ArrayExpress–功能基因组数据

ArrayExpress功能基因组学数据档案存储来自高通量功能基因组学实验的数据,并提供这些数据以供研究社区重用。

最新消息

2020年10月1日-ArrayExpress正在转向BioStudies
欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)正在建立和维护生物研究数据库,用于封装与生物学研究相关的所有数据的资源。生物研究的目标之一是接受和归档实验中产生的数据,这些数据可以被描述为“多组学”。为了简化EMBL-EBI的数据管理系统和数据表示,我们将开始在ArrayExpress集合下的BioStudies中托管ArrayExpress当前提供的数据。对于我们的数据提交者和用户来说,这一过程基本上是无缝的:

  1. 基因表达和相关功能基因组学数据(包括甲基化分析和芯片序列数据)的提交将继续由注释提交工具.
  2. ArrayExpress中的所有数据都将被传输到BioStudies,并将保留登录号。
  3. 当前ArrayExpress中的实验链接将保持有效(并将重定向到BioStudies)。
  4. 所有当前的ArrayExpress查询功能都将保存在BioStudies中,并且将为现有ArrayExpress实验和将来通过Annotare提交的文件提供对MAGE-TAB文件的访问。
但是,会发生一些变化,特别是:
  1. 在web界面中,尤其是“示例”视图中,实验的呈现方式会有所不同。
  2. 现有的API功能可以从BioStudies获得,但必须进行更改(预览迁移指南).
  3. 提交者将通过BioStudies提交工具管理提交后的修改(如发布日期更改)。
有两个迁移阶段与ArrayExpress用户相关。在第一阶段,所有新的实验都将在当前的ArrayExpress接口和BioStudies的“beta”实例中提供,我们将从提交者和用户那里获得有关BioStudies数据表示和可用性的反馈。数据提交者将在成功加载提交后发送的确认电子邮件中收到指向BioStudies中数据的链接。这一阶段将于2020年10月开始。一旦我们将用户反馈整合到我们的管道中,并确保所有流程顺利运行,我们将在2021年春季淘汰当前的ArrayExpress基础设施。

我们要感谢所有ArrayExpress用户和提交者在我们执行此项工作时给予的耐心。请将任何意见或问题发送至arrayexpress@ebi.ac.uk.

链接

有关如何搜索ArrayExpress、了解搜索结果、如何提交数据和常见问题解答的信息可以在我们的帮助部分.

了解更多关于功能基因组学组.

工具和通道

注释:ArrayExpress的基于web的提交工具。

ArrayExpress生物导体包:用于访问ArrayExpress并构建数据结构的R包。

程序访问:使用web服务或JSON查询和下载数据。

FTP访问:数据可以直接从我们的FTP站点下载。

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