月份:2019年2月

新诺如病毒基因库提交服务

您有诺如病毒序列数据要提交给GenBank吗?试用我们诺沃克数据提交服务中新发布的改进!新服务具有以下优点:

  • 更快的处理和更短的加入时间
  • 改进的用户界面
  • 自动特征注释
提交_门户
图1。提交门户页面显示了提交诺如病毒数据的新选项。

开始新诺如病毒提交或者看看如何开始向GenBank提交其他数据.

GenBank接受广泛的数据,以支持对生命各个分支序列的科学发现和分析。

2019年我的书目将发生巨大变化!

更新:下面介绍的“我的书目”的新版本可用。感谢您在我们测试NCBI实验室中的更改时提供的反馈。


正如我们在年宣布的那样十月,一个新的我的书目马上就要来了!我们鼓励您预览新服务,并让我们知道您的想法。您可以安全地试用这个新版本,而不会影响您现有的“我的书目”中的任何内容。

拥有全新的外观和感觉,管理和共享您的工作将比以往任何时候都更容易。虽然干净、新的界面将使管理您的收藏变得轻而易举,但新的页面布局将使管理非常大的书目变得更容易。您还可以在书目中搜索关键字、作者姓名和授权编号,以便快速将视图筛选为与您最相关的引用。

继续阅读“2019年我的书目将发生巨大变化!”

太平洋白虾的首次诠释

太平洋白虾的首次诠释

NCBI宣布注释版本100太平洋白虾(太平洋白对虾)RefSeq中的基因组,基于组装(合同通用条款第003789085.1条)由中国科学院海洋研究所提交。太平洋白虾是渔业和水产养殖中最重要的虾种之一,是第一个通过NCBI对其基因组进行注释的十足目动物。我们预测24,987蛋白质编码基因与60亿RNA-Seq的比对结果以及与无脊椎动物蛋白质的同源性。这一注释将使这一重要商业物种的基因组研究成为可能。

你可以下载或在基因组数据查看器.

请访问我们的真核RefSeq基因组注释状态页面查看更多正在进行的批注。

GenBank在版本229中的数据量超过4 TB

GenBank在版本229中的数据量超过4 TB

GenBank 229.0版(2018年12月15日)有211281415条传统记录,包括非散装TSA,包含285688542186个碱基对的序列数据。还有773773190条WGS记录包含3656719423096个序列数据碱基对,274845473条批量定向TSA记录包含248592892188个序列数据碱对,20924588条批量定向TLS记录包含8511829281个序列数据基对。

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蛋白质家族隐马尔可夫模型的TIGRFAM集合转移到NCBI

NCBI已被要求接管隐马尔可夫模型(HMM)的TIGRFAM集合广泛用于原核基因组注释。TIGRFAM是1998年开始于基因组研究所(TIGR)的精选蛋白质家族的集合,该研究所是J.Craig Venter研究所(JCVI)的前身。此集合在Creative Commons许可证下公开提供,并且可从NCBI下载。我们已经对TIGRFAM的名称和描述进行了数百次改进,并将继续定期更新\

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查看NCBI基因组浏览器和序列显示中改进的工具提示!

我们最近改进了NCBI图形序列显示中基因特征的工具提示基因组数据查看器(GDV)和许多资源页面上,例如基因数据库SNP这些增强功能包括关于功能和基因的快速详细信息和有用链接。

图1
1。合并了抄本和CDS对工具提示。

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2019年3月25日至27日,云黑客马拉松中的泛基因组学

2019年3月25日至27日,云黑客马拉松中的泛基因组学

我们很高兴地宣布首次全基因组学、图表和单倍型黑客马拉松。

2019年3月25日至27日美国国立生物技术信息中心将帮助在加利福尼亚州圣克鲁斯举办生物信息学黑客马拉松,由加州大学圣克鲁斯分校(UCSC)。潜在主题包括:

  • 使用几种组装方法从全基因组构建大规模图
  • 映射的简化
  • 解析单倍型
  • 人群特异性结构变异体的鉴定
  • 定义单倍型特异性表达、可视化和与GRC公司

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NCBI使用平均核苷酸身份分析更正公共GenBank记录中的现有分类信息

为了确保基因组集合的分类信息尽可能准确,NCBI将使用平均核苷酸身份(ANI)分析来更正GenBank中现有的公共记录。

我们将联系被发现识别错误的记录提交者,并根据与类型菌株的比较,向报告提供ANI信息。如果没有异议,将进行分类更改,并将结构化注释添加到记录中。

如果提交的基因组集合没有使用二项式名称(例如:芽孢杆菌123),但发现与已知物种具有高置信度匹配,则该菌株将与分类数据库中的二项式合并。这是合并分类名称正常维护的一部分。不会联系提交者,但指示更改的结构化注释将添加到记录中。

A类纸张在《国际系统与进化微生物学杂志》上,介绍了NCBI科学家用于审查GenBank中所有原核基因组集合的方法,以及GenBank验证的当前状态和新提交的基因组中确认物种分配的最新进展。