DOCK（码头） swMATH ID: 7835 软件作者： 托德·尤因（Todd J.A.Ewing）、信戈·马基诺（Shingo Makino）、A.杰弗里·斯基尔曼（A.Geoffrey Skillman）、欧文·D·昆茨（Irwin D.Kuntz） 描述： DOCK 4.0：柔性分子数据库自动分子对接的搜索策略。在本文中，我们描述了为将柔性分子对接到广泛分布的DOCK软件（4.0版）中的微分子位点而开发的搜索策略。搜索策略包括增量构造和随机构象搜索，并利用现有的基于库仑和伦纳德-琼斯网格的评分函数。增量构建策略通过由15个晶体测试用例组成的小组进行测试，这些测试用例由12个不同配体大小和柔韧性的独特配合物创建。对于所有测试用例，在晶体学位置的2°范围内至少生成一个停靠位置。对于15个测试用例中的7个，最高得分位置也在晶体学位置的2°范围内。该算法的速度足够快，可以在几秒钟内成功对接几个测试用例，大多数在100秒内成功对接。增量构建和随机搜索策略被评估为数据库对接技术，其中51个分子的数据库对接到两个晶体学测试用例。增量构造优于随机搜索，并且速度足够快，可以在SGI R10000 cpu上对每个分子15秒内的化合物数据库进行可靠排序。 主页： http://rd.springer.com/article/10.1023/A:101115820450 相关软件： 自动停靠;尼姆罗德/G;麦克尔;网格爆炸;mpiBLAST;Globus工具包;MPICH-G2型;生物网格;费马;TRANSFAC公司;KEGG公司;ABINIT-MP公司;桃;卢迪;药物数据库;DFSA公司;DDFSA公司;补丁驳接;太平洋码头;查姆 引用于： 6文件 全部的 前5名17位作者引用 1 大卫·艾布拉姆森 1 Masahiro Aizawa 1 阿玛里、辛基 1 金·布兰森 1 斯蒂芬·布里吉特 1 拉杰库马尔·布亚 1 雅各布·达兰特。 1 乔纳森·吉迪（Jonathan P.Giddy）。 1 岩川义雄 1 阿伦·克里希南 1 Francesco Lampariello，弗兰西斯科 1 罗伯特·刘易斯。 1 Giampaolo Liuzzi 1 J.Andrew McCammon 1 中野达也 1 Kotoko Nakata 1 张俊伟 5篇连载文章中引用 2 计算生物学和化学 1 最优化理论与应用杂志 1 模拟中的数学和计算机 1 新一代计算 1 并行与计算：实践与经验 在4个字段中引用 三 计算机科学（68至XX） 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 几何形状（51至XX） 1 运筹学、数学编程（90-XX） 按年份列出的引文