GSM1328627：序列_Lng_M_104_3；褐家鼠；RNA-Seq-SRA-NCBI

SRX471526型：GSM1328627：序列Lng_M_104_3；褐家鼠；RNA-Seq号
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提交人：基因表达综合（GEO）

研究：跨越11个器官和4个发育阶段的大鼠RNA-Seq转录体Bodymap

大鼠已被广泛用作评估化学毒性和了解药物机制的模型。然而，其跨多个器官或发育阶段的转录组尚未见报道。在这里，作为SEQC联盟工作的一部分，我们展示了通过对来自幼年、青春期、成年和老年Fischer 344大鼠11个器官的320个样本执行RNASeq而创建的综合大鼠转录体图。我们对AceView中注释的40064个基因、65167个转录本、31909个选择性剪接转录变体和2367个非编码基因/非编码RNA（ncRNAs）的表达谱进行了分类。我们发现，富含器官的差异表达基因反映了已知的器官特异性生物活性。大量转录物显示出特定于器官、年龄或性别的差异表达模式。我们创建了一个基于网络的、开放访问的大鼠BodyMap表达谱数据库，该数据库与其他广泛使用的数据库有交叉链接，预计它将成为使用大鼠模型进行生物医学研究的主要资源。总体设计：我们利用从11个器官（肾上腺、大脑、心脏、肾脏、肝脏、肺、肌肉、脾脏、胸腺和睾丸或子宫）分离的320个RNA样本构建了一个全面的RNA-Seq数据集，用于研究大鼠转录组的动力学来自Fischer 344大鼠的两性，跨越四个发育阶段（2-、6-、21-和104周龄）。80个样本组中的每个组都使用了四个生物复制品。

样品：序列Lng_M_104_3

SAMN02642856号•SRS558272•所有实验 •所有跑步记录

生物体：褐家鼠

图书馆：

仪器：Illumina HiSeq 2000公司

战略：RNA-Seq号

资料来源：转录学

选择：cDNA

布局：单个

施工方案：在提取RNA之前，将每个完整器官单独研磨（研钵和杵，在连续液氮冷却下）成细粉，但肝脏、脾脏和腓肠肌除外，其研磨量约为100 mg。地面器官组织在-80℃下保存。根据制造商的方案，使用miRNeasy Mini Kit（Qiagen）从大约30 mg的地面组织中提取总RNA，包括用DNA酶处理。使用核糖核酸零非磁性试剂盒（Epicenter）和Illumina TruSeq RNA-Seq文库协议（使用TruSeq RNA样品制备试剂盒（Illuminia）），使用rRNA缺失协议制备RNA文库以进行测序。

实验属性：

GEO加入：GSM1328627

链接：

外部链接：GEO样品GSM1328627

NCBI链接：NCBI入口（gds）

跑：2分，4760万分，2.4G垒，1.7Gb

运行	#共个点	#基础的	大小	出版
1170219斯里兰卡卢比	24,120,472	1.2克	876.5兆字节	2014年6月20日
1170220斯里兰卡卢比	23,501,283	1.2克	862.7兆字节	2014-06-20

身份证件：: 651775

SRA公司

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