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dmenne/呼吸测试核心

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呼吸测试核心:13C呼吸测试分析胃排空

Dieter Menne Menne Biomed Consulting德国图宾根网址:http://www.menne-biome.de dieter.menne@menne-biome.de

R构建状态 CRAN(起重机) CRAN(起重机) Codecov测试覆盖率

德国图宾根Menne Biomed Consultinghttps://www.menne-biome.de网站

dieter.menne@menne-biome.de

这是R包的重新启动dmenne/d13呼吸哪个不是维护时间更长。

它的作用

  • 读取的几种文件格式13C数据:IRIS/Wagner(复合和CSV)、BreathID和Excel。
  • 使用拟合Beta-指数非线性曲线拟合国家统计局,它提供成功估算了90%的PDR曲线。
  • 计算人口与国家实验室当数据来自多个录音是可用的,因此可以得到更可靠的估计用于研究。
  • 计算单变量的先验约束贝叶斯非线性拟合记录(重构为包dmenne/呼吸测试斯坦)
  • 计算贝叶斯非线性总体与Stan的多重拟合记录(重构为打包dmenne/breathteststan)
  • 包括三个数据集13C记录来自苏黎世大学医院
  • 将结果与nls进行比较,国家实验室和贝叶斯斯坦.
  • 请参阅文档中的示例t50胆小鬼对于与公布的数据进行比较。

赞助商和支持者

该软件正在与苏黎世大学医院和克拉斯匹塔大学医院的胃肠病学巴塞尔。感谢本杰明·米塞尔维茨、马克·福克斯和沃纳·施维泽。

如何安装

要安装包的最新版本,请使用

devtools::install_github(“dmenne/breasttestcore”,build_vignettes=TRUE)#如果你想使用奇特的基于Stan的方法devtools::install_github(“dmenne/breastteststan”)#这里是网络应用程序;这不在CRAN上,必须从github安装devtools::install_github(“dmenne/breasttestsshinn”,build_vignettes=TRUE)

不要忘记使用build_vignettes=真.

包的稳定版本呼吸测试岩心呼吸测试斯坦可以也可从CRAN安装。

为了便于安装,请使用Docker映像dmenne/breasttestsshinn(dmenne/呼吸闪亮)

您可以运行web应用程序联机。没有数据存储,但您可以下载所有结果和一系列测试研究。

使用示例

此示例来自函数的文档nlme匹配.

库(呼吸测试核心)d=模拟呼吸测试数据(n_records=3,noise=0.2,seed=4711)data=cleanup_data(d$data)fit=nlme_fit(数据)plot(fit)#调用plot.breasttestfit

有关其他示例,请参阅文件夹中的文档和测试测试/测试源包的。

状态

核心配件功能和Stan变型稳定并在CRAN上有版本闪亮的web应用仅在github上可用;未计划CRAN发布。在线演示源代码.

参考:

  • Ghoos,Y.F.、B.D.Maes、B.J.Geypens、G.Mys、M.I.Hiele、P.J。Rutgeerts和G.Vantrappen。1993年“胃排空的测量通过碳标记辛酸呼吸法测定固体的速率测试。"胃肠病学104 (6). 医学部,比利时Gasthuisberg大学医院:1640–7.

  • 梅斯,B.D.,B.J.盖彭斯,Y.F.Ghoos,M.I.希勒和P.J。鲁特吉斯。1998. "13辛酸呼气试验固体胃排空率。"胃肠病学114 (4):856–59.

  • Bluck LJC(2009)《最新进展》13辛酸C呼气试验用于胃排空。J.呼吸决议3,https://iopscience.iop.org/1752-7163/3/3/034002/

  • Bluck、LJC、Jackson S、Vlasakakis G、Mander A(2011)贝叶斯解释13C-辛酸胃排空呼吸测试。消化83_96-107。

关于

读取和处理胃排空13C呼吸测试数据的核心功能

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