NetRAX公司 swMATH ID: 46912 软件作者： 卢特罗普，S。；斯科纳瓦卡，C。；科兹洛夫，AM；莫雷尔，B。；斯塔马塔基斯，A。 描述： NetRAX：准确快速的最大似然系统发育网络推断。结果：我们提出了NetRAX，这是一种在没有ILS的情况下对系统发育网络进行最大似然（ML）推断的工具。我们的工具利用最先进的方法有效计算树上的系统发育似然函数，并通过“显示树”的概念将其扩展到系统发育网络。NetRAX可以从分割的多序列比对中推断ML系统发育网络，并以扩展Newick格式返回推断的网络。在模拟数据上，我们的结果表明，贝叶斯信息准则（BIC）得分的相对差异很小，与真实模拟网络的未根软连线簇距离接近零。使用NetRAX，在标准笔记本电脑上几分钟内完成对8000个站点、30个分类群和3个网状结构的分区排列的网络推断。 主页： https://academic.oup.com/bioinformatics/article/38/15/3725/6609768 源代码： https://github.com/lutterop/NetRAX网站 依赖项： C++ 相关软件： Phylon网络;MSC四重奏;SVD四重奏;SiPhyNetwork公司;PhyloCoal模拟;QuartetNetworkGoodnessFit.jl公司;github;HybTree（混合树）;ASTRAL-II标准;TriLoNet网络;巴克;R调用.jsl;低压断路器;阀杆hy;Phylon网络 引用于： 3文件 全部的 前5名12位作者引用 1 Elizabeth S.奥尔曼。 1 塞西尔·安内 1 赫克托·巴尼奥斯 1 约翰·福克 1 孔圣斯克 1 劳拉·索尔特·库巴特科 1 曼纽尔·拉丰德 1 卡里·兰德里 1 琼·卡尔斯·彭斯 1 约翰·安东尼·罗德斯 1 特伦布雷·萨瓦德，奥利维尔 1 克里斯蒂娜·威克 连载1篇 2 数学生物学杂志 在4个字段中引用 三 生物学和其他自然科学（92-XX） 2 组合数学（05-XX） 1 概率论与随机过程（60-XX） 1 系统论；控制（93至XX） 按年份列出的引文