BLAST结果
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格式化选项
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这些选项控制结果页面中对齐的格式。这个默认为HTML，但也可以使用其他格式（包括纯文本）。PSSM和PssmWithParameters是位置特定评分矩阵的表示形式，仅适用于PSI-BLAST。高级视图选项允许按表中的各种索引对数据库描述进行排序。
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选择查看路线的方式。默认的“成对”视图显示每个主题序列如何对齐单个查询序列。“查询锚定”视图显示如何所有主题序列都与查询序列对齐。对于每个视图类型，您可以选择以字母或点。更多。。。

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  • 图形概述：图形概述：显示与查询对齐的类似序列区域的图形。更多。。。
  • NCBI-gi：显示NCBI gi标识符。
  • CDS功能：显示带注释的编码区域和翻译。更多。。。
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  • 屏蔽字符：将屏蔽（过滤）的序列区域显示为小写或特定字母（N表示核苷酸，P表示蛋白质）。
  • 遮罩颜色：以给定颜色显示遮罩的序列区域。
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  • 描述：显示给定数量序列的简短描述。
  • 对齐：按统计显著性顺序显示最多给定序列数的对齐。
  • 行长度：对齐中显示在一行上的字母数。
键入通用名、二项式、分类名或组名。只会展示20个顶级分类群。
添加有机体
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仅显示给定有机体的序列。
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仅显示与给定Entrez查询匹配的序列。更多。。。

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仅显示给定范围内具有预期值的序列。更多。。。

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仅显示给定范围内具有百分比标识值的序列。
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  • PSI-BLAST的格式：特定位置的迭代BLAST（PSI-BLAST）程序使用蛋白质查询执行迭代搜索，其中使用在一轮搜索中找到的序列来建立下一轮的自定义得分模型。更多。。。
  • 包含阈值：设置统计显著性阈值，用于在使用的模型中包含序列PSI-BLAST在下一次迭代中创建PSSM。
下载
对齐
文本 XML格式 ASN.1号 JSON序列对齐 命中表（文本） 命中表（csv） 多文件XML2 单文件XML2 多文件JSON 单文件JSON 山姆
搜索策略
ASN.1号
PSSM重启搜索
PSSM系统
[?]
下载链接提供BLAST输出，可以用作其他程序的输入。这包括可解析的格式，例如表格报告或XML，以及BLAST+应用程序读取的搜索策略文件。有关可解析（XML、表格和ASN.1）报告的更多详细信息，请访问https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK153387/

校准部分提供了以下格式：
1). “文本”。非HTML标准BLAST报告。
2). “XML”。基于DTD的XML报告https://www.ncbi.nlm.nih.gov/data_specs/dtd/ncbi_BlastOutput.dtd
3). “ASN.1”。在抽象语法符号1中写出的对齐方式。
4). “JSON Seq-align”。以JSON编写的对齐。
4). “命中表（文本）”。表格报告为文本。
5). “命中表（csv）”。表格报表可以导入Excel等电子表格程序。
6） 。“XML2”。上描述的新XML格式ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/documents/NEWXML/xml2.pdf.
7). “JSON”。中描述的新JSON格式ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/documents/NEWXML/xml2.pdf.
8). “SAM”。序列对齐图格式。

XML2和JSON既可以作为每个查询的一个文件（多文件）下载，也可以作为所有查询的一份文件（单个文件）下载。这些格式被列为多文件XML2（和JSON）或单文件XML（和JSON）。

搜索策略部分下提供了以下报告：
1). “ASN.1”搜索策略。搜索中使用的参数、查询和数据库的记录。此文件可用于启动独立的BLAST搜索，请参阅https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1763/#CmdLineAppsManual.I455_BLAST_search_stra（网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1763/#CmdLineAppsManual.I455_BLAST_search_stra）

车载屏幕

职位名称：gnl | VecScreen |示例数据库序列

VecScreen结果解释

BLAST作业指定了多个输入序列。此框用于选择要显示BLAST结果的输入序列。

RID公司
JGVZM27F015型（到期日：11-05 13:55 pm）
查询ID
lcl |查询_125685
描述
gnl|VecScreen|带有矢量污染的数据库序列示例
分子类型
核酸
查询长度
1057
数据库名称
屏幕/UniVec
描述
UniVec（内部版本10.0）
程序
爆破2.15.0+

参考
Stephen F.Altschul、Thomas L.Madden、Alejandro A.Schäffer、Jinghui Zhang、Zheng Zhang，Webb Miller和David J.Lipman（1997），“缺口BLAST和PSI-BLAST：新一代蛋白质数据库搜索程序”，核酸研究25:3389-3402。
搜索参数
搜索参数名称
搜索参数值
程序序列比对分析
单词大小11
期望值700
点击列表大小1000
匹配/不匹配分数1，-5
Gapcosts公司3,3
低复杂性过滤器是的
过滤器字符串L；米；
遗传密码1
数据库
数据库参数名称
数据库参数值
发布日期2017年3月20日下午3:58
字母数量1,269,791
序列数6,093
Entrez查询
无
Karlin-Altschul统计
参数
无间隙
间隙
兰姆达1.385561.39
K（K）0.7465090.747
H（H）1.379451.38
结果统计
结果统计参数名称
结果统计参数值
长度调整14
查询的有效长度1043
数据库的有效长度1184489
有效的搜索空间1235422027
使用的有效搜索空间1750000000000