QPath（QPath） swMATH ID: 35403 软件作者： 托默·什洛米、丹尼尔·西格尔、伊坦·鲁宾、罗德·沙兰 描述： QPath：一种查询蛋白质相互作用网络中通路的方法。结果：我们提出了一个使用通路查询进行蛋白质网络搜索的综合框架。给定一个线性查询路径和一个感兴趣的网络，我们的算法QPath有效地搜索网络中的同源路径，允许在已识别的路径中插入和删除蛋白质。匹配的路径会根据它们与查询路径的差异自动进行评分，包括它们使用的蛋白质插入和删除、组成蛋白质与查询蛋白质的序列相似性以及组成相互作用的可靠性。我们应用QPath从酵母中广泛收集了271条假定途径，系统推断了苍蝇的蛋白质途径。QPath鉴定了69条保守的通路，其成员功能丰富且一致表达。由此产生的路径倾向于保留原始查询路径的功能，使我们能够推导出苍蝇保守蛋白质路径的第一个注释图。结论：使用QPath进行通路同源性搜索为识别生物学意义的通路和推断其功能提供了一种强有力的方法。公共数据库中越来越多的蛋白质交互强调了我们的网络查询框架对于挖掘蛋白质网络数据的重要性。 主页： https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2105-7-1999 相关软件： QNet公司;MetaCyc公司;GraMoFoNe公司;KEGG公司;GO-TermFinder（搜索引擎）;SIMBio公司;卡沃什;FANMOD公司;细胞景观;tYNA公司;传奇;反应途径;单元格设计器;FASPAD标准;Pfam公司;生物网格;TRANSPATH（传输路径） 引用于： 9文件 全部的 前5名23位作者引用 5 梅拉夫·泽哈维 三 罗恩·耶尔·品特 2 哈达斯·沙奇奈 1 玛丽亚姆·阿里亚克巴普尔 1 阿拉霍，埃洛伊 1 阿马蒂亚·桑卡·比斯瓦斯 1 罗德尼·格雷厄姆·唐尼 1 特米斯·古利基斯 1 福尔克·Hüffner 1 丹尼尔·洛克斯塔诺夫 1 马丁内斯，法比奥·维杜阿尼 1 普拉纳本德·米斯拉 1 法赫德·帕诺兰 1 皮布尔斯，约翰 1 Diego P.鲁伯特。 1 罗尼特·鲁宾菲尔德 1 萨科特·索拉布 1 马可·斯蒂芬斯。 1 Jens Stoye 1 迪米特里奥斯·蒂利科斯（Dimitrios M.Thilikos）。 1 塞巴斯蒂安·韦尼克 1 阿纳克·尤金亚尼 1 托马斯·齐奇纳 5篇连载文章中引用 三 算法 2 离散算法杂志 1 信息与计算 1 组合优化期刊 1 计算机科学评论 在3个字段中引用 9 计算机科学（68至XX） 7 组合数学（05-XX） 4 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文