国际NA swMATH编号： 17973 软件作者： 托马斯·P、马图谢克·H、格里马·R。 描述： iNA固有噪声分析仪：使用系统规模扩展探索随机生化动力学的软件包。化学主方程和随机模拟算法给出了公认的混合条件下生物化学动力学的随机描述，它们是等价的。后者是Monte-Carlo方法，尽管该方法在大量现有软件包中广泛可用，但由于获得准确统计信息所需的大量集合平均值，计算成本很高。前者是一组耦合微分方程，用于计算系统处于任何一种可能介观状态的概率；由于固有的大状态空间，这些方程通常难以计算。在这里，我们介绍了软件包固有噪声分析仪（iNA），它允许通过化学主方程的van Kampen系统规模扩展对随机生化动力学进行系统分析。iNA是独立于平台的，并且本机支持流行的SBML格式。本实现是第一个采用互补方法的实现，该方法将使用计算机代数系统Ginac的最新分析工具与传统随机模拟方法相结合。iNA将两种基于系统规模扩展的近似方法（线性噪声近似和有效介观速率方程）集成到一个易于使用的图形用户界面中。特别是，本方法允许对依赖时间的平均浓度、方差、协方差和相关系数进行快速近似分析，这通常优于随机模拟。这些分析工具由具有直接统计评估和可视化功能的自动化多核随机模拟进行补充。我们通过使用iNA探索合作和非合作酶动力学的随机特性以及与昼夜节律相关的基因网络来展示iNA的性能。iNA软件可以作为Linux、MacOSX和Microsoft Windows的可执行二进制文件以及开放源码许可下的完整源代码免费提供。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3373587/ 相关软件： 塞雷纳;工具箱2;Matlab公司;低噪声放大器++;github;蟒蛇;斯托克森传感器;日晷;闪电战++;棱镜;CaliBayes公司;平均值;斯托奇Py;工具箱;ABC-SysBio公司;StochDynTools公司;科帕西;pa-ode-gen（多环芳烃）;PySB公司 引用于： 4文件 全部的 前5名15位作者引用 1 卢卡·博托卢西 1 文森特·达诺斯 1 贾斯汀·菲格曼 1 拉蒙·格里玛 1 简·哈塞纳尔 1 托拜厄斯·海因德尔 1 里卡多·霍诺拉托·齐梅尔 1 罗伯塔·兰西亚尼 1 卡斯滕·马尔 1 劳拉·内兹 1 吉多·桑吉内蒂 1 大卫·施诺尔 1 桑德罗·斯塔基 1 菲比安·约阿希姆（Fabian Joachim Theis） 1 丹尼尔·温德尔 2篇连载文章中引用 1 信息与计算 1 物理学报A：数学与理论 在4个字段中引用 2 概率论与随机过程（60-XX） 2 计算机科学（68至XX） 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 统计学（62-XX） 按年份列出的引文