flowml:执行“nextflow”管道的后端基于机器学习的生物医学数据建模

提供在计算管道中执行基于机器学习的建模的功能。其功能包括基于机器学习的知识发现工作流的基本步骤,包括模型训练与优化、模型评估和模型测试。为了执行这些任务,该软件包主要构建在现有的机器学习软件包上,例如“插入符号”<https://github.com/topepo/caret/>和相关的包。该软件包可以训练多个模型,通过执行网格搜索优化模型超参数或随机搜索,并通过不同的指标评估模型性能。模型可以在测试数据集上验证,也可以在小样本的情况下验证通过k-fold交叉验证或重复引导。它还允许通过执行置换实验生成0假设。此外,它还提供了模型解释和项目分类的方法从高维数据空间中识别信息量最大的特征。这个包的功能可以很容易地集成到计算管道中(例如“nextflow”<https://www.nextflow.io/>)从而提高可扩展性,标准化和机器学习环境中的可再还原性。

版本: 0.1.3
取决于: R(≥3.5.0)
进口: A分析,插入符号,数据表,数字播放器,快速成型,毛皮商,未来,马格里特,optparse(操作程序),平行,呜呜声,R6级,阅读器,罗杰森,爱尔兰航空公司,r样本,统计,字符串,易怒的,第三年,实用程序,贵宾
建议: 阿达,阿达巴格,,bart机器,bst公司,C50型,caTools(计算机辅助工具),,立体派,e1071号,地球,弹性网,evtree公司,fastICA(快速ICA),foreach公司,玻璃钢,伽马,千兆字节,ggplot2,格尔姆奈特,,高密度空气分析仪,知识产权保护,珊瑚礁,内核实验室,kknn公司,klaR(千帕),针织者,自组织特征映射,拉尔斯,跳跃,利伯里纳,逻辑注册,MASS(质量),矩阵,姆博斯特,丙二醛,mgcv公司,单病毒,神经网状物,奈特,nnls公司,帕姆,部分DSA,聚会,聚会,受到惩罚的,,普利尔,代理,quantreg森林,随机森林,护林员,rFerns公司,rmarkdown公司,r零件,rrcov公司,rrcovHD公司,RSNNS公司,RWeka公司,特别提款权,沙普维兹,标准普尔,超级计算机,VGAM公司,xgboost公司
出版: 2024-02-16
内政部: 10.32614/CRAN.包装.flowml
作者: 塞巴斯蒂安·马尔库什ORCID标识[aut,cre],科尔贾·贝克尔ORCID标识[aut],亚历山大·佩尔泽ORCID标识【ctb】,内斯利汉·卡亚ORCID标识【ctb】,伯林格·英格尔海姆有限公司
维护人员: 塞巴斯蒂安·马尔库什(Sebastian Malkusch)<Sebastian.Malkusch at boehringer-ingelheim.com>
错误报告: https://github.com/Boehringer-Ingelheim/flowml/issues
许可证: GPL(≥3)
网址: https://github.com/Boehringer-Ingelheim/flowml网站
需要编译:
CRAN检查: flowml结果

文档:

参考手册: 流量.pdf

下载:

包源: 流量0.1.3.tar.gz
Windows二进制文件: r-devel公司:流0.1.3.zip,r版本:流0.1.3.zip,r-oldrel:流0.1.3.zip
macOS二进制文件: r释放(arm64):流量0.1.3.tgz,r-oldrel(arm64):流量_0.1.3.tgz,r-release(x86_64):流量0.1.3.tgz,r-oldrel(x86_64):流量0.1.3.tgz
旧来源: flowml存档

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