斯塔尔 swMATH ID: 20401 软件作者： Benedikt Zacher，Achim Tresch公司 描述： Starr：Affymetrix ChIP-ChIP数据的简单平铺阵列分析。染色质免疫沉淀结合DNA微阵列（ChIP-ChIP）是一种检测DNA蛋白结合或翻译后染色质/组蛋白修饰的方法。与所有高通量技术一样，它需要对尚未制定标准的数据进行彻底的生物信息处理。主要目标是可靠地鉴定和定位结合特定蛋白质的基因组区域。第二步包括比较功能相关蛋白质的结合谱，或比较同一蛋白质在不同遗传背景或环境条件下的结合谱。最终，人们希望获得DNA结合事件对基因表达影响的机制性理解。我们提供了一个免费的开源R软件包Starr，该软件包与Ringo软件包相结合，有助于跨实验和不同微阵列平台对ChIP芯片数据进行比较分析。核心特征是数据导入、质量评估、数据的规范化和可视化，以及检测富含ChIP的基因组区域。通用生物导体类的使用确保了与其他R封装的兼容性。最重要的是，Starr提供了整合互补基因组数据的方法，例如，它可以系统地研究基因表达和dna结合之间的关系。 主页： http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Starr.html 相关软件： 生物导体;林戈;R（右） 引用于： 0个文档