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.2000年12月;16(12):1145-50.
doi:10.1093/bioinformatics/16.12.1145。

InterPro——蛋白质家族、结构域和功能位点的集成文档资源

附属公司

InterPro——蛋白质家族、结构域和功能位点的集成文档资源

R阿普韦勒等。 生物信息学. 2000年12月.

摘要

动机:InterPro是一种针对蛋白质家族、结构域和功能位点的新型集成文档资源,最初是为了合理化PROSITE、PRINTS、Pfam和ProDom数据库项目的互补工作而开发的。

结果:来自PRINTS、PROSITE和Pfam的合并注释构成InterPro核心。每个组合的InterPro条目都包含功能描述和文献参考,并链接回相关的父数据库,使用户可以一目了然地查看特定的家庭或域是否具有相关的模式、配置文件、指纹等。合并条目和单个条目(即在相关资源中没有对应项的条目)被分配唯一的登录号。InterPro 1.2版(2000年6月)包含3000多个条目,表示由6581个不同的正则表达式、配置文件、指纹和隐马尔可夫模型(HMM)编码的翻译后修改(PTM)的家族、域、重复和站点。每个InterPro条目都列出了与SWISS-PROT和TrEMBL的所有匹配项(SWISS-PROT和TrEMPL中384572个不同蛋白质中的264333个不同蛋白质的点击数超过1000000次)。

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