mappoly:同源多倍体的遗传连锁图谱

同源多倍体全同胞群体遗传图谱的构建。使用成对重组分数估计作为第一个序列定位等位基因变体的信息来源在特定的同源染色体中。对于成对出现的情况分析能力有限,算法依赖于多焦点通过隐马尔可夫模型(HMM)获得的似然。有关更多详细信息,请参阅Mollinari和Garcia(2019)<数字对象标识代码:10.1534/g3.119.400378>和Mollinari等人(2020年)<doi:10.1534/g3.119.400620>.

版本: 0.4.1
取决于: R(≥4.0.0)
进口: 卢比(≥ 0.12.6),Rcpp并行,随机对照URL,领域,ggpubr公司,ggsci公司,rstudioapi公司,打印3D,数字播放器,蜡笔,克莱,马格里特,重塑2,ggplot2,小咖啡,主曲线,右旋糖,真空断路器,动物园,巧妙地
链接到: 卢比,Rcpp并行
建议: 测试那个,更新日志,fitPoly公司,polymapR基因,AGH矩阵,网关,针织物,rmarkdown公司,字符串
出版: 2024-03-06
作者: 马塞洛·莫利纳里ORCID标识[aut,cre],加布里埃尔·盖斯特拉ORCID标识[aut],克里斯蒂安·塔尼古蒂ORCID标识[aut],刘杰金(Jeekin Lau)ORCID标识[aut],奥斯卡·里埃拉·利扎拉祖ORCID标识【ctb】,吉尔赫雷姆·佩雷拉ORCID标识【ctb】,奥古斯托·加西亚ORCID标识【ctb】,赵邦增ORCID标识【ctb】,凯瑟琳·普雷迪[ctb,cph](MDS排序算法),Robert Gentleman[cph](中MLE优化的C代码src/pairwise_estimation.cpp),Ross Ihaka[cph](用于MLE优化的C代码src/pairwise_estimation.cpp),R Foundation[cph](MLE优化的C代码src/pairwise_estimation.cpp),R-core[cph](用于MLE优化的C代码src/pairwise_estimation.cpp)
维护人员: 马塞洛·莫利纳里(Marcelo Mollinari)<mmollin at ncsu.edu>
错误报告: https://github.com/mmollina/MAPpoly/issues
许可证: GPL-3公司
网址: https://github.com/mmollina/MAPpoly网站
需要编译:
系统要求: GNU品牌
引用: mappoly引文信息
材料: 自述文件 新闻
在视图中: 农业
CRAN检查: 贴图多边形结果

文档:

参考手册: 地图poly.pdf
渐晕图: 映射poly_intro

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macOS二进制文件: r-prerel(arm64):地图poly_0.4.1.tgz,r-release(arm64):地图poly_0.4.1.tgz,r-oldrel(arm64):地图poly_0.4.1.tgz,r-prerel(x86_64):地图poly_0.4.1.tgz,r-release(x86_64):地图poly_0.4.1.tgz
旧来源: mappoly存档

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反向建议: polymapR基因,多qtlR

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