vcfR:操纵和可视化VCF数据

便于操作可变调用格式(VCF)数据。提供了快速读取和写入VCF文件的功能。一次VCF数据被读入R,解析器函数提取数据矩阵。这个然后可以将信息用于质量控制或其他目的。附加功能提供了基因组数据的可视化。处理完成后数据可以写入VCF文件(*.VCF.gz)。它也可以转换为其他流行的R对象(例如genlight、DNAbin)。VcfR提供了VCF数据和熟悉的R软件。

版本: 1.15.0
取决于: R(≥3.0.1)
进口: ,dplyr公司、图形、grDevices、,马格里特,迷因、方法、,引脚fsc50,卢比,统计,字符串,易怒的,实用程序,素食主义者,绿柱石
链接到: 卢比
建议: 阿德根特,ggplot2,针织物,爆裂声,重塑2,rmarkdown公司,规模,测试那个,第三年
出版: 2023-12-08
作者: 布莱恩·克瑙斯ORCID标识[cre,aut],尼克劳斯·格伦沃尔德ORCID标识[aut],埃里克·安德森ORCID标识【ctb】,大卫·J·温特,日安·N·坎瓦尔ORCID标识【ctb】,哈维尔·F·塔比马ORCID标识【ctb】
维护人员: 布莱恩·克瑙斯(Brian J.Knaus)<briank.lists at gmail.com>
许可证: GPL-3公司
网址: https://github.com/knausb/vcfR,https://knausb.github.io/vcfR_documentation网站/
需要编译:
引用: vcfR引文信息
材料: 自述
CRAN检查: vcfR结果

文档:

参考手册: vcfR.pdf格式
渐晕图: 正在转换数据
vcfR简介
vcf数据
vcfR工作流

下载内容:

包源: vcfR_1.15.0.tar.gz
Windows二进制文件: r-devel公司:vcfR_1.15.0.zip格式,r-释放:vcfR_1.15.0.zip格式,r-oldrel:vcfR_1.15.0.zip格式
macOS二进制文件: r释放(arm64):vcfR_1.15.0.tgz,r-oldrel(arm64):vcfR_1.15.0.tgz,r-版本(x86_64):vcfR_1.15.0.tgz,r-oldrel(x86_64):vcfR_1.15.0.tgz
旧来源: vcfR存档

反向依赖关系:

反向进口: CaMutQC(计算机辅助质量控制),卡德利诺,已故先生,肾上腺素,GARCOM公司,基因HapR,基因组外加剂R,MADSEQ公司,地图多边形,MixviR公司,麻木,一幅地图,PopGenHelpR软件,雷达堆栈帮助,SNP过滤器R,维瓦尔第,,
反向建议: 核心集合,飞镖R,省道R.base,MoBPS公司,pcadapt(pcadapt),再加热

链接:

请使用规范形式https://CRAN.R-project.org/package=vcfR链接到此页面。