶（氨）
氨甲酰磷酸合成酶，大亚基连接域	1	继承自:氨酰磷酸合成酶（氨）
类肌动蛋白ATP酶结构域	1	继承自:生物素--[生物素羧基载体蛋白]连接酶
PurM C端域样	1	继承自:磷酸核糖胺——甘氨酸连接酶
Ⅱ类aaRS和生物素合成酶	1	继承自:生物素——[甲基丙二酰-CoA-羧基转移酶]连接酶||生物素--[生物素羧基载体蛋白]连接酶||生物素——[甲基巴豆酰辅酶A羧化酶]连接酶||生物素——[丙酰辅酶A羧化酶（ATP水解）]连接酶
PurM N末端类域	1	继承自:磷酸核糖胺——甘氨酸连接酶
核酸结合蛋白	1	继承自:tRNA（Ile）（2）-胍基胞苷合成酶
氨甲酰磷酸合成酶，小亚基N末端结构域	1	继承自:氨酰磷酸合成酶（氨）
氨基酸脱氢酶样，N-末端结构域	1	继承自:甲酸盐--四氢叶酸连接酶

本EC术语注释的超域(SPEC级别：信息)
以灰色突出显示的是FDR>0.001的那些

N到C端子顺序的超域（双工）	FDR（全部）	注释（直接或继承）
52402,69864 52402 -腺嘌呤核苷酸α水解酶类 69864 -精氨酸琥珀酸合成酶，C末端结构域	0	直接
82829,56037 82829 -类MesJ基底识别域 56037 -PheT/TilS域	0	直接
50037,53067 50037 -转录抑制因子的C末端结构域 53067 -类肌动蛋白ATP酶结构域	0	直接
52540,52317 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 52317 -类谷氨酰胺酰胺转移酶	0	直接
52402,56037 52402 -腺嘌呤核苷酸α水解酶类 56037 -PheT/TilS域	0	直接
56042,53328 第56042页-PurM C端域样 53328 -甲酰转移酶	0	直接
56059,51246 56059 -谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样 51246 -初级单杂交母题	0	直接
52402,82829 52402 -腺嘌呤核苷酸α水解酶类 82829 -类MesJ基底识别域	0	直接
54675,51690 54675 -烟酸/喹啉酸PRTase N末端结构域样 51690 -烟酸/喹啉酸PRTase C末端结构域样	0	直接
50891,160467 50891 -亲环素样 160467 -PH0987 N-末端类结构域	0	直接
51246,55326 51246 -初级单杂交母题 55326 -PurM N末端类域	0	直接
-7,52317 -7 -CATH公司 52317 -类谷氨酰胺酰胺转移酶	0	直接
56037,53271 56037 -PheT/TilS域 53271 -PRTase样	0	直接
55681,50037 55681 -Ⅱ类aaRS和生物素合成酶 50037 -转录抑制因子的C末端结构域	0	直接
52540,-7 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 -7 -CATH公司	0.00000000003894	直接
46785,55681 46785 -“翼螺旋”DNA-结合域 55681 -Ⅱ类aaRS和生物素合成酶	0.000000002172	直接
160467,50891 160467 -PH0987 N-末端类结构域 50891 -亲环素样	0.000001713	直接
52317,52440 52317 -类谷氨酰胺酰胺转移酶 52440 -PreATP-抓取域	0.5567	继承自:氨酰磷酸合成酶（氨）
52021,52317 52021 -氨甲酰磷酸合成酶，小亚基N末端结构域 52317 -类谷氨酰胺酰胺转移酶	1	继承自:氨酰磷酸合成酶（氨）
55326,56042 55326 -PurM N末端类域 第56042页-PurM C端域样	1	继承自:磷酸核糖胺——甘氨酸连接酶
53067,53067 53067 -类肌动蛋白ATP酶结构域 53067 -类肌动蛋白ATP酶结构域	1	继承自:生物素--[生物素羧基载体蛋白]连接酶
56059,52335 56059 -谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样 52335 -甲基乙二醛合酶样	1	继承自:氨酰磷酸合成酶（氨）
53223,51735 53223 -氨基酸脱氢酶样，N-末端结构域 51735 -NAD（P）-结合Rossmann-fold域	1	继承自:甲酸盐--四氢叶酸连接酶
56042,55326 第56042页-PurM C端域样 55326 -PurM N末端类域	1	继承自:磷酸核糖胺——甘氨酸连接酶
48108,52440 48108 -氨甲酰磷酸合成酶，大亚基连接域 52440 -PreATP-抓取域	1	继承自:氨酰磷酸合成酶（氨）
56235,52402 56235 -N-末端亲核氨基水解酶（Ntn水解酶） 52402 -腺嘌呤核苷酸α水解酶类	1	继承自:7-氰基-7-脱氧鸟嘌呤合酶
52440,56059 52440 -PreATP-抓取域 56059 -谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样	1	继承自:5-（羧基氨基）咪唑核糖核苷酸合酶||生物素羧化酶||尿素羧化酶||甲酸盐——磷酸核糖基氨基咪唑甲酰胺连接酶||磷酸核糖胺——甘氨酸连接酶||氨酰磷酸合成酶（氨）
56059,48108 56059 -谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样 48108 -氨甲酰磷酸合成酶，大亚基连接域	1	继承自:氨酰磷酸合成酶（氨）

本EC术语注释的超域(SPEC级别：信息)
以灰色突出显示的是FDR>0.001的那些

N到C端子顺序的超域（三重）	FDR（全部）	注释（直接或继承）
55681,50037,53067 55681 -Ⅱ类aaRS和生物素合成酶 50037 -转录抑制因子的C末端结构域 53067 -类肌动蛋白ATP酶结构域	0	直接
55326,56042,53328 55326 -PurM N末端类域 第56042页-PurM C端域样 53328 -甲酰转移酶	0	直接
56059,51246,55326 56059 -谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样 51246 -初级单杂交母题 55326 -PurM N末端类域	0	直接
50891,160467,50891 50891 -亲环素样 160467 -PH0987 N-末端类结构域 50891 -亲环素样	0	直接
50037,53067,53067 50037 -转录抑制因子的C末端结构域 53067 -类肌动蛋白ATP酶结构域 53067 -类肌动蛋白ATP酶结构域	0	直接
52440,56059,51246 52440 -PreATP-抓取域 56059 -谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样 51246 -初级单杂交母题	0	直接
46785,55681,50037 46785 -“翼螺旋”DNA-结合域 55681 -Ⅱ类aaRS和生物素合成酶 50037 -转录抑制因子的C末端结构域	0	直接
51246,55326,56042 51246 -初级单杂交母题 55326 -PurM N末端类域 第56042页-PurM C端域样	0	直接
82829,56037,53271 82829 -类MesJ基底识别域 56037 -PheT/TilS域 53271 -PRTase样	0	直接
52402,82829,56037 52402 -腺嘌呤核苷酸α水解酶类 82829 -类MesJ基底识别域 56037 -PheT/TilS域	0	直接
52540,-7,52317 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 -7 -CATH公司 52317 -类谷氨酰胺酰胺转移酶	0	直接
52317,52440,56059 52317 -类谷氨酰胺酰胺转移酶 52440 -PreATP-抓取域 56059 -谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样	0.5567	继承自:氨酰磷酸合成酶（氨）
52021,52317,52440 52021 -氨甲酰磷酸合成酶，小亚基N末端结构域 52317 -类谷氨酰胺酰胺转移酶 52440 -PreATP-抓取域	0.5567	继承自:氨酰磷酸合成酶（氨）
48108,52440,56059 48108 -氨甲酰磷酸合成酶，大亚基连接域 52440 -PreATP-抓取域 56059 -谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样	1	继承自:氨酰磷酸合成酶（氨）
55326,56042,55326 55326 -PurM N末端类域 第56042页-PurM C端域样 55326 -PurM N末端类域	1	继承自:磷酸核糖胺——甘氨酸连接酶
52440,56059,48108 52440 -PreATP-抓取域 56059 -谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样 48108 -氨甲酰磷酸合成酶，大亚基连接域	1	继承自:氨酰磷酸合成酶（氨）
52440,56059,52335 52440 -PreATP-抓取域 56059 -谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样 52335 -甲基乙二醛合酶样	1	继承自:氨酰磷酸合成酶（氨）
56042,55326,56042 第56042页-PurM C端域样 55326 -PurM N末端类域 第56042页-PurM C端域样	1	继承自:磷酸核糖胺——甘氨酸连接酶
56059,48108,52440 56059 -谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样 48108 -氨甲酰磷酸合成酶，大亚基连接域 52440 -PreATP-抓取域	1	继承自:氨酰磷酸合成酶（氨）

树木依据树向量

使用蛋白质结构域和超结构域生成存在/缺失矩阵超级家族中的所有基因组。这个RAxML公司软件用于使用启发式简约方法。基因组组合或特定分支可以显示为如果有单株树的话。然而，该数据是从单个大树。这会产生比生成树时更高质量的拓扑并允许树立即显示。