系统网络

PhyloNet:一个分析和重建网状进化关系的软件包。背景:系统发育学,即类群的进化史,在描述生物实体之间的相互关系中起着重要作用。许多重建和评估这种系统发育的软件工具已经被提出,几乎所有这些工具都假设潜在的进化历史是一棵树。虽然树木对许多生物科都有令人满意的一级近似值,但其他科显示出无法用树表示的进化机制。水平基因转移(HGT)、杂交物种形成和种间重组等过程统称为网状进化事件,导致了关系的网络化,而不是树。最近开发了各种软件工具来分析网状进化关系,包括SplitsTree4、LatTrans、EEEP、HorizStory和T-REX。结果:在本文中,我们报告了PhyloNet软件包,它是一套分析网状进化关系或进化网络的工具,它是由一组分类单元标记的有根、有向、无环图、叶标记的进化网络。这些工具可分为四类:(1)进化网络表示:以新设计的紧凑形式读/写进化网络;(2)进化网络表征:从三个基本构件(树、簇和三分体)分析进化网络;(3) 进化网络比较:比较两个进化网络的拓扑差异,以及在最大简约准则下对序列进化的适应度;(4)进化网络重构:从物种树和一组基因树重构进化网络。结论:软件包PhyloNet提供了一系列实用工具,可以对进化网络进行有效和准确的分析。该软件包将有助于分析大型数据集,以及研究进化网络重构方法的性能。此外,该软件包支持所提议的eNewick格式,用于进化网络的紧凑表示,这一特性允许进化网络软件工具的有效互操作性。目前,PhyloNet中的所有实用程序都是在命令行上调用的。