AlphaSimR:育种程序模拟

繁殖程序“AlphaSim”软件的继承者模拟[Faux等人(2016)<doi:10.3835/植物基因组2016.02.0013>]. 用于繁殖程序到DNA水平的随机模拟每个人的顺序。Contained是一系列用于为育种计划中的常见任务建模,例如选择和杂交。这些功能允许构建高度复杂的设备和在R软件环境中通过脚本编写动物繁殖程序。这样的模拟可以用于评估整个育种计划的性能和对育种方案设计进行研究,例如实施基因组选择。包括“马尔科夫联合模拟器”(“MaCS”)用于根据群体快速模拟双等位基因序列人口统计学史[Chen等人(2009)<doi:10.1101/gr.083634.108>].

版本: 1.5.3
取决于: R(≥4.0.0),方法,R6级
进口: 卢比(≥ 0.12.7),Rdpack公司
链接到: 卢比,RcppArmadillo公司(≥ 0.7.500.0.0),伯克希尔哈撒韦
建议: 针织物,rmarkdown公司,测试那个
出版: 2023-12-01
作者: 克里斯·盖诺ORCID标识[aut,cre],格雷戈·戈尔扬克ORCID标识【ctb】,约翰·希基ORCID标识【ctb】,丹尼尔·蒙尼ORCID标识【ctb】,大卫·威尔逊,蒂亚戈·奥利维拉ORCID标识【ctb】,奥黛丽·马丁ORCID标识【ctb】,菲利普·格林斯彭ORCID标识【ctb】
维护人员: 克里斯·盖诺(Chris Gaynor)<Gaynor.robert at hotmail.com>
许可证: 麻省理工学院+文件许可证
网址: https://github.com/gaynorr/AlphaSimR,https://gaynorr.github.io/AlphaSimR网站/,https://www.edx.org/learn/animal-breeding/the-university-of-edinburgh-breeding-programm-modelling-with-alphasimr
需要编译:
引用: AlphaSimR引文信息
材料: 自述文件 新闻
在视图中: 农业
CRAN检查: AlphaSimR结果

文档:

参考手册: AlphaSimR.pdf格式
渐晕图: 介绍
特点

下载:

包源: 字母模拟R_1.5.3.tar.gz
Windows二进制文件: r-预发布:AlphaSimR_1.5.3.zip压缩包,r版本:AlphaSimR_1.5.3.zip压缩包,r-oldrel:AlphaSimR_1.5.3.zip压缩包
macOS二进制文件: r-prerel(arm64):阿尔法SimR_1.5.3.tgz,r-release(arm64):阿尔法SimR_1.5.3.tgz,r-oldrel(arm64):阿尔法SimR_1.5.3.tgz,r-prerel(x86_64):阿尔法SimR_1.5.3.tgz,r-release(x86_64):阿尔法SimR_1.5.3.tgz
旧来源: AlphaSimR存档

反向依赖关系:

反向取决于: 简单蜜蜂
反向建议: 现场模拟机,hsrecombi公司

链接:

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