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呼吸测试核心：13C呼吸测试分析胃排空

Dieter Menne Menne Biomed Consulting德国图宾根网址：http://www.menne-biome.de dieter.menne@menne-biome.de

德国图宾根Menne Biomed Consultinghttps://www.menne-biome.de网站

dieter.menne@menne-biome.de

这是R包的重新启动dmenne/d13呼吸不再进行维护。

它的作用

  • 读取的几种文件格式13C数据：IRIS/Wagner（复合和CSV）、BreathID和Excel。
  • 使用拟合Beta-指数非线性曲线拟合国家实验室，成功估算了90%的PDR曲线。
  • 计算人口与国家实验室当多个记录中的数据可用时，为研究提供更可靠的估计。
  • 计算单个记录的前约束贝叶斯非线性拟合（重构为包dmenne/呼吸测试斯坦)
  • 计算与Stan匹配的多个记录的贝叶斯非线性总体（重构为打包dmenne/breastteststan）
  • 包括三个数据集13苏黎世大学医院的C记录
  • 与nls、nlme结果的比较和贝叶斯斯坦.
  • 请参阅文档中的示例t50胆小鬼与已发布的数据进行比较。

赞助商和支持者

该软件是与苏黎世大学医院和巴塞尔克拉斯皮塔医院消化科合作开发的。感谢Benjamin Misselwitz、Mark Fox和Werner Schwizer。

如何安装

要安装包的最新版本，请使用

开发工具时间：安装github(“dmenne/breasttestcore”,构建渐晕图= 真的)
#如果你想使用奇特的基于Stan的方法
开发工具时间：安装github(“dmenne/breastteststan”)
#这里是网络应用程序；这不在CRAN上，必须从github安装
开发工具时间：安装github(“dmenne/breasttestsshinn”,构建渐晕图= 真的)

不要忘记使用build_vignette=真.

软件包的稳定版本呼吸测试核心和呼吸测试斯坦也可以从CRAN安装。

为了便于安装，请使用Docker映像dmenne/breasttestsshinn（dmenne/呼吸闪亮）

您可以运行web应用在线。没有存储任何数据，但您可以下载所有结果和一系列测试以进行研究。

使用示例

此示例来自函数的文档nlme匹配.

图书馆（呼吸测试核心）
天= 模拟呼吸测试数据(n个记录= 三,噪音= 0.2,种子= 4711)
数据= 清除数据（d）$数据）
适合= nlme匹配（数据）
情节（适合）#调用plot.breathtestfit

有关其他示例，请参阅文件夹中的文档和测试测试/测试源包的。

状态

核心配件功能和Stan变体是稳定的，并且在CRAN上有版本闪亮的web应用程序仅在github上可用；未计划CRAN发布。在线演示,源代码.

参考:

  • Ghoos，Y.F.、B.D.Maes、B.J.Geypens、G.Mys、M.I.Hiele、P.J.Rutgeerts和G.Vantrappen。1993年，“通过碳标记辛酸呼吸试验测量固体胃排空率。”胃肠病学104 (6). 比利时Gasthuisberg大学医院医学部：1640–7.

  • Maes，B.D.，B.J.Geypens，Y.F.Ghoos，M.I.Hiele和P.J.Rutgeerts。1998. “13C-辛酸呼吸试验测定固体胃排空率。”胃肠病学114（4）：856–59。

  • Bluck LJC（2009）13辛酸C呼气试验用于胃排空。呼吸研究杂志3，https://iopscience.iop.org/1752-7163/3/3/034002/

  • Bluck，LJC，Jackson S，Vlasakakis G，Mander A（2011）贝叶斯层次方法解释13C-辛酸呼气试验用于胃排空。消化83_96-107。