numbat:来自scRNA-Seq的单体型CNV分析

这是一种计算方法,可以推断癌症scRNA-seq数据中的拷贝数变化(CNV),并重建肿瘤系统发育。”numbat“整合来自基因表达、等位基因比率和群体单倍型结构的信号,准确推断单个细胞中的等位基因特异性CNV并重建其谱系关系。”numbat’可用于:1。检测单个细胞的等位基因特异性拷贝数变异;2.在肿瘤微环境中区分肿瘤细胞与正常细胞;3.推断异型肿瘤的克隆结构和进化史numbat’不需要肿瘤/正常配对DNA或基因型数据,但只对供体scRNA-数据进行操作(例如,10x Cell Ranger输出)。其他示例和文档可在<https://kharchenkolab.github.io/numbat网址/>。有关该方法的详细信息,请参阅Gao等人《自然生物技术》(2022)<doi:10.1038/s41587-022-01468-y>.

版本: 1.4.0
取决于: R(≥4.1.0),矩阵
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链接到: 卢比,RcppArmadillo公司,罗普蒂姆
建议: ggrastr公司,gg排斥,针织物,矩阵统计,测试那个(≥ 3.0.0)
出版: 2024-02-23
作者: 滕高[cre,aut],鲁斯兰·索尔达托夫〔aut〕,Hirak Sarkar[aut],埃文·比德斯特特[aut],彼得·哈尔琴科
维护人员: 滕高(tgaoteng at gmail.com>)
许可证: 麻省理工学院+文件许可证
网址: https://github.com/kharchenkolab/numbat/,https://kharchenkolab.github.io/numbat网址/
需要编译:
系统要求: GNU品牌
引用: numbat引文信息
材料: 自述文件 新闻
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旧来源: numbat存档

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