结果格式选项

图形化概述

显示了与查询序列对齐的数据库序列的概述。每条路线的得分为由五种不同颜色中的一种表示,它将分数范围分为五组。多个同一数据库序列的路线段由一条灰色细线连接。鼠标悬停在命中序列上会导致在窗口顶部显示的定义和分数,点击点击序列,将用户带到相关联的排列。

CDS功能

选中此选项将允许BLAST格式化程序解析出附近或附近的注释序列特征并在BLAST结果中显示它们。对于自定义查询序列,它还将使用CDS转换CDS翻译注释在匹配的数据库序列上作为指南。翻译中的不匹配将以粉红色突出显示。A类下面给出了CDS翻译的典型示例。

gi|46452254|gb|AY585334.1|Sus scrofa囊性纤维化跨膜电导调节器(CFTR)mRNA,完整cds长度=4449分数=5453位(2751),期望值=0.0同一性=4036/4449(90%),差距=6/4449(0%)绞线=正/正CDS:假设11 M Q R S P L E K A S V S K L F S W T查询133 ATGCAGAGGGTCGCCTGGAAAAGGCCAGCGTTGTCTCCAAACnnnnnCAGCTGGACC 192|||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||Sbjct 1 ATGCAGGTCGCGCTCTGGAAGCCAGCATTCCAAACTTTTTCAGCTGGACC 60号CDS:囊性纤维化1 M Q R S P L E K A SF S K L F S W T系列CDS:假设1 21 R P I L R K G Y R Q R L E L S D I Y Q I查询193 AGACAATTGAGGAGACAGACAGCGCGCGCGTCAGATACACAATC 252|||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||Sbjct 61 AGACAATTTTGAGAAAGAGATAGACAGCGCGTGAATGTCAGATACATACATC 120号CDS:囊性纤维化21 R P I L R K G Y R Q R L E L S D Y小时CDS:假设1 41 P S V D S A D N L S E K L E R E W D R E查询253 CCTTCTGTATTCTGACAATCTATCTGAAAAAATTGGAAGAGAGAGAATGGAGAG 312|||||  ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||Sbjct 121 TCTTCTTCTGACTCTCTGACTGACAATCTGTGGAAAAATTGGAAGAGAGAGAAAGAGAA180号CDS:囊性纤维化41S公司S公司S公司数据A D N L S E K L E R E W D R E

掩蔽

有两个选项可确定过滤器屏蔽区域的显示方式。

  • 掩蔽字符

    • X或N在X中显示蛋白质的屏蔽区域,在N中显示核苷酸的屏蔽区域。

    • 小写以小写字母显示标记区域。

  • 遮罩颜色

    屏蔽区域可以用灰色或红色字体“突出显示”。

说明

此选项限制向数字报告的匹配序列的简短描述的数量明确规定。默认设置因页面而异。另请参见期待.

路线视图

  • 成对

    数据库对齐显示为查询和主题序列之间的匹配对。查询和主题序列之间的中间线显示信件的状态。对于蛋白质对齐(例如,BLASTP/BLASTX/TBLASTN)、标识表示字母、保守替换表示“+”,其他什么都不表示。对于核苷酸比对(例如BLASTN和megaBLAST),使用“|”显示匹配项,不显示不匹配项。这是默认视图。

  • 与点成对标识

    数据库对齐以成对方式锚定(相对于)到查询序列用红色表示不匹配。上海捷运将以红色和粗体显示如果对齐中的一行包含不匹配项,则使用字体。请参见例子如下所示。

  • 用点查询身份

    标识显示为点(.),不匹配显示为单个字母缩写。

  • 使用字母查询身份

    标识显示为单字母核苷酸缩写。

  • 平面查询-用点标记身份

    “平面”显示在查询中将插入显示为删除。标识显示为点(.),不匹配显示为单字母缩写。

  • 平面查询-用字母标记身份

    “平面”显示在查询中将插入显示为删除。标识显示为单字母缩写。

gi|21536448|参考|NM_002622.3|智人预折叠蛋白1(PFDN1),mRNA长度=1296分数=392位(212),期望值=2e-107身份=220/223(98%),差距=3/223(1%)绞线=正/正查询107 TCCTACCTTGGAGCGAAG-GTTANAGGAAGCGTGAGGAACATCCGGGAGTGTGGATGGC 165上海捷运300  .................C类 .... - .....................................358查询166 ACGAAGGG-CCAGTAGGGCCTCTGGGAGCTTCCTCCTGCCCCCCATTCG 224上海捷运359  ........C类 ...................................................418查询225 GTGGGGGCAGGAGTGTGTGCCAGGGAACGCTTCTCCTCTGCCGATGGATGCTTA 284Sbjct 419。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。478查询285 TTTGGATGGCGCAACATCACATTTCTGCATCACCCTGAG 327Sbjct 479。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。521

下载

下载链接允许下载XML、文本报告、CSV、XML、ASN.1或JSON。

PSI-BLAST格式

位置特异性迭代BLAST(PSI-BLAST)程序使用蛋白质查询执行迭代搜索,其中,一轮搜索中找到的序列用于构建下一轮的自定义评分模型。

在PSI-BLAST中,该算法不依赖于特定的得分矩阵,例如已经实现的BLOSUM62使用AxA公司替换矩阵,其中A是字母表大小。相反,它使用QxA(质量保证)矩阵,其中Q是查询序列的长度。在每个位置,信件的成本取决于位置关于主题序列中的查询和字母。

要运行此搜索,必须选中“PSI-BLAST格式”复选框。

包含阈值

这将设置统计显著性阈值,以便在PSI-BLAST使用的模型中包含序列在下一次迭代中创建PSSM。

按entrez查询限制结果

此功能类似于选项部分中的“按条目限制查询条件”。唯一的区别是仅适用于确定的点击。换句话说,它是应用后搜索,允许用户只查看符合Entrez查询条件要求的命中数。默认设置为不带输入查询词的格式允许用户查看所有点击。

期望值范围

这将指示BLAST格式化程序显示具有指定范围内的Expect值的点击。默认值为0期望值设置。下限指向第一个框,上限指向第二个框。