CRAN任务视图：农业科学
| 维护人员： | Julia Piaskowski、Adam Sparks、Adrian Correndo |
| 联系人： | julia.piask在gmail.com上 |
| 版本： | 2024-09-12 |
| 网址： | https://CRAN.R-project.org/view=农业 |
| 资料来源： | https://github.com/cran-task-views/农业/ |
| 贡献： | 非常欢迎对此任务视图提出建议和改进，可以通过GitHub上的问题或拉取请求，也可以通过电子邮件发送到维护者地址。有关更多详细信息，请参阅贡献指南. |
| 引用： | Julia Piaskowski、Adam Sparks、Adrian Correndo（2024）。CRAN任务视图：农业科学。版本2024-09-12。统一资源定位地址https://CRAN.R-project.org/view=农业。 |
| 安装： | 可以使用中央电视台包裹。例如，ctv:：install.views（“农业”，coreOnly=TRUE）安装所有核心软件包或ctv:：update.views（“农业”）安装所有尚未安装且最新的软件包。请参阅CRAN任务视图倡议了解更多详细信息。 |
农业包含广泛的学科。基础R中的许多包和贡献包对农业研究人员很有用。因此，这并不是一份对农业研究有用的所有包的详尽清单。该CRAN任务视图旨在涵盖大多数情况下为支持农业研究和分析需求而开发的主要包。
请注意，其中一些软件包位于CRAN上，其他软件包位于GitHub、Bioconductor或R-Forge上。
如果您认为此列表中缺少包，请通过问题或拉入请求让我们知道GitHub存储库.
目录
具有通用应用程序的软件包
农业和土地利用数据库
农业数据集
本指南中列出的许多以农业为重点的软件包还包括数据集，以说明其功能（例如农家乐,农业科技,BGLR公司).
支持农业研究的通用分析包
这个混合模型任务视图提供了一个与拟合一般和广义线性混合模型相关的包的综合列表。
特定学科包
农业经济学
的任务视图计量经济学，（经验）财务，以及时间序列提供有关农业经济学的一揽子计划和工具的信息。
农业气象学
的任务视图水文学有许多用于访问和处理天气和气候数据的资源。
数据来源：来自的数据哥白尼农业气象指标的数据集可以下载并使用ag5工具。巴西的气候作物区可以使用裁剪分区使用来自的数据集地形气候根据巴西国家气象研究所运行的气象站进行校准。acdcR公司（按县列出的农业气候数据）提供了在农业生产或农业气候和天气分析中计算美国县级变量的功能。
数据准备:流星提供了一组用于天气和气候数据操作的功能，以支持作物和作物疾病建模。作物生长日和气候趋势可用于计算生长度日数、累积降雨量、胁迫日数、平均辐射、作物敏感指数、蒸散量等变量。韦亚纳具有计算农业气候指数的效用函数，这些农业气候指数有助于根据气候变量进行区域划分，并评估温度和降水对单个作物或一般农田的重要性。
FAO56号机组和MeTo公司根据粮农组织专题论文56提供计算农业气象指标的功能，作物蒸散量：作物需水量计算指南(1998).
农业用水利用卫星图像和气象数据提供能量平衡和实际蒸散量的空间建模。AquaBEHER公司计算每日参考蒸散量并将其集成到水平衡模型中，以根据以下公式估算雨季日历（开始、停止和持续时间）农业气候方法。
LWF车90R提供了土壤-植被-大气传输（SVAT）模型LWF-BROOK90的实现，以计算每日蒸发量（蒸腾、截留和土壤蒸发）和土壤水通量，以及植被覆盖土壤剖面的土壤水分含量和土壤水分张力。
千克标识了Koeppen-Geiger气候区基于相对热量和湿度的给定位置。
农艺试验
实验设计
的任务视图实验设计提供关于各种研究问题的实验设计的附加信息。
农家乐为计划的现场实验的规划和分析提供大量资源。设计建造方农家乐可以通过农耕机农业田间试验布局也可以通过绝望.
区块设计提供用于创建（和优化）应用于农业的各种实验设计的功能，特别是用于具有交叉或嵌套块因子的线性处理模型。
PBIBD公司可以构造部分平衡的不完全块设计和Youden-m方形（行列）设计，并可以计算设计效率。
生物测量学家可用于实验设计和分析；它还包括几个接口函数ASReml-R公司物体。
包裹迪格尔用于矩形现场试验；其目的是帮助用户根据处理结构和重复次数确定最佳实验设计。
内部为实验设计和操作提供功能，其重点是现场手册兼容性。
FielDHub公司是一个Shiny应用程序，用于生成传统的、未复制的、增强的和部分复制的设计，应用于农业、植物育种、林业、动物和生物科学。
标签是一个提供可定制功能的R包闪亮的应用程序用于生成打印可读的机器和贴有QR码的人类可读标签。
高通量表型分析（HTP）
静态HTP用于分析HTP平台实验的数据，具有一些专门设计用于与专有软件协同工作的功能ASReml-R公司.
现场成像仪是用于处理和分析无人机图像数据的通用软件包。
FWRB公司可以为下游机器学习模型处理植物图像，以预测新鲜生物量。普里曼提供图像处理工具，以量化植物叶面积、疾病严重程度、病害数量，并获取图像对象的统计信息，如谷物、豆荚、花粉、树叶等。
试验分析
动物科学
这个跟踪任务视图有许多资源用于处理跟踪的动物数据和研究动物运动。
育种与数量遗传学
查看R软件包存储库生物导体用于支持高通量基因组数据处理的生物信息工具。
连锁图谱和QTL分析
有几个包专注于生物导体上的连锁不平衡.
GWAS（全基因组关联研究）
有很多Bioconductor上的GWAS包以及CRAN中未列出的大量其他GWAS包。这里列出的包在农业中常见的繁殖种群中有特定的应用。
基因组预测
作物生长模型和作物建模
这个阿皮姆克斯该软件包具有读取、检查、编辑和运行APSIM“下一代”文件的功能(.json文件,.apsimx文件)和APSIM“经典”(.xml文件,.apsim文件)文件。拉普西姆使用下一代APSIM文件。
DSSAT卫星为农业技术转让决策支持系统作物系统模型（DSSAT-CSM）提供了一个全面的R接口，该模型由Jones（2003）。此软件包提供了跨平台功能，用于读取和写入输入文件、运行DSSAT-CSM和读取输出文件。达斯特还与DSSAT文件接口。
建模框架Simplece（先进作物和生态系统管理的科学影响评估和建模平台）可以使用r pkg（“Simplece”）访问。此外，r github（“gk-crop/simplaceUtil”）提供了额外的实用程序函数，使模拟的设置和处理更加方便。
水果馅饼计算对葡萄藤和果树重要的几个物候变量，以评估气候适应性并估计这些物种中与气候相关的疾病的发生率。
作物用水:作物需求可以使用地形气候数据集。蒸发蒸腾可以使用21个不同的模型估计潜在蒸散量和实际蒸散量。
米特拉卡具有许多方便的功能，用于将模型预测与地面真实数据进行比较。
作物生长模型:Rwofost公司是WOFOST（世界粮食研究）作物生长模型的实施(2019年德维特).Rquefts公司提供了QUEFTS（热带土壤本地肥力定量评估）模型的实施(杨森1990).
重新修剪使用植物生长限制因子法评估植物的环境适宜性哈克特（1991）.
生态生理学:光合作用拥有大量用于植物生态生理学建模和分析的工具。茶叶使用能量平衡实现了解叶片温度的模型。植物生态学支持耦合叶片气体交换模型、A-Ci曲线模拟和拟合、Ball-Berry气孔导度模型、使用Penman-Monteith的叶片能量平衡、Cowan-Farquhar优化和湿度单位转换。植物保鲜膜延伸植物生态学通过增加叶肉电导的温度响应能力、空气中rubisco羧基化的表观Michaelis-Menten常数和光呼吸C类O（运行）2C3装置A-Ci或A-Cc曲线拟合的补偿点。
大叶根据涡动协方差数据和伴随的气象测量，计算（例如空气动力学电导、表面温度）和生理（例如冠层电导、水分利用效率）生态系统特性。
昆虫学
- 这个生存任务视图列出了用于处理审查数据的资源。
- hnp公司使用一系列不同拟合模型的不同诊断，生成模拟包络线的半正态图。
食品科学
有关支持感官研究的软件包，请参阅心理测量学任务视图。
- 营养追踪提供了方便的函数，用于使用来自多个参考数据库的食品成分数据计算食品的营养成分（大量营养素和微量营养素），包括：“USDA”（美国）、“CIQUAL”（法国）、“BEDCA”（西班牙）和“CNF”（加拿大）。
基因型与环境的相互作用
统计GxE实现了几种分析方法来解决基因型与环境的相互作用。
包裹格格可以生成GGE双时隙，而贝叶萨米可以对加性-主效应-乘法相互作用（AMMI）模型进行贝叶斯估计。元和遗传学可以使用多种参数和非参数方法对多环境试验数据进行稳定性分析。
环境R类型可用于收集气候数据、数据集准备和环境分类或环境类型。
spFW公司使用贝叶斯层次模型对多环境试验进行空间Finlay-Wilkinson分析。
各种各样的稳定性分析统计数据可以通过农刺包括稳态系数、特异性适应能力、加权稳态指数，优势措施,环境指数回归,Tai的稳定性参数,稳定性方差、生态价和其他稳定性参数。工具稳定性和稳定性还计算稳定性分析。
IBCF。MTME公司按照Montesinos-López描述的方法，在多性状和多环境试验中对连续数据实施基于项目的协同过滤(2018).
学习网将天气检索功能与机器学习方法相结合，以了解基因型-环境相互作用。
植物病理学
这个流行病学任务视图列出了植物疾病建模的相关包。
流行病学模拟：结合空间和遗传信息的植物病原体的随机疾病建模可以使用兰塞皮.包装抗坏血酸可以按照Diggle开发的模型模拟鹰嘴豆田的蛔虫疫病感染(2022).
顿悟是分析植物病害流行的工具箱。它为随时间和/或空间记录的植物病害强度数据提供了一个通用框架。
epifitter公司提供分析和可视化植物病害进展曲线数据的功能。
植物病原遗传学:哈吉斯具有分析植物病原菌致病型调查数据的功能。提供的函数用于计算敏感性分布、复杂度的统计分布、病理类型频率分布以及病理类型的多样性指数。在农药压力下，抗性基因的进化可以在不同的害虫数量、害虫繁殖方式、抗性位点、杀虫剂数量等方面进行模拟雷沃。具有混合克隆/有性生殖策略的种群可以用爆裂声它拥有种群遗传分析工具，用于部分克隆种群的层次分析。
农村社会学
请参阅的任务视图心理测量学用于一般社会学包。
土壤科学与精准农业
空间：该空间和时空CRAN任务视图在空间统计方面提供了大量资源。mpspline2（mpspline2）对土壤属性实施质量保护样条，对离散的、通常不连续的深度间隔上测量的属性进行连续的向下预测。
这个神枪手包含支持土壤调查工作的实用功能概要，包括数据管理、总结、可视化和转换。
土壤土壤学，水溶性磷酸酶为土壤科学家提供了一个通用工具包：专业数据结构、土壤剖面总结、可视化、颜色转换等。土壤分类学提供解析土壤分类术语的功能。计量土壤学对土壤数据的通用分析具有许多实用功能。
土壤水分：土壤水分保持曲线可通过土壤水分包使用Van Genuchten（1980年）土壤保水和Mualem（1976）导水率测定方法。土壤水力特性模型参数的估计和预测可以通过魔法护盾护身符.
土壤R用线性和非线性模型模拟陆地生态系统中的土壤有机质分解。这个巫术可用于模拟土壤有机碳和土壤有机氮，并计算氮矿化率。
土壤纹理三角形可以使用土壤质地; 该软件包还可以对土壤纹理数据进行分类和转换。
气可以用来计算钾的强度和交换性。
DMMF公司实施基于每日的Morgan-Morgan-Finney（DMMF）土壤侵蚀模型(2017年财)用于估算田地或集水区每天的地表径流和泥沙预算。
海外建筑投资公司计算开放式Bodem索引这是一种评估荷兰农田土壤质量和当前农业做法可持续性的方法。
土壤肥力测试:土壤测试corr具有在土壤测试值和作物产量数据之间进行相关性分析的功能。土壤测试提供了从分析实验室结果计算土壤矿物浓度的功能。
这个适用性作物生产用特定土壤的土壤评估包括土壤肥力等级、土壤侵蚀模型和土壤盐分分类。适用性要求适用于分为谷类作物、坚果、豆类、水果、蔬菜、经济作物和块根作物的作物。
遥感
杂草科学
对于生态研究和分析应用环境计量学任务视图提供了此主题中现有R资源的列表。
剂量反应：程序包数字版权所有为剂量-反应曲线提供多功能模型拟合和后填充功能。LW1949型实施Litchefield和Wilcoxon(1949)剂量反应模型。
drcte公司为农业中的非参数和参数时间到事件模型提供了一个框架，特别是对发芽和出苗数据的分析。
繁荣是一个用于在包括除草剂抗性和除草剂压力在内的一系列条件下，在个体和种群水平上模拟杂草种群动态的软件包。
plantTracker（植物跟踪器）从重复的、精细的生物体发生图中提取生长、存活和局部邻域密度信息。
CRAN包
| 核心： | AGH矩阵,农家乐,农业专家,阿皮姆克斯,水溶性磷酸酶,cdl工具,数字版权所有,DSSAT卫星,内部,流星,国家公路局,qtl,忧郁的,tidyUSDA（美国农业部）. |
| 常规： | acdcR公司,ag5工具,阿格普里斯,农耕机,农业特色,农业教程,农业公用事业,农业用水,农业研究所,农业注册局,农刺,农业科技,AlphaSimR公司,铝合金,AquaBEHER公司,抗坏血酸,ASMap（美国地图）,asremlPlus软件,贝叶萨米,BGGE公司,BGLR公司,大叶,生物测量学家,生物工具,区块设计,好极了,体重,气候趋势,ClimMobTools公司,髋关节,cropdatape（裁剪数据类型）,作物需求,作物生长日,作物ScapeR,裁剪分区,达斯特,绝望,DMMF公司,drcte公司,eemdTDNN,epifitter公司,顿悟,蒸发蒸腾,FAO56号机组,FAOSTAT公司,FielDHub公司,现场模拟机,水果馅饼,FWRGB公司,遗传学,地理数据,格格,闲聊,gpbStat公司,葡萄农业1,GS选举,GSMX公司,哈吉斯,遗传力,hnp公司,IBCF。MTME公司,互联网服务提供商,KenSyn公司,千克,亲属关系2,兰塞皮,联动地图视图,lm双列,卢埃,LW1949型,LWF车90R,地图多边形,地图Rinteractive,美顿,MeTo公司,米特拉卡,mlmm.gwas公司,MoBPS公司,mpspline2（mpspline2）,mvngGrAd公司,NutrienTrackeR公司,海外建筑投资公司,一幅地图,PBIBD公司,血统,家谱,计量土壤学,农药负荷指示器,纠缠,PGR向上,光合作用,植物生态学,植物保鲜膜,plantTracker（植物跟踪器）,最丰富的,普里曼,polymapR基因,多qtlR,爆裂声,繁荣,质量管理体系,量子阱,气,qrlabelr公司,qtlpoly公司,QTL编号,拉普西姆,rarms公司,重新修剪,雷沃,现场气候,rMVP公司,核糖核酸序列,rPAex公司,Rquefts公司,rrBLUP公司,Rwofost公司,卫星,选择索引,神枪手,简单特征类型,简单蜜蜂,土壤评估,土壤DB,土壤R,土壤分类学,土壤测试corr,土壤测试,土壤质地,土壤水分,巫术,大豆NAM,SpATS公司,光谱R,spFW公司,魔法护盾护身符,稳定性,定子GWAS,统计GxE,静态HTP,statgenIBD（状态IBD）,statgenMPP（统计MPP）,statgenSTA（状态STA）,STGS公司,stlELM公司,茶叶,工具稳定性,TSDFGS公司,美国阻尼器,易变性,vmdTDNN,WCM公司,韦亚纳,ZeBook公司. |
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