Proteome-wide analysis in Saccharomyces cerevisiae identifies several PHD fingers as novel direct and selective binding modules of histone H3 methylated at either lysine 4 or lysine 36

doi:10.1074/jbc.C600286200

.2007年1月26日；282(4):2450-5.

doi:10.1074/jbc。C600286200。 Epub 2006年12月1日。

酿酒酵母中的全蛋白质组分析确定几个PHD指是赖氨酸4或赖氨酸36甲基化的组蛋白H3的新的直接和选择性结合模块

史晓兵¹, Ioulia Kachirskaia公司, 凯·L·沃尔特, Jen-Hao A Kuo先生, 艾米湖, 福特尼·达瓦佐, 史蒂夫·M·陈, 大卫·G·E·马丁, 伊恩·曼·芬格曼, 斯科特·德·布里格斯, 勒安·豪, 保罗·尤兹, 塔蒂亚娜·库塔特拉泽, 阿列克谢·阿卢戈夫斯基, 马克·贝德福德, 或者戈扎尼

附属公司

PMID： 17142463
预防性维修识别码： PMC2735445型
内政部： 10.1074/jbc。C600286200元

酿酒酵母的蛋白质组全分析将几个PHD指鉴定为赖氨酸4或赖氨酸36甲基化的组蛋白H3的新的直接和选择性结合模块

史晓兵等。生物化学杂志. 2007.

.2007年1月26日；282(4):2450-5.

doi:10.1074/jbc。C600286200。 Epub 2006年12月1日。

作者

史晓兵¹, Ioulia Kachirskaia公司, 凯·L·沃尔特, Jen-Hao A Kuo先生, 艾梅湖, 福特尼·达瓦佐, 史蒂夫·M·陈, 大卫·G·E·马丁, 伊恩·曼·芬格曼, 斯科特·德·布里格斯, LeAnn Howe公司, 保罗·尤兹, 塔蒂亚娜·库塔特拉泽, 阿列克谢·阿卢戈夫斯基, 马克·T·贝德福德, 或者戈扎尼

附属

¹斯坦福大学生物科学系，美国加利福尼亚州斯坦福94305。

PMID： 17142463
预防性维修识别码： PMC2735445型
内政部： 10.1074/jbc。C600286200元

摘要

PHD指基序是一种在真核蛋白质组中发现的特征染色质相关基序。在这里，我们测定了酿酒酵母蛋白质组中PHD指的组蛋白甲基赖氨酸结合活性。我们在基因组尺度上提供了证据，证明PHD手指构成赖氨酸4（H3K4me3）下三甲基化组蛋白H3和赖氨酸36（H3K36me3）下三甲化组蛋白H13的一类效应器模块。PHD指的结构建模证明了识别三甲基部分的保守机制，并提供了对不同甲基-雌酮配体亲和力的分子基础的见解。总之，我们的研究表明，PHD手指的一个常见功能是转导甲基赖氨酸事件，并阐明了单个组蛋白修饰如何与多种生物结果相联系。

PubMed免责声明

数字

**图1。PHD手指组蛋白甲基赖氨酸结合活性的鉴定*酿酒酵母*蛋白质组**
一个，肽微阵列识别*酿酒酵母*PHD手指具有H3K4me结合活性。如示意图所示，将指示的生物素化组蛋白肽一式三份排列在链霉亲和素涂层载玻片上，并用指示的GST-PHD指状融合蛋白进行探测。ING2公司_（博士）和GST分别显示为阳性和阴性对照。B类，H3K4me3肽与蛋白质微阵列芯片上打印的PHD指纹结合。如示意图所示，将所示的GST-PHD手指融合蛋白一式两份排列在硝化纤维载片上，并用所示的组蛋白肽进行探测。抗-GST抗体探针显示为蛋白质负荷的对照。

**图2。H3K4me3或H3K36me3识别是*酿酒酵母*PHD手指**
一个，优先结合H3K4甲基化的更高状态*酿酒酵母*PHD手指。在严格的条件下（300 mM NaCl）对组蛋白肽的下拉进行Western分析，显示GST融合蛋白和生物素化肽(*aa公司*：氨基酸）。B类，多个*酿酒酵母*PHD手指绑定到H3K36me3。所示蛋白质在下拉试验中进行了测试，如下所述一个，但使用了150 mM NaCl结合缓冲液。C类，解除关联常量(*K（K）*_d日)用Trp荧光法测定了具有指示肽的指示PHD指。

**图3。H3K4me3结合的分子特征*酿酒酵母*PHD手指**
一个，PHD手指的序列对齐*酿酒酵母*来自人类ING2和BPTF的。锌配位残留物用阴影遮盖红色; 甲基-H3K4相互作用所必需的ING2 PHD指中的残基(*三角形*)和H3R2(圈子)显示。请注意，BPTF_（博士）利用额外的酪氨酸形成K4me-结合笼（18）。用于诱变研究的替代残留物用箭头在底部路线的。序列比对是使用ESScript web服务器生成的。B类，Spp1的结构模型_（博士）和集合3_（博士）与H3（1-6）K4me3肽络合。蓝色组蛋白肽；红色，形成甲基-K4结合笼的残留物；*黄色的*，H3R2相互作用必需的残基。ING2的结构_（博士）-H3K4me3复合物用于比较。C类，用指示PHD手指突变体进行肽下拉分析(左边，W>A；*正确的*，D>A），如图2所示一个.

**图4。H3K36me3-结合的分子特征*酿酒酵母*PHD手指**
一个，Ecm5的结构模型_（博士）与H3（1-6）K4me3络合物(*右侧面板*)和H3（33–38）K36me3(*左侧面板*)肽，如图3所示B类，除了*黄色的*残留物表示Glu¹²⁵⁴（见“结果和讨论”）。B类，Nto1的结构模型_（博士），表示形成芳香笼的残基。残留物Phe²⁸⁵如所示*黄色的*（见“结果和讨论”）。C类，用图2所示的GST-融合PHD突变体进行肽下拉分析B类.

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