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安托万·贝克;塞缪尔·尼古拉;拉米亚·扎格鲁尔;伊夫斯，达奥本顿·卡拉法;克洛德·塞尔姆斯;本杰明，审计;阿兰·阿尔尼奥多

基于小波的方法来解开哺乳动物基因组中转录和复制相关链的不对称性。 （英语） Zbl 1183.92031号

申请。计算。哈蒙。分析。 28，第2期，150-170（2010）.
小结：在基因组进化过程中，DNA双螺旋的两条链没有受到相同的突变模式。这种突变偏向被认为是复制和转录活动的副产品。我们开发了一种基于小波的方法来分析DNA链不对称性，其具体目标是分别提取与复制和转录相关的贡献。在第一步中，我们使用一个自适应的N形分析小波对人类染色体上的TA和GC偏差之和进行多尺度模式识别分析。该方法在特征尺寸为1 Mbp的斜交域中对人类基因组进行了客观分割，相邻的两个假定复制源被认为是噪声斜交剖面中的大幅度向上跳跃。在第二步中，我们使用最小二乘拟合程序从复制诱导的全局N形组分中分离出小规模（平均人类基因大小30 kbp）方形转录组分。当将此程序应用于22个人类常染色体时，我们描绘了平均长度为678个复制域，覆盖人类基因组的33.8%，并且我们预测了1062个复制起源。当研究转录相关偏斜在复制N域内的分布时，我们揭示了与位于N域末端的假定复制起源的距离有关的一些依赖性，基因越靠近起源，它们的转录偏差越大，表明生殖系中的转录活性越高。作为比较分析，我们进一步将基于小波的方法应用于沿小鼠染色体的扭曲轮廓。人类和小鼠的结果惊人的相似性表明，在人类复制N域内观察到的显著基因组织可能是哺乳动物基因组的一般特征。

MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学
42立方厘米 涉及小波和其他特殊系统的非三角调和分析

关键词：

连续小波变换;DNA序列;链组成不对称;转录;复制;哺乳动物基因组

软件：

多重分形
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{A.Baker}等人，应用。计算。哈蒙。分析。28，第2号，150--170（2010；Zbl 1183.92031）
全文： 内政部

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