AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading

doi:10.1002/jcc.21334

.2010年1月30日；31(2):455-61.

doi:10.1002/jcc.21334。

AutoDock Vina：通过新的评分功能、高效优化和多线程提高对接的速度和准确性

奥列格·特罗特¹, 亚瑟·J·奥尔森

附属公司

PMID： 19499576
预防性维修识别码： PMC3041641型
内政部： 10.1002/jcc.21334

AutoDock Vina：通过新的评分功能、高效优化和多线程提高对接的速度和准确性

奥列格·特罗特等。计算机化学杂志. 2010.

.2010年1月30日；31(2):455-61.

doi:10.1002/jcc.21334。

作者

奥列格·特罗特¹, 亚瑟·J·奥尔森

附属

¹美国加利福尼亚州拉荷亚斯克里普斯研究所分子生物学系。

PMID： 19499576
预防性维修识别码： PMC3041641型
内政部： 10.1002/jcc.21334

摘要

介绍了一种新的分子对接和虚拟筛选程序AutoDock Vina。与我们实验室先前开发的分子对接软件（AutoDock 4）相比，AutoDock Vina实现了大约两个数量级的加速，同时根据我们对AutoDock 3开发中使用的训练集的测试，还显著提高了绑定模式预测的准确性。通过在多核机器上使用多线程，可以通过并行实现进一步的加速。AutoDock Vina自动计算栅格地图并以对用户透明的方式对结果进行聚类。

PubMed免责声明

数字

图1
加权评分函数项组合。立体相互作用；空间和疏水相互作用；以及空间和氢键相互作用，使用表1中的权重

图2
预测的实验结合配体构象的RMSD，显示Vina和Autodock的值。颜色编码活动可旋转键的数量

图3
预测的实验结合配体构象的RMSD。（红色+）Autodock；（绿色×）葡萄酒。横坐标表示活性可旋转键的数量

图4
多线程Vina运行所花费的时间（以分钟为单位）是配体中重原子数的函数。颜色编码活动可旋转键的数量

图6
AutoDock、单线程Vina和具有8路多线程的Vina所用的平均时间（以分钟为单位）。实验中使用了带有两个四核2.66GHz Xeon处理器的机器。AutoDock的时间不包括必要的初始AutoGrid运行

图7
（a）AutoDock，（b）Vina的实验和预测结合自由能（kcal/mol）。颜色编码活动可旋转键的数量

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