Genome-wide copy number variation analysis of a Branchio-oto-renal syndrome cohort identifies a recombination hotspot and implicates new candidate genes

doi:10.1007/s00439-013-1338-8

.2013年12月；132(12):1339-50.

doi:10.1007/s00439-013-1338-8。 Epub 2013年7月13日。

Branchio-o-to-renal syndrome队列的全基因组拷贝数变异分析确定了重组热点并牵涉到新的候选基因

帕特里克·D·布罗菲¹, 法特梅·阿拉斯蒂, 本杰明·W·达尔布罗, 杰森·克拉克, 卡拉·西村, 布莱恩·科布, 理查德·史密斯, J罗伯特·马纳克

附属公司

PMID： 23851940
预防性维修识别码：项目经理3830662
内政部： 2007年10月10日/00439-013-1338-8

Branchio-o-to-renal syndrome队列的全基因组拷贝数变异分析确定了重组热点并牵涉到新的候选基因

帕特里克·D·布罗菲等。人类遗传学. 2013年12月.

.2013年12月；132(12):1339-50.

doi:10.1007/s00439-013-1338-8。 Epub 2013年7月13日。

作者

帕特里克·D·布罗菲¹, 法特梅·阿拉斯蒂, 本杰明·W·达尔布罗, 杰森·克拉克, 卡拉·西村, 布莱恩·科布, 理查德·史密斯, J罗伯特·马纳克

附属

¹爱荷华大学卡弗医学院儿科，爱荷华州爱荷华市，52242，美国。

PMID： 23851940
预防性维修识别码：下午3380662
内政部： 2007年10月10日/00439-013-1338-8

摘要

Branchio-o-to-renal（BOR）综合征是一种常染色体显性遗传病，以鳃弓异常、听力损失和肾形态异常为特征。虽然已知EYA1和SIX1的单倍体不足会导致BOR，但拷贝数变异分析仅在少数BOR患者中进行。在本研究中，我们使用基于高分辨率阵列的比较基因组杂交技术对32个已知BOR-casing基因中编码序列和剪接位点突变阴性的BOR先证者进行比较，以确定潜在的致病基因组重排。在我们鉴定的1000多个罕见和新的拷贝数变体中，有四个是EYA1和几个下游基因的杂合缺失，这些基因具有与逆转录病毒序列块相关的几乎相同的断点，这表明由该重组热点播种的非等位同源重组在BOR的发病机制中很重要。在另一个先证者中发现了一种不同的杂合子缺失，删除了EYA1的最后一个外显子。因此，共有五名先证者（14%）全部或部分EYA1基因缺失。使用一种新的疾病基因优先化策略，包括与其他缺失相关的基因的网络分析，表明SHARPIN（Sipl1）、FGF3和HOXA基因簇可能与BOR的发病机制有关。

PubMed免责声明

利益冲突声明

利益冲突

所有作者都没有与这项工作相关的利益冲突。

数字

**图1。反复EYA1缺失的鉴定**
基于阵列的CGH结果在Roche NimbleGen SignalMap基因组浏览器中可视化，使用默认的segMNT算法设置生成（平均12000 bp）。每个分段配置文件上方都显示了试用期（案例）。基因（塌陷）显示在上述分割数据中；EYA1已标记。基因组位置显示在图的顶部（hg18基因组构建）。

**图2。使用*C.元素EYA1*交互式IPA分析**
人类善直系亲属的IPA核心分析*秀丽线虫EYA1*相互作用的候选者产生了三个主要的PPI网络（BOR Interactomes 1、2和3）。对包含在大的、新的缺失中的基因进行IPA核心分析通常只产生一个显性网络。两组PPI网络中存在的分子被识别出来，并用于交叉和浓缩分离的PPI网络，形成一个包含已知BOR-causing基因的简洁关系系统(*EYA1、SIX1*)，基因来自*秀丽线虫*-被引导的人*眼睛A1*交互组（BOR Interactomes）和来自新缺失区间的基因。显示BOR相关缺失中存在的基因（A:Chr2缺失，B:Chr7缺失，C:Chr8缺失，D:Chr11缺失）。所有网络连接和分子标记为橙色，所有识别标签和线条标记为灰色/绿色。“秀丽线虫最佳BOR候选”标签是指那些明确包含在货物中的分子*秀丽隐杆线虫EYA1*交互式候选列表，而不仅仅是IPA网络生成的产品。*眼睛A1*在所有路径上用绿色方框高亮显示，以便定位。虚线表示间接关系，实线表示直接关系。

**图3。*秀丽线虫*和CNV辅助人类*眼睛A1*相互作用组**
A中显示的较小网络由已知的BOR致病基因分子组成，候选BOR基因来自*秀丽线虫EYA1*本研究检测的BOR队列中发现的四个新的大缺失中存在相互作用组和基因（用橙色符号和红色方框突出显示）。B中显示的更大网络是一个更全面的网络，它还包括在其他诊断性CNVR和意义不明的变种中发现的基因（也用橙色符号和红色或绿色方框突出显示）。EYA1用一个绿色的方向框高亮显示。虚线表示间接关系，实线表示直接关系。

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[3] Abdelhak S、Kalatzis V、Heilig R、Compain S、Samson D、Vincent C、Weil D、Crauud C、Sahly I、Leibovic M、Bitner-Glindzicz M、Francis M、Lacombe D、Vigneron J、Charachon R、Boven K、Bedbeder P、Van Regemorter N、Weissenbach J、Petit C。鳃耳蜗（BOR）下果蝇眼睛缺失基因的人类同源物并确定一个新的基因家族。自然遗传学。1997年b；15:157–64. doi:10.1038/ng0297-157。-内政部-公共医学

[4] Abdelhak S、Kalatzis V、Heilig R、Compain S、Samson D、Vincent C、Weil D、Crauud C、Sahly I、Leibovic M、Bitner-Glindzicz M、Francis M、Lacombe D、Vigneron J、Charachon R、Boven K、Bedbeder P、Van Regemorter N、Weissenbach J、Petit C。鳃耳蜗（BOR）下果蝇眼睛缺失基因的人类同源物并确定一个新的基因家族。自然遗传学。1997年b；15:157–64. doi:10.1038/ng0297-157。-内政部-公共医学

[5] Alasti F、Sadeghi A、Sanati MH、Farhadi M、Stollar E、Somers T、Van Camp G。HOXA2的突变是伊朗家族常染色体隐性小耳畸形的原因。美国人类遗传学杂志。2008年；82:982–991. doi:10.1016/j.ajhg.2008.02.015。-内政部-项目管理咨询公司-公共医学

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[9] Chang EH，Menezes M，Meyer NC，Cucci RA，Vervoort VS，Schwartz CE，Smith RJ。分支-肾综合征：EYA1的突变谱及其表型后果。人类突变。2004年；23:582–9. doi:10.1002/humu.20048。-内政部-公共医学

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