索姆:求解R中的混合模型方程

结构多变量-单变量线性混合模型解算器,用于估计具有未知方差-方差结构(例如异质和非结构化)和已知随机效应水平协方差(例如系谱和基因组关系矩阵)的多重随机效应(Covarrubias-Pazaran,2016<doi:10.1371/journal.pone.0156744>; Maier等人,2015年<doi:10.1016/j.ajhg.2014.12.006>; Jensen等人,1997年)。对于问题r x r(r是记录数),可以使用直接转换Newton-Raphson和直接转换平均信息算法,或者对于问题c x c(c是要估计的系数数),使用基于Henderson的平均信息算法来获得REML估计。还可以使用可用的二维样条函数拟合空间模型。

版本: 4.3.4
取决于: R(≥3.5.0),矩阵(≥1.1.1),方法,统计,MASS(质量),蜡笔
进口: 卢比(≥ 0.12.19)
链接到: 卢比,RcppArmadillo公司,Rcpp进度
建议: rmarkdown公司,针织者,胶合板,平行,骨肉瘤,R光谱,晶格,测试那个(≥ 3.0.0)
出版: 2024-03-17
作者: 乔瓦尼·科瓦鲁比亚(Giovanny Covarrubias-Pazaran)
维护人员: 乔瓦尼·科瓦鲁比亚(Giovanny Covarrubias-Pazaran)<cova_ruber at live.com.mx>
许可证: GPL-2型|GPL-3公司[扩展自:GPL(≥2)]
需要编译: 是的
引用: 索默引文信息
材料: 自述文件 更改日志
在视图中: 农业,混合模型
CRAN检查: 令人沮丧的结果

文档:

参考手册: 索默尔.pdf
守夜人: 快速启动睡眠包
移动到新版本的sommer
使用sommer软件包的数量遗传学
sommer中的GxE模型
将lme4翻译成sommer
使用sommer包进行空间建模

下载内容:

包源: 索默_4.3.4.tar.gz
Windows二进制文件: r-devel公司:索默_4.3.4.zip,r版本:索默_4.3.4.zip,r-oldrel:索默_4.3.4.zip
macOS二进制文件: r释放(arm64):索默尔4.3.4.tgz,r-oldrel(arm64):索默尔4.3.4.tgz,r-版本(x86_64):索默尔4.3.4.tgz,r-oldrel(x86_64):索默尔4.3.4.tgz
旧来源: 索姆档案

反向依赖关系:

反向进口: IPLGP公司,lm双列,mlmm.gwas公司,pcgen(多氯联苯),statgenGWAS,统计QTLxT
反向建议: 清醒的,MoBPS公司
反向增强: 生物测量学家,emmeans公司

链接:

请使用规范形式https://CRAN.R-project.org/package=sommer链接到此页面。