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表型本体
与基因本体论（GO）一样，表型本体论通过将单个术语视为节点及其与父项（允许多个父项）的关系视为有向边，将基因突变/空表型信息从顶部非常一般的术语分类并组织到有向无环图（DAG）中更具体的术语。要导航此层次结构，我们显示所有亲本表型项按与当前项的最短距离排序的当前感兴趣的表型项。也，仅直接儿童表型术语列出了当前表型术语的。我们纳入的表型本体如下：

• 疾病本体（DO）
  DO通过DO术语到MeSH、ICD、NCI同义词库、SNOMED和OMIM的广泛交叉映射，在语义上整合了疾病和医学词汇。
  
• 人类表型（HP）本体（HP）
  HP捕获OMIM中描述的表型异常以及相应的致病基因。它包括三个互补的生物学概念：遗传模式（MI）、ONset_and_clinical_course（ON）和表型异常（PA）。
  
• 小鼠表型（MP）本体（MP）
  MP描述了特定基因被基因破坏后小鼠的表型。利用它，小鼠基因组信息学（MGI）为小鼠提供了高覆盖率的基因水平表型。
  
• 蠕虫表型本体
  WP对秀丽隐杆线虫和其他线虫的表型描述进行分类和组织。使用它，WormBase为秀丽线虫的表型注释提供了主要资源。
  
• 酵母表型本体
  酵母基因组数据库（SGD）基于对子囊菌表型本体的主要贡献者YP，为酵母基因组中的每个基因提供单一突变表型。
  
• 苍蝇表型本体
  FP指FlyBase控制的词汇表。具体来说，FlyBase中的等位基因注释（针对其诱变剂等）使用结构化受控词汇。
  
• 蝇类解剖本体
  FA是黑腹果蝇解剖结构的结构化受控词汇，用于描述表型和基因表达的位置。
  
• 斑马鱼解剖学本体
  ZA使用标准解剖学术语和受影响的基因显示斑马鱼的解剖学术语。
  
• 爪蟾解剖学（XA）本体论（XA）
  XA代表青蛙（非洲爪蟾和热带爪蟾）的组织谱系和发育时间。它用于注释爪蟾基因表达模式以及突变和变体表型。
  
• 拟南芥植物本体（AP）
  作为描述植物解剖和形态结构（AN）以及生长发育阶段（DE）的植物本体的主要贡献者，拟南芥信息资源（TAIR）为模式高等植物拟南芥（Arabidopsis thaliana）提供了拟南芥子植物本体注释。
  
• 酶委员会（EC）本体（EC）
  每个酶都有一个四位数的EC编号，前三位数定义了催化的反应，第四位数是唯一的标识符（序列号）。每种酶都有一个系统名称，唯一地定义了所催化的反应。
  
• DrugBank ATC（DB）本体（DB）
  在解剖治疗化学（ATC）分类系统中，药物根据其作用的器官或系统（第一级，解剖主要组）及其治疗（第二级，治疗亚组）、药理（第三级，药理亚组）分为五个不同级别的组和化学性质（第4级，化学亚组；第5级，化学物质）。只考虑DrugBank中的药物。
  
• UniProtKB关键字（KW）本体
  UniProtKB中的关键字是受控词汇表，提供条目内容的摘要，并用于基于10个类别（此处不包括“技术术语”类别）索引UniProtKB/Swiss-Prot条目。每个关键字都手动归属于UniProtKB/Swiss-Prot条目，并自动归属于UniProtKB/TrEMBL条目（根据特定的注释规则）。
  
• UniProtKB UniPathway（UP）本体
  UP是一个完全手动管理的资源，用于表示和注释代谢途径，在UniProtKB中用作路径注释的受控词汇。
  

结构域表型本体及其注释
蛋白质结构分类（SCOP）将进化相关域划分为超级家族水平和家庭级别。利用上述表型本体，我们生成了以域为中心的表型注释，并进一步确定了注释SCOP域信息最丰富的表型术语。令人欣慰的是，以域为中心的表型注释可以作为探索基因型-表型关系的另一个起点。我们为下载提供了几个相关文件，包括每个表型本体的注释和相应的本体。

• 结构域疾病本体（DO）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2DO.txt，以及相应的本体：SDDO.txt文件)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域人类表型（HP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2HP.txt，以及相应的本体：SDHP.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域小鼠表型（MP）本体（SDMP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2MP.txt，以及相应的本体：SDMP.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域蠕虫表型（WP）本体（SDWP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2WP.txt，以及相应的本体：SDWP.txt（软件开发包.txt）)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域酵母表型（YP）本体（SDYP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2YP.txt，以及相应的本体：SDYP.txt格式)和mysql表(域名2PO.sql.gz).
  
• 结构域蝇表型（FP）本体（SDFP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2FP.txt，以及相应的本体：SDFP.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域苍蝇解剖学（FA）本体（SDFA）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2FA.txt，以及相应的本体：SDFA.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 斑马鱼结构域解剖学（ZA）本体（SDZA）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2ZA.txt，以及相应的本体：SDZA.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域爪蟾解剖学（XA）本体（SDXA）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2XA.txt，以及相应的本体：SDXA.txt（SDXA.text）)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域拟南芥植物本体（AP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2AP.txt，以及相应的本体：SDAP文本)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域酶委员会（EC）本体论（SDEC）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2EC.txt，以及相应的本体：SDEC.txt文件)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域DrugBank ATC（DB）本体（SDDB）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2DB.txt，以及相应的本体：SDDB.txt文件)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域UniProtKB关键字（KW）本体（SDKW）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2KW.txt，以及相应的本体：SDKW.txt软件)和mysql表(域PO.sql.gz).
  
• 结构域UniProtKB UniPathway（UP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：SCOP域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：域2UP.txt，以及相应的本体：SDUP.txt格式)和mysql表(域PO.sql.gz).
  

超域表型本体及其注释
虽然以域为中心的注释在描述独立域的表型性质方面有很大的希望，但大多数域本身可能不只是单独工作。在多结构域蛋白质中，它们可以结合在一起形成不同的结构域结构。现有结构域的重组被认为是表型多样性的主要驱动力之一。作为扩展，我们还生成了超域表型本体及其注释。与以域为中心的表型本体论和注释（SCOP域超级家族水平和家庭级别），此版本仅关注超域和单个SCOP域超级家族级别。此外，就单个超家族而言，以域为中心版本的注释可能与超域版本的注释不同。根据您的关注点，前者应用于考虑超级家族水平和家庭级别，否则，如果您对域组合感兴趣，应使用后者。此外，我们还为下载提供了几个相关文件，包括每个表型本体的注释和相应的本体。

• 超领域领域疾病本体论（DO）本体论（SPDO）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2DO.txt文件，以及相应的本体：SPDO.txt文件)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域人类表型（HP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2HP.txt格式，以及相应的本体：SPHO.txt文件)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域小鼠表型（MP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2MP.txt格式，以及相应的本体：SPMP.txt（SPMP文本）)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域域蠕虫表型（WP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2WP.txt文件，以及相应的本体：SPWP.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超结构域酵母表型（YP）本体（SPYP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2YP.txt格式，以及相应的本体：SPYP.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域蝇表型（FP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2FP.txt格式，以及相应的本体：SPFP.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz（西班牙语）).
  
• 超域蝇类解剖本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2FA.txt文件，以及相应的本体：SPFA.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz（西班牙语）).
  
• 超域域斑马鱼解剖学（ZA）本体论（SPZA）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2ZA.txt（SP2ZA.文本），以及相应的本体：SPZA.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域爪蟾解剖学（XA）本体（SPXA）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2XA.txt格式，以及相应的本体：SPXA.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域域拟南芥植物本体（AP）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2AP.txt格式，以及相应的本体：SPAP.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域酶委员会（EC）本体论（SPEC）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2EC文本，以及相应的本体：规格.txt)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域DrugBank ATC（DB）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2DB.txt文件，以及相应的本体：SPDB.txt文件)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域域UniProtKB关键字（KW）本体（SPKW）及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2KW.txt（SP2KW），以及相应的本体：SPKW.txt软件)和mysql表(SP2PO.sql.gz公司).
  
• 超域域UniProtKB UniPathway（UP）本体及其注释：
  有关详细信息，请访问文档：超级域的PO注释，其中数据可用性包含可解析的平面文件（注释：SP2UP.txt格式，以及相应的本体：SPUP.txt格式)和mysql表(SP2PO.sql.gz（西班牙语）).
  

本AP术语注释的超级家族域(SDAP级别：信息量适中)
以灰色突出显示的是FDR_all>0.001的那些

SCOP术语	FDR（全部）	注释（直接或继承）
信号肽结合域	0	直接
SH3-域	0	直接
类似RraA	0	直接
利波卡林	0	直接
LysM域	0	直接
核苷酸交换因子GrpE的头部结构域	0	直接
TATA-box结合蛋白样	0	直接
金属依赖水解酶的复合结构域	0	直接
RuBisCO，小亚单位	0	直接
核糖体L11/L12e N端结构域	0	直接
Sec23/24的C-末端，凝胶样结构域	0	直接
核糖体蛋白L30p/L7e	0	直接
tRNA结合臂	0	直接
类LeuD/IlvD	0	直接
核糖体蛋白L31e	0	直接
磷酸甘油激酶	0	直接
lambda阻遏物样DNA结合域	0	直接
肌酸酶/氨肽酶	0	直接的，直接的
RBP7的N-末端异二聚结构域（RpoE）	0	直接
YrdC/肋骨B	0	直接
互变酶/MIF	0	直接
转导蛋白（α亚单位），插入域	0	直接
四吡咯甲基化酶	0	直接
核糖体蛋白L4	0	直接
电子传递辅助蛋白	0	直接
钙联蛋白/钙网蛋白的P-结构域	0	直接
螯合酶	0	直接
氯离子通道	0	直接
前蛋白转定位酶SecE亚单位	0	直接
RNA聚合酶sigma因子的Sigma3和sigma4结构域	0	直接
Sec23/24的Zn-finger畴	0	直接
重复五肽	0	直接的，直接的
类似BolA	0	直接
RuBisCo LSMT C终端，子带绑定域	0	直接
核糖体蛋白L19（L19e）	0	直接
叶绑定域	0	直接
表达蛋白At2g23090/F21P24.15	0	直接
糖脂转移蛋白	0	直接的，直接的
核糖体蛋白L39e	0	直接
假想蛋白YjiA，C末端结构域	0	直接
金属依赖水解酶	0	直接
铜、锌超氧化物歧化酶样	0	直接
AMPKBI-类	0	直接
核糖体蛋白L13	0	直接
磷酸葡萄糖变位酶，C末端结构域	0	直接
Chorismate变位酶II	0	直接
F1F0-ATP合成酶δ亚基的N末端结构域	0	直接
PAP/考古CCA-添加酶，C末端结构域	0	直接
NO信号转导和高尔基体转运中的配体结合域	0	直接
磷酸葡萄糖变位酶，前3个结构域	0	直接
类GlnB	0	直接的，直接的
丝氨酸代谢酶域	0	直接
RNA聚合酶sigma因子的Sigma2结构域	0	直接
二氨基戊二酸差异构酶样	0	直接
核糖体蛋白S2	0	直接
四氢生物蝶呤类生物合成酶	0	直接
核糖体蛋白L16p/L10e	0	直接的，直接的
ssDNA-结合转录调控域	0	直接
2-氧代酸脱氢酶复合物的外周亚单位结合域	0	直接
细胞色素c	0	直接
烟酸/喹啉酸PRTase C末端结构域样	0	直接
酪蛋白激酶IIβ亚单位	0	直接
乌头糖铁硫结构域	0	直接
eIF1类	0	直接
七肽糖苷酶	0	直接
琥珀酰辅酶A合成酶结构域	0	直接
α-血红素铁氧还蛋白	0	直接
R3H域	0	直接
肽蛋氨酸亚砜还原酶	0	直接
氧化还原酶钼蝶呤结合域	0	直接的，直接的
原核核糖体蛋白L17	0	直接
肌酸酶/脯氨酸酶N端结构域	0	直接
核糖体蛋白S6	0	直接
D-核糖-5-磷酸异构酶（RpiA），lid结构域	0	直接
镁转运蛋白CorA，跨膜区	0	直接
亚硝酸盐和亚硫酸盐还原酶4Fe-4S结构域样	0	直接的，直接的
核糖体蛋白S24e、L23和L15e	0	直接
核糖体蛋白L29（L29p）	0	直接
ATP合成酶（F1-ATPase），γ亚基	0	直接
SIS域	0	直接
核糖体蛋白L14	0	直接
NSFL1（p97 ATP酶）辅因子p47，SEP结构域	0	直接
隐色素/光解酶FAD结合域	0	直接
UDP-葡萄糖/GDP-甘露糖脱氢酶C末端结构域	0	直接
谷氨酸合成酶α亚基C末端结构域	0	直接
腺苷甲硫氨酸合成酶	0	直接
FAD/NAD相关还原酶，二聚（C末端）结构域	0	直接
类似Tim10	0	直接
Sec23/24的螺旋域	0	直接的，直接的
烟酸/喹啉酸PRTase N末端结构域样	0	直接
类似RibA	0	直接
ap2适配器的Mu2适配蛋白亚基（ap50）的第二域	0	直接
NHL重复	0	直接
HesB-like域	0	直接
血红素依赖性过氧化氢酶样	0	直接的，直接的
核苷酸交换因子GrpE的螺旋结构域	0	直接
二聚体α+β桶	0	直接
XPC绑定域	0	直接
醛缩酶	0.00000266	直接
FtsH蛋白酶域样	0.00006838	直接
铜氧还蛋白类	1	继承自:子叶维管系统
双功能抑制剂/脂质转运蛋白/种子贮藏2S白蛋白	1	继承自:子叶维管系统

本AP术语注释的家族域(不在SDAP中)
以灰色突出显示的是FDR_all>0.001的那些

SCOP术语	FDR（全部）	注释（直接或继承）
DNA修复糖基化酶，2个C末端结构域	0	直接
RBP7（RpoE）的N末端异二聚结构域	0	直接
磷酸葡萄糖变位酶，C末端结构域	0	直接
假尿苷合酶II TruB	0	直接
血红素依赖性过氧化氢酶	0	直接
AMPKBI-类	0	直接
羟基异丁酸和6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶结构域	0	直接
DNA酶I样	0	直接
类γ-碳酸酐酶	0	直接的，直接的
氨基甲基转移酶叶酸结合结构域	0	直接
Sigma4域	0	直接
类白血病	0	直接
变构支酸变位酶	0	直接
时间10/DDP	0	直接
G域链接域	0	直接
ATP合成酶（F1-ATPase），γ亚基	0	直接
NSFL1（p97 ATP酶）辅因子p47，SEP结构域	0	直接
Sec23/24的中继域	0	直接
RWD域	0	直接
辅酶A结合域	0	直接
PAPS还原酶类	0	直接
核糖体蛋白L29（L29p）	0	直接
类似HMGL	0	直接
核糖体蛋白L4	0	直接
高丝氨酸脱氢酶样	0	直接
II组伴侣蛋白（CCT，TRIC），中间结构域	0	直接
帽子/帽子重复	0	直接
UDP-葡萄糖焦磷酸化酶	0	直接的，直接的
3,4-二羟基-2-丁酮4-磷酸合酶、DHBP合酶、RibB	0	直接
核苷酸交换因子GrpE的螺旋结构域	0	直接
还原酶类	0	直接
II组伴侣蛋白（CCT，TRIC），顶端结构域	0	直接
Rps19E类	0	直接
β-磷酸葡萄糖变位酶样	0	直接
腺苷甲硫氨酸合成酶	0	直接
ZZ域	0	直接
蛋氨酸氨基肽酶，插入域	0	直接
RuBisCO，小亚单位	0	直接
GABARAP类	0	直接
亚硝酸盐和亚硫酸盐还原酶4Fe-4S域样	0	直接
转录辅激活子PC4 C末端结构域	0	直接
类HesB域	0	直接
D-核糖-5-磷酸异构酶（RpiA），催化结构域	0	直接
支链α-酮酸脱氢酶Pyr模块	0	直接
L23p型	0	直接
Sec23/24的C-末端，凝胶样结构域	0	直接
淀粉结合域	0	直接的，直接的
Aconitase铁硫结构域	0	直接
Myf域	0	直接
植物胁迫诱导蛋白	0	直接
核糖体蛋白S6	0	直接
核糖体蛋白S13	0	直接
泛素羧基末端水解酶UCH-L	0	直接
核糖体蛋白L30p/L7e	0	直接
D-核糖-5-磷酸异构酶（RpiA），lid结构域	0	直接
核糖体L11/L12e N端结构域	0	直接
rRNA腺嘌呤二甲基酶样	0	直接
SH3-域	0	直接
LysM域	0	直接
隐色素/光解酶FAD结合域	0	直接
枯草酶前肽/抑制剂	0	直接
R3H域	0	直接
胞苷酰转移酶	0	直接
HEAT重复	0	直接
琥珀酰辅酶A合成酶，β链，N末端结构域	0	直接
类似RraA	0	直接的，直接的
核糖体蛋白S27e	0	直接
核糖体蛋白L10e	0	直接
2-氧代酸脱氢酶复合物的外周亚单位结合域	0	直接
类似RibA	0	直接
类似BolA	0	直接
核糖体蛋白S15	0	直接
LON域类	0	直接
鲁布雷多辛	0	直接
转导蛋白（α亚单位），插入域	0	直接
ATP硫酰化酶N末端结构域	0	直接
MIF相关	0	直接
正在运行绑定域	0	直接
肌酸酶/氨肽酶	0	直接
Ⅱ类DAHP合成酶	0	直接的，直接的
原核核糖体蛋白L17	0	直接
Eps15同源结构域（EH结构域）	0	直接
类SerA干预域	0	直接
氯离子通道	0	直接
环羟基化α亚基ISP结构域	0	直接
RNA聚合酶西格玛因子的Sigma2结构域	0	直接的，直接的
核糖体蛋白L13	0	直接
酪蛋白激酶IIβ亚单位	0	直接
Clp蛋白酶，ClpP亚基	0	直接
前蛋白转定位酶SecE亚单位	0	直接
胆碱激酶	0	直接
RNB域类	0	直接
铜、锌超氧化物歧化酶样	0	直接
5'核苷酸酶样	0	直接
6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶样，N-末端结构域	0	直接
MYND锌指	0	直接
聚（A）聚合酶，PAP，中间结构域	0	直接
镁转运蛋白CorA，跨膜区	0	直接
酰基-ACP硫酯酶类	0	直接的，直接的
α-淀粉酶，C末端β-片结构域	0	直接
氧化还原酶钼蝶呤结合域	0	直接
核糖体蛋白L14	0	直接
钙联蛋白/钙网蛋白的P-结构域	0	直接
二氢二吡啶酸还原酶样	0	直接
烯醇化酶	0	直接的，直接的
NadC N端类域	0	直接
RNase Z类	0	直接
RuBisCo LSMT C终端，子带绑定域	0	直接
AMPK-β糖原结合域样	0	直接
尾特异性蛋白酶，催化结构域	0	直接
乙醛缩酶I（乳糖基谷胱甘肽裂解酶）	0	直接
叶酰聚谷氨酸合成酶	0	直接
第63节C端域状	0	直接
RelA/SpoT域	0	直接
糖脂转移蛋白	0	直接
格罗斯	0	直接
谷氨酸合成酶α亚基C末端结构域	0	直接
I类α-1；2-甘露糖苷酶，催化结构域	0	直接
琥珀酰辅酶A合成酶结构域	0	直接
Cdc48 N端类域	0	直接
单域细胞色素c	0	直接
肽蛋氨酸亚砜还原酶	0	直接
Ⅱ类伴侣蛋白（CCT，TRIC），ATP酶结构域	0	直接的，直接的
Sec23/24的锌指结构域	0	直接
N型ATP焦磷酸酶	0	直接
IPP类异构酶	0	直接
硫醇相关	0	直接
莽草酸激酶（AroK）	0	直接
信号肽结合域	0	直接
D-核糖-5-磷酸3-差向异构酶	0	直接
聚（A）聚合酶，PAP，N末端结构域	0	直接
真核血红素加氧酶	0	直接
NadC C终端域类	0	直接
2Fe-2S铁氧还蛋白相关	0	直接
塞德林（SEDL）	0	直接
核苷酸交换因子GrpE的头部结构域	0	直接
核糖体蛋白L3	0	直接
植物转录调节因子PBF-2	0	直接
核糖体蛋白L10-like	0	直接
核糖体蛋白L19（L19e）	0	直接
NHL重复	0	直接
类CAT	0	直接的，直接的
核糖体蛋白L39e	0	直接
Ⅰ类醛缩酶	0	直接
含钼氧化还原酶类二聚结构域	0	直接
钙联蛋白/钙网蛋白	0	直接
UDP-葡萄糖/GDP-甘露糖脱氢酶二聚结构域	0	直接
类WrbA	0	直接
假想蛋白YjiA，C末端结构域	0	直接
BphP N末端类域	0	直接
eIF1类	0	直接
PhzC/PhzF类	0	直接
ap2适配器的Mu2适配蛋白亚基（ap50）的第二域	0	直接
ATP硫酰化酶催化域	0	直接
PUA域	0	直接
PCI域（PINT基序）	0	直接
UDP-葡萄糖/GDP-甘露糖脱氢酶C末端结构域	0	直接
N-乙酰-l-谷氨酸激酶	0	直接
光敏色素特异域	0	直接
聚（A）聚合酶，PAP，C末端结构域	0	直接
FAD/NAD相关还原酶，二聚（C末端）结构域	0	直接的，直接的
类似EDF1	0	直接
核糖体蛋白S2	0	直接
乙二醛酶II（羟酰基谷胱甘肽水解酶）	0	直接
五肽重复	0	直接
四吡咯甲基化酶	0	直接
XPC绑定域	0	直接
磷酸葡萄糖变位酶，前3个结构域	0	直接
Sec23/24的β-三明治结构域	0	直接
磷酸甘油激酶	0	直接
Sec23/24的螺旋域	0	直接
核糖体蛋白L31e	0	直接
eIF5a N端类域	0	直接
Sec63 N端域	0	直接
YicI N-末端结构域样	0	直接
FtsH蛋白酶域样	0.0001101	直接
普遍应激蛋白样	0.0009178	直接
糖基转移酶组1	0.04402	继承自:子叶血管系统
U形箱	0.771	继承自:子叶维管系统
植物脂质转运和疏水蛋白	1	继承自:子叶维管系统
多域铜氧还蛋白	1	继承自:子叶维管系统

树木依据树向量

使用蛋白质域生成存在/缺失矩阵超级家族中所有基因组的结构数据。这个PAUP公司软件用于使用启发式简约方法。基因组组合或特定分支可以显示为如果有单株树的话。然而，该数据是从单个一棵大树。这会产生比生成树时更高质量的拓扑并允许树立即显示。

本AP术语注释的超域(不在SPAP中)
以灰色突出显示的是FDR>0.001的那些

超域（单个）	FDR（全部）	注释（直接或继承）
肌酸酶/氨肽酶	0	直接
肽蛋氨酸亚砜还原酶	0	直接
核糖体蛋白L13	0	直接
核糖体蛋白L16p/L10e	0	直接
类似BolA	0	直接
烟酸/喹啉酸PRTase C末端结构域样	0	直接
利波卡林	0	直接
金属依赖水解酶的复合结构域	0	直接
电子传递辅助蛋白	0	直接
前蛋白转定位酶SecE亚单位	0	直接
金属依赖水解酶	0	直接
表达蛋白At2g23090/F21P24.15	0	直接
类LeuD/IlvD	0	直接的，直接的
互变酶/MIF	0	直接
eIF1类	0	直接
核糖体蛋白S6	0	直接
核糖体蛋白L30p/L7e	0	直接
二氨基戊二酸差异构酶样	0	直接
镁转运蛋白CorA，跨膜区	0	直接的，直接的
谷氨酸合成酶的α亚基，C末端结构域	0	直接
lambda阻遏物样DNA结合域	0	直接
核糖体蛋白S2	0	直接
七肽糖苷酶	0	直接
烟酸/喹啉酸PRTase N末端结构域样	0	直接
核糖体蛋白L4	0	直接
原核核糖体蛋白L17	0	直接
TATA-box结合蛋白样	0	直接
核糖体蛋白L14	0	直接
D-核糖-5-磷酸异构酶（RpiA），lid结构域	0	直接
Chorismate变位酶II	0	直接
R3H域	0	直接
磷酸甘油激酶	0	直接
Tim10类	0	直接
酪蛋白激酶IIβ亚单位	0	直接
XPC绑定域	0	直接
铜、锌超氧化物歧化酶样	0	直接
氧化还原酶钼蝶呤结合域	0	直接
磷酸葡萄糖变位酶，C末端结构域	0	直接的，直接的
2-氧代酸脱氢酶复合物的外周亚基结合结构域	0	直接
RNA聚合酶sigma因子的Sigma2结构域	0	直接
四吡咯甲基化酶	0	直接
F1F0-ATP合成酶δ亚基的N末端结构域	0	直接
腺苷甲硫氨酸合成酶	0	直接
琥珀酰辅酶A合成酶结构域	0	直接
类似RibA	0	直接
NHL重复	0	直接
假想蛋白YjiA，C末端结构域	0	直接
PAP/考古CCA-添加酶，C末端结构域	0	直接
核糖体蛋白S24e、L23和L15e	0	直接
四氢生物蝶呤类生物合成酶	0	直接
细胞色素c	0	直接
ATP合成酶（F1-ATP酶），γ亚基	0	直接
YrdC/肋骨B	0	直接
Sec23/24的螺旋域	0	直接
RuBisCO，小亚单位	0	直接
RNA聚合酶sigma因子的Sigma3和sigma4结构域	0	直接
叶绑定域	0	直接的，直接的
隐色素/光解FAD结合域	0	直接
转导蛋白（α亚单位），插入域	0	直接
α-血红素铁氧还蛋白	0	直接
核糖体蛋白L31e	0	直接
核糖体蛋白L19（L19e）	0	直接
Sec23/24的Zn-finger畴	0	直接
Sec23/24的C-末端，凝胶样结构域	0	直接
血红素依赖性过氧化氢酶样	0	直接
氯离子通道	0	直接
类GlnB	0	直接
二聚体α+β桶	0	直接
螯合酶	0	直接
重复五肽	0	直接
LysM结构域	0	直接
HesB-like域	0	直接
磷酸葡萄糖变位酶，前3个结构域	0	直接
NO信号转导和高尔基体转运中的配体结合域	0	直接
FAD/NAD相关还原酶，二聚（C末端）结构域	0	直接
ap2适配器的Mu2适配蛋白亚基（ap50）的第二域	0	直接的，直接的
核糖体L11/L12e N-末端结构域	0	直接
核苷酸交换因子GrpE的头部结构域	0	直接
亚硝酸盐和亚硫酸盐还原酶4Fe-4S域样	0	直接
AMPKBI-类	0	直接
ssDNA-结合转录调控域	0	直接
糖脂转移蛋白	0	直接
乌头糖铁硫结构域	0	直接
RuBisCo LSMT C终端，子带绑定域	0	直接
核糖体蛋白L39e	0	直接
肌酸酶/脯氨酸酶N端结构域	0	直接
钙联蛋白/钙网蛋白的P-结构域	0	直接
核苷酸交换因子GrpE的螺旋结构域	0	直接
tRNA-绑定臂	0	直接
NSFL1（p97 ATP酶）辅因子p47，SEP结构域	0	直接
SH3-域	0	直接
核糖体蛋白L29（L29p）	0	直接
RBP7（RpoE）的N末端异二聚结构域	0	直接
信号肽结合域	0	直接
UDP-葡萄糖/GDP-甘露糖脱氢酶C末端结构域	0	直接的，直接的
丝氨酸代谢酶结构域	0	直接
SIS域	0	直接
类似RraA	0	直接
醛缩酶	0.000002069	直接
FtsH蛋白酶域样	0.00005351	直接
Sec23/24的β-三明治结构域	0.0007987	直接
铜氧还蛋白类	1	继承自:子叶维管系统
双功能抑制剂/脂质转运蛋白/种子贮藏2S白蛋白	1	继承自:子叶维管系统