PySB公司

PySB是作为Python程序构建生化系统数学模型的框架。PySB将创建描述多个蛋白质或其他生物分子之间相互作用的方程的复杂过程抽象为一种简单直观的领域特定编程语言(见下面的示例),该语言在内部被翻译成BioNetGen或Kappa规则,然后从那里转换成方程组。PySB使得将模型划分为模块和调用可重用元素库(宏)变得非常简单,这些元素对标准的生化行为进行编码。这些特性提高了模型的透明度、重用性和准确性。PySB还可以与标准的科学Python库(如NumPy、SciPy和SymPy)进行互操作,支持模型模拟和分析。