1. 发育生物学
  2. 干细胞和再生医学

Fam60a（一种Sin3a亚单位）的缺失导致胚胎致死，并与基因启动子子集的异常甲基化有关

  1. Ryo Nabeshima先生
  2. 西村修（Osamu Nishimura）
  3. 前田孝子
  4. 清水夏目漱石
  5. 高弘艾德
  6. 肯塔·亚西罗
  7. 酒井雅雄
  8. 奇卡拉·梅诺
  9. Mitsutaka Kadota公司
  10. Hidetaka Shiratori公司
  11. Shigehiro Kuraku先生  是通讯作者
  12. 滨田浩史  是通讯作者
  1. 日本大阪大学
  2. 日本RIKEN发育生物学中心
  3. 日本RIKEN生命科学技术中心
  4. 日本RIKEN生物系统动力学研究中心
https://doi.org/10.7554/eLife.36435
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  1. Ryo Nabeshima先生
  2. 西村修（Osamu Nishimura）
  3. 前田孝子
  4. 清水夏目漱石
  5. 高弘艾德
  6. 肯塔·亚西罗
  7. 酒井雅雄
  8. 奇卡拉·梅诺
  9. Kadota三藤
  10. Hidetaka Shiratori公司
  11. Shigehiro Kuraku先生
  12. 滨田浩史
(2018)
Fam60a（一种Sin3a亚单位）的缺失导致胚胎致死，并与基因启动子子集的异常甲基化有关
电子生活 7：e36435。
https://doi.org/10.7554/eLife.36435
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8数字，2表和三其他文件

数字

图1含3种补充剂
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小鼠胚胎中Fam60a-相互作用蛋白的鉴定。

(A类)在三种不同条件下从含有Fam60a:：维纳斯将转基因基因与GFP的珠偶联抗体进行免疫沉淀，这些抗体要么已经（对照）接触过，要么之前没有接触过重组GFP。然后通过SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳分离结合到珠子的蛋白质，并通过银染色显示。非特异性结合到珠子上的蛋白质用星号表示，特异性结合的蛋白质的身份由质谱测定。用GFP抗体对珠结合蛋白进行免疫印迹（IB）分析，以检测Fam60a-Venus。(B类)E10.5 WT胚胎、未分化的P19细胞或携带Fam60a:：维纳斯如图所示，用珠偶联抗Fam60a、抗GFP或对照兔免疫球蛋白G（IgG）对转基因进行免疫沉淀（IP），并用Sin3a、Hdac1和Hdac2抗体对所得沉淀进行免疫印迹分析（上面板）。核提取物（输入）以及暴露于用于免疫沉淀的抗体（Preclear）之前与珠非特异性结合的材料也进行免疫印迹分析。或者，用Sin3a、Hdac1、Hdac2或FLAG表位（对照）抗体对E10.5 WT胚胎的核提取物进行免疫沉淀，并用Fam60a抗体对所得沉淀进行免疫印迹分析（下表）。另请参见图3——图补充1至3.

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.003
图1——图补充1
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这个Fam60a:：维纳斯转基因编码一种功能性Fam60a蛋白。

(A类)代表Fam60a:：维纳斯BAC转基因。指出了南方杂交探针的位置。(B类)成年小鼠WT和βgeo等位基因的基因分型Fam60a系列以及Fam60a:：维纳斯通过Southern blot分析EcoRI消化尾基因组DNA的转基因(A类). (C)成年小鼠基因分型(B类). 小鼠3和5，其基因型为Fam60a系列βgeo/βgeo并窝藏了Fam60a:：维纳斯BAC转基因未显示发育缺陷。

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.004
图1—图补充2
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Fam60a和Fam60a-Venus在P19细胞和小鼠胚胎中的免疫荧光定位。

(A类和B类)未分化P19细胞Fam60a的免疫荧光染色(A类)以及通过暴露于维甲酸（1.0µM）8天诱导分化的P19细胞(B类). 荧光图像叠加在Nomarski光学图像上。比例尺，50μm。(C)携带GFP抗体的E9.5胚胎Fam60a-Venus的免疫荧光染色Fam60a:：维纳斯转基因。细胞核也用4'，6-二氨基-2-苯基吲哚（DAPI）染色。上面板显示了SHF水平的横向冷冻切片，下面板以更高的放大率显示SHF。Fam60a-Venus蛋白定位于细胞核而非核仁。比例尺，100µm（上部面板）和10µ米（下部面板）。

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.005
图1——图补充3
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在缺乏Fam60a的情况下形成Sin3a-Hdac杂岩。

核提取物制备自Fam60a系列flox/–和Fam60a系列–/–用Sin3a抗体对ES细胞进行免疫沉淀，通过SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳对沉淀进行分离，并用银染色（左图）。该凝胶还接受免疫印迹分析，并带有针对所示蛋白质的抗体（右侧面板）。

https://doi.org/10.7554/生活.36435.006
图2带1个补充
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的表达式Fam60a系列在胚胎和成年小鼠肠道中。

(A–C)原位杂交分析Fam60a系列E15.5在小鼠胚胎肠切片中的表达(A类)和E17.5(B类和C).Fam60a系列在E15.5的胃肠道上皮细胞和E17.5的肠绒毛间表达。中图像的放大倍数更高的视图(B类)如所示(C). 比例尺，100µm。(D–F型)成人十二指肠Fam60a表达的免疫组织化学分析。对一只野生型小鼠进行染色，并将其作为对照，但不含初级抗体(D类)或带有Fam60a抗体(E类)对于一只窝藏着Fam60a:：维纳斯用GFP抗体进行转基因(F类). 比例尺，100µm。(G–I型)LacZ的谱系痕迹分析+在注射三苯氧胺（6 mg）后的第1、3或5天，分别在含有Fam60a-CreERT2系列转基因和lacZ公司报告基因。比例尺，500µm。另请参见图1——图补充1.

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.007
图2——图补充1
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的表达式Fam60a系列植入后小鼠胚胎。

(A类)组织切片原位杂交分析Fam60a系列E9.5胚胎中的表达。(B–E类)端脑的高倍视图(B类)，神经管(C)，心脏导管(D类)和体节(E类)胚胎的(A类). 比例尺，200µm。(F–H（飞行高度）)原位杂交分析Fam60a系列E12.5小鼠胚胎切片中的表达。Fam60a系列在神经管（nt）、肺中高度表达(我)，胰腺(第页)中肠上皮细胞（mg）。比例尺，1 mm。

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.008
图3含4种补充剂
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内脏器官生长迟缓Fam60a系列–/–老鼠。

(A–C)WT的整个胚胎和指示器官(Fam60a系列+/+, (A类)和家庭60a–/–(B类和C)E13.5小鼠。比例尺，1 mm(D–F型)WT核心部分(D类)或Fam60a系列–/–(E类和F类)胚胎E13.5用苏木精-伊红染色。突变胚胎表现为室间隔缺损（红色箭头）。比例尺，500µm。(G公司)的表达式Fam60a系列用全原位杂交技术检测E13.5心脏。(H（H）和我)Fam60a系列–/–和WT胚胎分别在E9.5。突变胚胎表现出整体生长迟缓，流出道缩短（红条）和严重的神经管缺陷。比例尺，1 mm。另请参阅图3——图补充1至4和补充文件1.

https://doi.org/10.7554/生活.36435.009
图3-源数据1

的数值数据图3——补充图1C.

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.014
图3-源数据2

的数值数据图3-图补充4I.

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.015
图3-图补充1
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的生成Fam60a系列突变小鼠。

(A类)生成的策略Fam60a系列突变等位基因。数字框表示Fam60a系列外显子。用于基因分型的三个PCR引物的位置Fam60a系列显示了等位基因（Fam60a-5A、Fam60a-3A、Fam 60a-3C）。(B类)基于PCR的基因分型Fam60a系列所示胚胎中的等位基因Fam60a系列基因型。空（–）和WT（+）等位基因分别产生417和232 bp的产物。(C)RT-qPCR分析Fam60a系列WT中的mRNA（+/+）和Fam60a系列–/–（–/–）胚胎。数据为每个基因型四个胚胎的平均值±标准差。(D类)WT和WT中Fam60a（箭头）和α-微管蛋白（负荷控制）的免疫印迹分析Fam60a系列–/–胚胎。

https://doi.org/10.7554/生活.36435.010
图3-图补充2
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器官发生受损家庭60a-/-胚胎在E18.5。

(A类)重量(Fam60a系列+/+)和Fam60a系列–/–胚胎在E18.5。突变胚比野生胚小。比例尺，1 mm(B–I类)WT内脏器官的形态学(B、 D、F、H)和Fam60a系列–/–(C、 E、G、I)胚胎在E18.5。心脏正面图显示主动脉（ao）和肺动脉（pa）在突变胚胎中平行定位(B类和C). 肺的右侧视图显示突变体（箭头）的肺分叶不完整(D类和E类). 脾脏左侧视图显示突变胚胎严重发育不全（箭头）(F类和G公司). 左侧(H（H）)和正面(我)肠道视图显示，突变株的十二指肠-结肠交叉异常。比例尺，1 mm(J–M公司)WT（J和K）心脏苏木精-伊红染色切片和Fam60a系列–/–(L（左）和米)胚胎在E18.5。在WT胚胎中，主动脉（ao）与左心室（LV）相连，而肺动脉（pa）与右心室（RV）相连。然而，在变异株中，主动脉和肺动脉与右心室相连，形成双出口右心室。此外，变异心脏明显存在室间隔缺损（箭头）。比例尺，1 mm。

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.011
图3——补充图3
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肠循环缺陷Fam60a系列–/–老鼠。

WT和Fam60a系列βgeo/βgeoE18.5处的胚胎显示在左侧，箭头表示升结肠和降结肠。右侧显示了相应的肠道图。在WT胚胎中，升结肠（图中蓝色）位于肠的腹侧（图中绿色），而在突变胚胎中，它位于背侧。比例尺，1 mm。

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.012
图3-图补充4
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BrdU免疫组化法测定细胞增殖指数Fam60a系列–/–和WT胚胎。

(A–H)次级心脏场（SHF）(A类和B类)，心外膜前（PE）(C和D类)，心室（V）(E类和F类)和横隔（ST）(G公司和H（H）)WT的(A、 C、E、G)和Fam60a系列–/–(B、 D、F、H)在子宫内E9.0至E9.5处标记BrdU的胚胎被切片并用BrdU抗体染色。中的图像(A类)通过(D类), (G公司)、和(H（H）)以更高的放大倍数显示(A’)通过(D’), (G’)、和(H’)分别是。比例尺，100µm。(我)通过BrdU标记确定WT（开放栏）或Fam60a系列–/–E9.0到E9.5的（封闭栏）胚胎(A类)通过(H（H）). NT，神经管。数据为五个胚胎的平均值±标准差*p<0.05，**p<0.01（学生未成对t吨测试）。

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.013
图4含2种补充剂
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改变基因表达谱Fam60a系列–/–胚胎。

(A类)维恩图显示了通过ChIP-seq分析确定的Fam60a靶基因与表达上调或下调的基因之间的重叠Fam60a系列–/–RNA-seq分析显示E9.5的胚胎。(B类)E9.5中差异表达基因RNA-seq值的折叠变化Fam60a系列–/–ChIP-seq分析还发现，它们与TSS区域的Fam60a-Venus结合。数据为三个胚胎的平均值±标准差。(C)通过RT-qPCR分析验证E9.5 WT和Fam60a系列–/–胚胎。数据为五个独立实验的平均值±标准差*p<0.05，**p<0.01，***p<0.001（学生未成对t吨测试）。另请参见图4——补充图1和2.

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.016
图4-来源数据1

的靶基因列表Fam60a系列.

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.019
图4——源数据2

的数值数据图4B.

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.020
图4——源数据3

的数值数据图4C.

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.021
图4-源数据4

的数值数据图4——补充图2B.

https://doi.org/10.7554/生活.36435.022
图4-源数据5

的数值数据图4补充图2C.

https://doi.org/10.7554/生活.36435.023
图4——源数据6

的数值数据图4——图补充2D.

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.024
图4——补充图1
下载资产 未结资产
中差异表达基因的基因本体分析Fam60a系列–/–E9.5时的胚胎。

京都基因和基因组百科全书（KEGG）路径，前10名和前5名富集分数（–log10（ρ-值））分别表示上调基因（红色条）和下调基因（绿色条）。每个条的长度代表了丰富的意义。

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.017
图4-图补充2
下载资产 未结资产
小鼠ES细胞中Fam60a靶基因启动子区的表达谱、AcH3K9沉积和Tet1募集。

(A类)相控显微镜显示Fam60a系列flox/–和Fam60a系列–/–ES细胞。比例尺，100µm。(B类)Fam60a靶基因mRNA的RT-qPCR分析Fam60a系列flox/–和Fam60a系列–/–ES细胞。数据为五个独立实验的平均值±标准差*p<0.05，**p<0.01，***p<0.001（学生未成对t吨测试）。(C)在Fam60a靶基因启动子区对AcH3K9的ChIP-qPCR分析Fam60a系列弗洛克斯/–和Fam60a系列–/–ES细胞。数据以输入百分比表示，四个独立实验的平均值±标准差*p<0.05，**p<0.01（学生未成对t吨测试）。(D类)对Fam60a靶基因启动子区Tet1募集的ChIP-qPCR分析家庭60aflox/–和Fam60a系列–/–ES细胞。用Tet1抗体或对照IgG进行免疫沉淀。数据为三个独立实验的平均值±标准差。

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.018
图5含2种补充剂
下载资产 未结资产
Fam60a对基因启动子的全基因组定位。

(A类)通过对带有GFP抗体的E9.5转基因胚胎进行ChIP-seq分析，确定了所有基因TSS区域Fam60a-Venus的平均结合谱，以及结合峰。距离表示为相对于TSS的距离。(B类)ChIP-seq分析的峰值分布如(A类). 约80%的峰位于基因位点。UTR，未翻译区域。(C)Venn图显示两个独立的ChIP-seq分析的Fam60a靶基因重叠（那些结合峰在TSS的±3 kb内）（ChIP-seq1和ChIP-se_q2）。(D类)用ChIP-qPCR分析Fam60a-Venus和Sin3a分别与E9.5转基因和WT胚胎中所示基因的TSS区结合。淡蓝色和橙色条分别代表针对GFP和Sin3a的抗体的IgG对照。数据以输入百分比表示，三个独立实验的平均值±标准差。Actb公司作为阳性对照进行检查。(E类)E9.5的Fam60a-Venus ChIP-seq结果示例Fam60a-维纳斯胚胎。ChIP-seq1和ChIP-seq2均使用GFP抗体进行检测。显示了四个Fam60a靶基因在TSS周围的峰值，红色箭头指示转录方向。另请参见图5——图补遗1和2.

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.025
图5-源数据1

通过ChIP-seq分析确定的目标基因组区域列表。

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.028
图5-源数据2

的数值数据图5D.

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.029
图5-源数据3

的数值数据图5——补充图2.

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.030
图5——图补充1
下载资产 未结资产
Fam60a对基因启动子的全基因组定位。

(A类)Fam60a-Venus在所有基因TSS区域的平均结合谱，结合峰由ChIP-seq2确定。距离表示为相对于TSS的距离。(B类)ChIP-seq2分析的峰值分布（左面板）与小鼠基因组的总体组成（右面板）相比较。(C)E10.5制备的核提取物Fam60a-维纳斯将带有RIPA缓冲液或缓冲液C的转基因胚胎用GFP抗体或对照IgG抗体进行免疫沉淀，所得沉淀用Ing2抗体进行免疫印迹分析。

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.026
图5——补充图2
下载资产 未结资产
Fam60a靶基因启动子AcH3K9的ChIP-qPCR分析。

E9.5重量和家庭60a–/–用AcH3K9抗体对胚胎进行ChIP-qPCR分析。数据以输入百分比表示，四个独立实验的平均值±标准差。对照IgG的值基本上为0%，因此未显示。

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.027
图6含2种补充剂
下载资产 未结资产
Fam60a和Tet1的系统发育和功能关系。

(A类)Fam60a及其相关蛋白的分子系统发育。该树是用最大似然法和99个氨基酸残基推断出来的。引导值显示在各个节点上。(B类)Fam60、Sin3、Tet和Dnmt家族的基因库。黑框表示存在至少一个经过系统发育验证的直系祖先，而白框表示没有直系祖先。2R-WGD，两轮全基因组复制。根据现有知识，单个物种中是否存在DNA甲基化(铃木和伯德，2008；Zemach和Zilberman，2010年)图中还显示了。(C和D类)Fam60a抑制NIH3T3细胞中的Tet1活性。对表达FLAG-Tet1和Fam60a的NIH3T3细胞进行5hmC和FLAG-Tet1免疫荧光染色(C)或单独(D类). 通过强力霉素诱导FLAG-Tet1表达24小时后，对细胞进行分析。细胞核用4'，6-二氨基-2-苯基吲哚（DAPI）染色。红色箭头表示5hmC和FLAG免疫反应阳性的细胞。白色箭头表示FLAG为阳性，5hmC为阴性。(E类)在表达FLAG-Tet1的细胞中，5hmC与FLAG-Tet1的平均荧光强度图，如(C)和(D类). (F类)FLAG-Tet1比例+在类似于(C)和(D类). 数据为三个独立实验的平均值±标准差*p<0.05（学生未成对t吨测试）。另请参见图6——图补遗1和2.

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.031
图6——源数据1

的数值数据图6E.

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.034
图6——源数据2

的数值数据图6F.

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.035
图6——图补充1
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利用Clustal OMEGA对Fam60a蛋白的预测氨基酸序列进行比对。

星号、冒号和周期分别表示具有完全保守残数的位置、高度相似性质的守恒和弱相似性质的守恒。保存的疏水残留物(A、 V、F、P、M、I、L、W)以红色酸性残留物显示(D、 E类)蓝色，基本残留物(R、 K（K）)品红、羟基、巯基或含胺残留物(S、 T、Y、H、C、N、G、Q)绿色。

https://doi.org/10.7554/生活.36435.032
图6——图补充2
下载资产 未结资产
在NIH3T3细胞中Fam60a和Venus表达及FLAG-Tet1诱导表达的实验策略。

(A类)细胞转染和多西环素（DOX）诱导FLAG-Tet1表达的示意图图6C-F. (B类)转染并诱导表达FLAG-Tet1的细胞的免疫荧光（IF）染色A类). 在给予强力霉素24小时后，用Fam60a和FLAG抗体进行染色。细胞核用DAPI染色。比例尺，50µm。

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.033
图7含3种补充剂
下载资产 未结资产
甲基化状态Adhfe1公司WT和Fam60a系列–/–小鼠胚胎。

(A类)甲基化模式Adhfe1公司代表性WT中的启动子和Fam60a系列–/–亚硫酸氢盐测序显示处于指定发育阶段的胚胎。闭合圆圈和开放圆圈分别表示甲基化和非甲基化CpG位点。箭头表示的TSSAdhfe1公司. (B类)甲基化频率Adhfe1公司启动子被确定为(A类)对于每个基因型在每个发育阶段的三个或四个单独胚胎。p值是用Student的unpartiedt吨测试。另请参见图7-图补充1至3.

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.036
图7-源数据1

的数值数据图7B.

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.040
图7——源数据2

的数值数据图7——补充图2.

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.041
图7-图补充1
下载资产 未结资产
Fam60a靶基因启动子的亚硫酸氢盐测序。

甲基化状态纳克(A类)和长度9(B类)在单个WT和Fam60a系列–/–E9.5时的胚胎。

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.037
图7-图补充2
下载资产 未结资产
在E9.5的WT胚胎中hMeDIP分析显示，5hmC沉积在Fam60a靶基因启动子上。

数据以输入百分比表示，四个独立实验的平均值±标准差。

https://doi.org/10.7554/生活.36435.038
图7-图补充3
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通过亚硫酸氢盐测序确定印迹控制区的甲基化状态。

的印迹控制区（ICR）的甲基化状态Kcnq1其他1(A类)和桩号3(B类)在单个WT中确定Fam60a系列–/–E9.5时的胚胎。

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.039
图8含3种补充剂
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不同甲基化区域（DMR）Fam60a系列–/–胚胎。

(A类和B类)前500个高甲基化和低甲基化DMR在各种基因组特征中的分布。(C和D类)前500个高甲基化和低甲基化DMR的基因组位置图，分别相对于最近的TSS。请注意，总数超过500，因为DMR附近的两条绞线上的TSS都已计算在内。另请参见图8-图补遗1和2和补充文件2.

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.043
图8-源数据1

低甲基化和高甲基化DMR列表。

DMR按列areaStat排序，该列是CpG的t-统计量之和。请注意Adhfe1公司被列入前500名次甲基化DMR。

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.047
图8-图补充1
下载资产 未结资产
基因组DNA甲基化谱Fam60a系列–/–E9.5时的WT胚胎。

基于甲基化谱相似性的样本层次聚类分析树状图。

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.044
图8-图补充2
下载资产 未结资产
Fam60a结合启动子上DNA甲基化水平的热图。

野生型和Fam60a系列-/-胚胎。Fam60a-bound启动子区被定义为Fam60a ChIP-seq峰上游5kb和下游5kb之间的10kb区域。对于每个CpG的甲基化值，使用三倍的平均值。热图由强化热图绘制(Gu等人，2018年)Bioconductor包的以下参数：箱大小=50 bp，平均模式=绝对，平滑=打开。热图的中心表示从ChIP-seq实验中获得的Fam60a结合区的峰值。含有低甲基化CpG的区域以蓝色显示。热图上方的线条图总结了DNA甲基化的富集。请注意，大多数Fam60a结合的启动子区域是低甲基化的，野生型和Fam60a系列-/-胚胎。

https://doi.org/10.7554/生活.36435.045
图8-图补充3
下载资产 未结资产
高甲基化和低甲基化DMR中DNA甲基化的平均变化。

高甲基化和低甲基化DMR的甲基化变化家庭60a-/-胚胎用方框图表示。高甲基化和低甲基化DMR的DNA甲基化平均变化分别为11.87和10.99%。

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.046

桌子

表1
高甲基化和低甲基化DMR的数量与ChIP-seq峰重叠。

E9.5胚胎DMR与Fam60a结合位点的关系。获得了三个样本的甲基seq数据Fam60a系列–/–ChIP-seq1和ChIP-seq2实验获得了三个WT胚胎和ChIP-seq数据。显示了与所有或前500个高甲基化和低甲基化DMR重叠的ChIP-seq峰的数量。

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.042
数据集DMR总计方向数字式万用表与ChIP-seq峰重叠
与所有DMR相比（%）与前500名相比（%）
3个胚胎（三份）（平均差异>=0.05）7245超（Hyper）3049388 (12.7)83 (16.6)
海波41961257 (30.0)254 (50.8)
关键资源表
试剂类型（种类）
或资源		任命来源或参考标识符其他信息
基因(小肌肉)家庭60a不适用NCBI基因：56306也称为SINHCAF
基因(肌肉)测试1不适用NCBI基因：52463
应变，应变背景
(小肌肉)		国际竞争对手规则查尔斯河
应变，应变背景
(小肌肉)		C57BL/6J型查尔斯河
应变，应变背景
(小肌肉)		129查尔斯河
应变，应变背景
(小肌肉)		B6C3F1/铬查尔斯河
遗传试剂（EMCV）内部核糖体入口
站点（IRES）-βgeo		不适用
遗传试剂
（P1噬菌体）		液氧磷不适用
遗传试剂
（P1噬菌体）		FRT公司不适用
遗传试剂
(酿酒酵母)		燃油CAGPMID:16651697
遗传试剂
（P1噬菌体）		CAG-核心PMID:9268708
遗传试剂
（维多利亚州埃科雷亚）		Fam60a-维纳斯这篇论文
遗传试剂
（P1噬菌体）		Fam60a-CreERT2系列这篇论文
细胞系(小肌肉)第19页电话：7056443
细胞系(小肌肉)NIH3T3 Tet-On 3GClontech公司631197
抗体Fam60a抗体
（α-E15W）（兔多克隆）		这篇论文IHC或WB的1/1000稀释
抗体抗GFP
（兔多克隆）		MBL公司代码598
RRID：AB_591819号		IP为10µl，
IF的1/2000稀释
抗体对照兔IgG神谷生物医学PC-124型用于IP控制
抗体对照兔IgG赛默飞世尔科技公司用于IP控制
抗体抗HDAC1
（小鼠单克隆）		abcam公司邮编31263
RRID：AB_732774号		该产品已停产
由abcam提供
抗体防FLAG
（小鼠单克隆）		Sigma-Aldrich公司F3165型
RRID：AB_259529号		IF为1/2000
抗体抗HDAC2
（兔多克隆）		abcam公司约7029
RRID：AB_305706号		WB的1/1000稀释
抗体抗Sin3a
（兔多克隆）		圣克鲁斯
生物技术		sc-994型
RRID：AB_2187760号		WB的1/1000稀释
抗体抗Ing2
（兔多克隆）		abcam公司ab109504
RRID：AB_10861294号		WB的1/2000稀释
抗体抗BrdU
（小鼠单克隆）		BD生物科学347580
RRID：AB_10015219号		IHC的1/200稀释
抗体抗5hmC
（兔多克隆）		主动基序39769
RRID：AB_10013602号		IF的1/2000稀释
抗体抗组蛋白H3K9ac
（兔多克隆）		活性基序39917
RRID：AB_2616593号		用于ChIP分析
抗体抗RbAp46/48
（兔多克隆）		主动基序39199
RRID：AB_2615007号		WB的1/2000稀释
重组
DNA试剂		pTRE3G-标记-Tet1这篇论文
重组
DNA试剂		pEF-BOS-Fam60a-IRES-Venus软件这篇论文
重组
DNA试剂		pEF-BOS系统电话：1698283
肽，重组
蛋白质		E15瓦这篇论文为了…的崛起
抗Fam60a抗体
肽，重组
蛋白质		重组
GFP蛋白		abcam公司ab85191号
商业分析或试剂盒EpiTect亚硫酸氢盐试剂盒凯杰编号：59104
商业分析或试剂盒PrimeScript RT试剂盒
带gDNA橡皮擦		塔卡拉RR047A型
商业化验或试剂盒SOLiD Total RNA-Seq试剂盒生活科技4445374
商业分析或试剂盒SureSelect甲基-Seq
目标浓缩系统		安捷伦科技931052
商业分析或试剂盒EZ甲基化金试剂盒Zymo研究
化合物，
药物		英国标准3赛默飞世尔科技公司产品编号21580抗体结合
到发电机
化合物，
药物		盐酸多西环素Sigma-Aldrich公司第9891页
化合物，
药物		三苯氧胺Sigma-Aldrich公司T5648-1G型溶于玉米油
软件、算法LifeScope软件应用生物系统
软件、算法MACS公司PMID:18798982
软件、算法欧洲原子能委员会采购经理人指数：19689956
软件、算法库马PMID:18487274
软件、算法弓形2PMID:22388286
软件、算法俾斯麦PMID:21493656
软件、算法Samtools公司PMID:19505943
软件、算法Picard工具包布罗德学院
软件、算法methyKit程序项目管理标识号：23034086
软件、算法BSseq程序PMID:23034175
软件、算法床上工具项目管理标识号：20110278
软件、算法伟大的项目管理标识号：20436461
软件、算法a树叶电话：23677614
软件、算法MAFFT公司PMID:23329690
软件、算法装饰铝PMID:19505945
软件、算法RAxML公司项目管理标识号：24451623

其他文件

补充文件1

的分布Fam60a系列通过不同发育阶段的杂合子杂交获得的小鼠胚胎的基因型。

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.048
补充文件2

每个基因型的三个胚胎捕获DNA中CpG位点的甲基化水平。

https://doi.org/10.7554/eLife.36435.049
透明的报告表
https://doi.org/10.7554/eLife.36435.050

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  1. Ryo Nabeshima先生
  2. 西村修（Osamu Nishimura）
  3. 前田孝子
  4. 清水夏目漱石
  5. 高弘艾德
  6. 肯塔·亚西罗
  7. 酒井雅雄
  8. 奇卡拉·梅诺
  9. Mitsutaka Kadota公司
  10. Hidetaka Shiratori公司
  11. Shigehiro Kuraku先生
  12. 滨田浩史
(2018)
Fam60a（一种Sin3a亚单位）的缺失导致胚胎致死，并与基因启动子子集的异常甲基化有关
电子生活 7：e36435。
https://doi.org/10.7554/eLife.36435