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卢迪

swMATH ID: 24443
软件作者: H·J·Böhm。
描述: 计算机程序LUDI:酶抑制剂从头设计的新方法。本文描述了一种新的计算机程序,该程序将小分子定位到蛋白质结构的裂缝中(例如酶的活性部位),从而可以与酶形成氢键,疏水囊中充满疏水基团。该程序分为三个步骤。首先,它计算相互作用位点,这些位点是空间中适合形成氢键或填充疏水袋的离散位置。交互位点来源于通过剑桥结构数据库搜索生成的非结合接触分布。生成交互站点的另一种方法是使用规则。第二步是将分子片段匹配到相互作用位点。目前,我们使用了一个包含600个碎片的库来进行装配。本程序的最后一步是将部分或全部拟合片段连接到单个分子。这是由桥碎片完成的。介绍了苯甲酸、二氢叶酸还原酶和胰蛋白酶的晶体包装应用。
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1583540
相关软件: DOCK(码头);药物数据库;自动停靠
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