Chytrid Swabing协议
AMPHIBIAWEB公司

 

（翻译可能不准确。）

Chytrid Swabing协议

最初于2009年5月1日出版
2020年8月修订

  • 埃斯巴诺语
  • 法语国家

  • PDF版本（共页）。

    • 该协议的制定是为了让生物学家在野外对两栖动物进行非破坏性采样，以检测是否存在树枝状叶状巴氏杆菌并已修改为蝾螈Batrachochytrium salamandrivorans取样。本文件是根据Boyle等人（2004年）为Briggs NIH研究小组编制的。联系人万斯·弗伦登堡(温哥夫AT sfsu.edu)或两栖网络(安菲比亚网站@berkeley.edu)如果你有问题。

    数据管理

    在进行任何研究（包括提取乳糜菌）之前，应提前制定并组织一份完善的数据管理计划。考虑如何使用唯一标识符跟踪样本，您将记录哪些附加信息，以及如何使用这些信息进行分析。考虑如何存档和共享您的数据，尤其是当数据将在科学文献中发布时。

    为了帮助研究人员组织他们的数据收集、存档他们的数据，并在准备就绪时公开并贡献给全球存储库，以帮助推进Bd和Bsal研究，我们开发了两栖乐园.org。请访问此免费的存储库以查找数据，并下载下一个用于数据组织和收集的模板，然后将其上载到项目中。此处链接了入门说明、提示和指南以及其他有用信息。

    供应品:

    拭子：这些拭子可以直接订购，也可以从分销商处订购（提供链接是为了方便起见-AmphibiaWeb既不支持也不从这些产品中获益-它们只是我们实验室现在使用的产品）：

    1. 直接来自：医疗电线和设备：产品代码为MW113。
    1. 分销商：Advantage Bundling SP（目录号MW113）。Advantage Bundling可以通过电话、1-866捆绑或通过电子邮件订购，sales@advantagebundlingsp.com。

    小瓶：螺旋盖1.5毫升微型离心管。可通过许多公司获得，例如Fisher（目录号05-669-12）。使用的所有微型离心管应在使用前通过高压灭菌进行消毒，或者可以以更高的价格购买预先消毒的试管（费希尔目录号05-669-17）。

    记号笔：如果可能的话，用防乙醇的黑色记号笔给小瓶贴上标签，因为它们最经得起时间的考验。有些人喜欢在小瓶上划伤样品id，因为它无法被意外洗掉或擦除。


    程序：

    1. 最好用手捕捉两栖动物。擦拭动物时戴上手套，并在动物之间更换手套。如果您使用的是倾角测量网，请注意树枝状芽孢杆菌游动孢子可能被网捕获并在个体之间传播，因此，尽可能使用不同的网，或者尽可能经常对网进行消毒（这个问题没有完美的解决方案）。

    2. 擦拭成人/变态的下侧或腹部30次。记住，你实际上是在从皮肤上刮取少量组织。必须施加一些压力，但这并不意味着必须压扁动物。目标区域是饮料贴片、大腿和脚趾之间的蹼。

    3. 将拭子风干约5分钟，如有可能，避免阳光直射（如果条件过于潮湿而无法风干，则将其储存在95%的EtOH中）。

    4. 将拭子从尖端断开约3cm，并放入空的螺旋帽管中。拭子棒不应接触或撞击小瓶顶部。将瓶盖拧在小瓶上，并存放在阴凉处。

    5. 样品可以在室温下保存一周或更长时间，但最好保持样品冷却，并尽快放在4°C的冰箱中（家里的那种很好）。避免极端高温和阳光直射。样品可以在冰箱中储存数月而不会出现问题。

    6. 拭子分析：我们使用定量PCR方法，如Boyle等人（2004）所述。

    在上查看我们的其他视频

    标记：

    管道应标有唯一的编号，如字段编号（例如，收集器的第一个和最后一个首字母缩写后接“s”，用于拭子，后接三位数字，从001开始。Cherie Briggs的第一个拭子示例：应标记为CBS001等）或条形码。不要重复使用数字。

    其他数据：

    还应与拭子参考号一起收集其他信息，例如：现场ID、现场名称、观察者、时间、物种、位置（例如，入口、沼泽或溪流、水池、GPS坐标）、生命阶段（例如，幼虫/蝌蚪、亚成年、成体）、Gosner阶段、体重、SVL、性别、PIT标签号、，以及关于动物状况的注释（例如，嗜睡、翻正反射反应等）。


    拭子分析:

    不幸的是，布里格斯实验室和弗里登堡实验室都没有资源为其他研究小组处理拭子。样品的价格通常为每件4-10美元，不包括人工成本。随着定量PCR机器变得越来越普遍，我们相信成本将下降，Boyle等人（2004）描述的技术将更广泛地应用于测量和监测糜烂病的传播。


    参考：

    Boyle，D.G.、Boyle、D.B.、Olsen，V.、Morgan，J.A.T.和Hyatt，A.D.（2004）。乳糜菌病的快速定量检测(树枝状叶状巴氏杆菌)使用实时Taqman PCR检测两栖动物样本。水生生物疾病60: 141-148.


    联络：

    万斯·T·弗伦登堡
    助理教授
    生物系
    227亨西尔·霍尔
    旧金山州立大学
    霍洛韦大道1600号
    加利福尼亚州旧金山，邮编94132
    电话：（415）338-7296
    给Vance发电子邮件

    两栖网站
    脊椎动物博物馆
    3101山谷生命科学
    加利福尼亚大学
    加利福尼亚州伯克利市，邮编：94720-3160
    电子邮件AmphibiaWeb